名盛一時的輔仁大學被中共強制併入北京師範大學。（網絡圖片）
1952年，新建不久的中共山寨政權按照蘇聯模式教育體系，對全國舊有高等學校的院系進行全盤調整，清華從此由一所綜合性大學變為單純的工科大學，北大自此脫胎換骨，秉承了民間辦學的私立大學自此成為絕響，在近現代教育史上曾經名盛一時的教會大學自此也銷聲匿跡。
這場教育體制改革涉及全國四分之三的高校，史稱「院系調整」。20世紀後半葉中國高等教育系統的基本格局正是由此發端。在這場對中國當代教育影響深遠的「院系調整」運動中，由天主教人士創辦的北京輔仁大學被併入北京師範大學，原校名撤銷。
這一年與輔仁一同消失於這一年的「教會大學」，還有著名的燕京大學、聖約翰大學、金陵大學等十餘所學校。在20世紀前半葉，這些讓人如雷貫耳的校名，曾經代表了中國高等教育的頂尖水平。
中共排斥教會大學
1948年秋，北平學生石椿年報考了輔仁大學經濟系，他記得，面試環節中，經濟系主任趙錫禹先考了他一道英文題，然後特別問起了他對校園中學生遊行活動的態度。
國共戰事正酣，政治鬥爭的痕跡亦出現在輔仁大學的校園裡，這令每個人都不得不加以留意。次年6月30日，羅馬天主教廷駐輔仁大學代表芮歌尼來到了華北高等教育委員會，拜訪了其主要負責人周揚。此時大半個中國已經被中共佔領，芮歌尼試圖從周揚口中探聽一下，即將建立的新政權對於輔仁這所教會大學的態度，從當時留下的文字記錄看，這位美國人的口吻可謂客氣而謹慎。
他的第一個問題是，「政府對私立大學的處理是否已有新的法令？」周揚答：「一般地說，外國人在中國開辦學校，這件事實本身就損害了中國的教育主權。」
在這段具有「定調」色彩的答覆中，周揚提出了一個所有教會學校都面臨的敏感問題。
輔仁大學發端於1912年，當年9月，中國天主教兩大領袖－－馬相伯、英斂之聯袂上書羅馬教皇，請求教廷派人來華，創辦一所大學。1921年12月，教皇正式發出在華舉辦大學的諭令，並且全權委託美國「本篤會」負責。依教廷和「本篤會」的本意，他們自然希望這所學校能成為傳播天主教的陣地。但事與願違，「五四」之後的1920年代，隨著民族主義高漲，不論北洋政府頒布的《外人捐資設立學校請求認可辦法》，還是後來國民政府頒布的《私立學校規程》，都特別強調，教會學校須由中國人管理，並不得以宣傳宗教為目的。
對於這些政策，很多新教人士都表示了反感和牴觸，殊堪玩味的是，在教階、習俗、儀式方面都更加嚴格的天主教會，此時卻展現出了十分圓融的姿態。一個典型的例子是，創辦初期，輔仁講授的課程包括中國文學、歷史、哲學、英文、數學等，宗教內容僅在哲學系課程中有所涉及。石椿年告訴《中國週刊》記者，當年學生與神父之間可謂「井水不犯河水」，很多同學幾年下來，連那些穿黑袍的外國人是誰都不認得。
因此，不論是北洋時代，還是國民政府時期，輔仁大學都憑藉著其積極的「本土化」，與執政者保持了較為良好的互動。不過，當新時代來臨，過去的經驗已無法提供現成的答案。
6月30日，芮歌尼對周揚提出的第二個問題是，「宗教學說作為學術研究能否視為選修課程？」
周揚的答覆是：「宗教學說作為學術研究當作選課是可以開的，但必須保證學生真正自願選修，不得加以任何勉強。」
芮歌尼追問：「關於唯物史觀一類的學說是否也當作選課？」周揚說：「社會科學其中最基本的就是辯證唯物論與歷史唯物論，應當列為大學必修課。」
政治強行干涉學術
在相當久的一段時間裡，輔仁大學是以一副「閉門讀書」的面貌出現在世人面前的。一句流行於京城的順口溜是：「輔仁是個和尚廟，六根不淨莫報名。」暗指其學風之嚴謹。
1930年4月，輔仁大學教務長劉半農對學生講話時，曾提到一個有趣的故事：去年秋天，有個考生來投考他主講的國文系一年級，因為該生「程度太差」，劉半農便把他降到高中二年級去了。這位學生很不服氣，走了。幾天後，當劉半農經過某大學門前，看見校門上的榜單，這位學生竟然列本科國文系第一名。可見，「本校以前招生程度，並不算很低。」
