臺灣行政院長劉兆玄星期二在立法院接受民進黨立委李俊毅質詢時表示，大陸食品衛生安全出了問題，引發了臺灣社會非常大的恐慌，中國政府必需予以正視。
劉兆玄說："這件事情，我在這裡正式要求大陸政府向我們道歉，但是，求償的事情必需要有證據。"
李俊毅說："我們支持。"
*通過協商機制向大陸求償*
有關求償的問題，劉兆玄指出，目前還在統計當中，估計臺灣廠商損失大約台幣七、八十億元，未來將透過兩岸兩會的協商機制向中國大陸求償。
劉兆玄還指出，臺灣日前派出專家團前往大陸訪問，首要的目的是，建立雙方處理這個件事的平臺，以及發生緊急事件時的對話窗口，第二是建立兩岸人民都能接受的食品衛生安全機制，最後是要釐清個案，如果錯在對方，將要求賠償。
不過，針對臺灣專家團的訪問成果，民進黨則不滿地表示，臺灣專家團根本沒有前往污染的源頭進行瞭解，只帶回一紙都慶公司自行捏造的檢驗合格報告，並由臺灣官方出面接受，形同認定中方不需負責和賠償。
民進黨立委潘孟安說："專家團不但被摸頭，沒有辦法去捍衛臺灣人民的身體健康以外，也賠掉臺灣的尊嚴和主權。"
民進黨還認為，兩岸之間的協商應該由國會來進行監督，並希望盡快通過兩岸訂定協議處理條例。
國民黨團書記長張碩文表示，對於毒奶粉事件，臺灣當然應該表達不滿的立場，至於求償的問題，他認為，必須透過一定的機制和相關的管道，政府會把這個事件當成是國際糾紛來處理。
主管大陸事務的陸委會主委賴幸媛表示，兩岸兩會將很快的建立聯繫的窗口，針對毒奶粉事件的後續問題，也將透過這個窗口來處理。
她說："我想再過幾天吧！或是一個禮拜之內，會確立通報的窗口，相關的官員會直接建立通報的窗口。"
至於隨同臺灣專家團前往北京的海基會副秘書長張樹棣表示，此行最大的收穫就是和對岸衛生單位面對面的討論了食品安全的議題，雙方都希望建立兩岸食品安全通報的聯繫機制，專家團也帶回一些材料供臺灣有關單位參考。