「嚴進嚴出」是輔仁大學的一大特色。過去，各大學沒有統考試題，都是自主招生，輔仁大學除了基本的筆試之外，還要舉行面試，確定考生的確具備一定的學力。在很多考生的印象中，他們進入輔大的過程都如履薄冰。
根據輔大教務處規定，一年有四次嚴格的考試，隨堂小考更是不計其數。課堂風紀也抓得極嚴，石椿年上高中時，來輔大旁聽課程，曾親眼見到一個高個子的中國人「查堂」，沒來聽課的學生均被記錄在案。他認為，「這裡是個讀書的地方」。
儘管教學管理近乎苛刻，但也的確可以提供真正的學問。輔大自建校以來，始終竭力設法聘請海內外知名學者前來任教。沈兼士、劉半農、薩本鐵、范文瀾、啟功等聲譽卓著的學者都曾在這所學校留下蹤影。
在這種環境下走出的學生，日後大都成為了在社會各領域有突出貢獻的人。他們當中包括劉少奇的夫人王光美，著名指揮家李德倫，文物大師朱家溍等一些人們耳熟能詳的名字。
然而，在1950年6月召開的第一次全國高等教育會議上，中共政權首任教育部長馬敘倫專門對「閉門讀書」的教育予以批判：「決不能重蹈過去所謂『為學術而學術』的覆轍，忽視人民和國家的需要。」
也就在這次會議上，教育部明確提出了要在全國範圍內、有計畫統一地進行院系調整。馬敘倫強調：「我們要在統一的方針下，按照必要和可能，初步地調整全國公私立高等學校和某些系科，以便更好地配合國家建設的需要。」
為此，北平被中共佔領之後，學校已經開始對專業和課程設置進行局部調整。《新民主主義論》、《辯證唯物論與歷史唯物論》、《社會發展史》等政治思想課首當其衝，成為各系必修課程。而原先的「家政系」等課程，則被視為「培養太太的科目」予以取消。1950年春，學校又規定，當年的畢業生「凡未修《辯證唯物論與歷史唯物論》、《政治經濟學》者，或修而不及格者，均應根據實際情況補修補考。」
1949年秋季的「私立北平輔仁大學入學試題」，還特別增加了「政治常識試題」部分。一共二十道簡答，題目包括「中國革命的對象是什麼？」「什麼階級可以革命？哪個階級領導革命？」等等。
石椿年覺得，這個時候「輔仁讀書的精神已經沒有了，師生也不注重研究學問了」。
中共接管輔仁大學
1950年7月，羅馬天主教會駐校代表芮歌尼致信陳垣，提出來年教會撥給的經費將按月份付，一年14.4萬美元，並且必須滿足兩個條件：第一，一個新的董事會將要由教會選任；第二，教會對人事聘任有否決權。同時提出解聘五名教師的要求。這也意味著，教會與學校的矛盾，終於被擺到了檯面上。
自1949年1月中共佔領北平之後，教會越來越體會到眾矢之的的滋味。共軍入城後不到一個月，由中共學校黨組織領導的教員會，便向校長陳垣和教會代表芮歌尼明確提出，「今後的教育宗旨及措施必須符合新民主主義教育的精神」。
教會對此做出了讓步，除了在人事上減少教士比例，還相繼取消了《公教學》、《公教史》等幾門課程。如前所述，芮歌尼還曾專門與華北高等教育委員會進行了溝通。
隨著學校政治活動越來越多，教會顯然已經失去了信心。導致矛盾爆發的導火索是五名教員的解聘問題，據芮歌尼方面的說法，這五人都是從事「極端反教會」行為的人。
然而，就在這封信發出的同時，朝鮮戰爭已經爆發，國際形勢的驟然緊張，也導致了中共加快了清除英美文化的步子。按照教育部副部長兼黨組書記錢俊瑞的說法，現在就是要「集中火力，肅清美帝文化侵略的影響，奪取美帝在中國的文化侵略陣地」。芮歌尼與校方的正面衝突，可謂撞到了槍口上。
收到來信後，陳垣和校務委員會直接請示教育部，隨即對芮歌尼的要求予以駁回。
7月27日，芮歌尼又一次致信陳垣，表示可以放棄人事聘任否決權，但依舊堅持解聘五名教員。「我相信我敬愛的校長有權答應這些條件，並且我希望為學校的利益，您可以盡早使用這個權力」，但再次遭到拒絕。芮歌尼遂正式通知校方，「自本年8月1日起，教會對輔仁大學之補助經費即告斷絕。」
在這起風波中，陳垣的態度是頗為耐人尋味的。
事實上，陳垣與教會在過去很長的歲月中，保持了比較良好的關係。1933年，美德兩國的聖言會接替美國本篤會，掌管了輔仁大學的事務，憑著德國人的出面，在抗戰期間，未遷校的輔大不但可以不懸掛日本國旗，不用日本課本，還吸納了不少無處可去的知名學者執教，聲勢大漲，這不能不說是陳垣與教會合作的一段黃金時期。
就在1949年中共佔領北平時，陳垣對於教會的態度還算相當客氣。當時，由於教會人事逐步退出校務，學校組織了一個臨時校政會議暫時管理。據陳垣本人後來講，有一次開會時，出席的除學校行政負責人，教、職、學工代表外，還有教會代表芮歌尼和一個修女。按照教會的規矩，修女出門必須兩人一起，芮歌尼又帶了一個翻譯，則教會代表本應出席兩人，實際出席四人。有人對此提出意見，陳垣認為這是故意挑撥矛盾，拂袖而去。回家以後，他甚至寫了一封信，向校政會辭職。
另據輔仁校友李世瑜說，那時的陳垣對於教會與學校之間的關係憂心忡忡，他本人曾親眼看見陳垣上午很早起來到教堂看彌撒，晚上看降福，還專程去找神父談話。
同時，陳垣也找來了《西行漫記》、《新民主主義論》等書看，他在當時的書信中表示，「余今日思想劇變，頗覺從前枉用心力」。
一方面是時代交替中的一種圓融姿態，另一方面，在與新政權的接觸中自覺、真誠地服膺於新的思想，從此，人們可以看到陳垣在1949年後幾乎每逢重大事件都會在黨報上有所表示。從某種意義上說，1950年教會與校方的衝突中，陳垣代表的也不是自己一個人的意見。
1950年10月10日，為徹底解決輔仁大學問題，教育部經政務院批准，宣布將輔仁大學收回自辦，並任命陳垣為校長。以此為契機，中國接收外資津貼學校的序幕也就此拉開，到當年年底，全國接辦外國津貼的高等學校達20所。
西方思想也被逐步肅清，石椿年所在的經濟系不再教授西方經濟學的課程，轉而講《資本論》。「原來的教材廢了，也沒有新的，有的老師就自己編點、印點講義，就對付了。」1951年，經濟系全體同學赴廣西下鄉，參加土改，學業自此中斷。
石椿年說，自己「沒有完完整整地學一本書」。
輔仁大學的消逝
1952年，在醞釀成熟後，院系調整正式被提上了日程。3月，北京輔仁大學並入北京師範大學的計畫，經當時政務院總理周恩來批准，5月，北京輔仁大學、北京師範大學院系調整小組正式建立。
與此同時進行的，是「反貪污、反浪費、反官僚主義運動」和「忠誠老實學習運動」，二者集中力量，在師生中開展了「批判資產階級思想的鬥爭」。顯然，這兩個運動，為院系調整做了思想上的準備。
期間，陳垣在《光明日報》上做了長篇的自我檢討，他表示自己出於「個人利益」，「二三十年來，做了帝國主義的俘虜，忠實地替帝國主義者奴役和麻醉青年，帝國主義就通過我，穩紮穩打來在學校裡做著太上皇」，這種全面的自我否定，被《人民日報》稱讚為「誠懇老實，肯暴露自己的思想，檢討較深刻」。
《人民日報》也毫不留情地批判了輔仁大學一些教職員工的「思想問題」，例如，「教育系主任歐陽湘，講教師的修養以『儀容、聲音、情緒、品格、學識』為五大標準。講中學教育方針時，竟講了美國的和蔣匪的而不講人民政府的中學教育方針。」
「有的教師則在『純技術』、『超政治』的牌子下面，販賣資產階級的貨色。如經濟系主任趙錫禹，通過『企業管理』這門課程，毫無批判地把資本主義社會的私營企業管理方法教給學生。中文系教授葉蒼芩以頹廢感傷的文學，去『教育』學生，使一些學生受了很壞的影響。」
對於在運動中表現不好的學生，學校懲罰嚴厲。1952年7月，校方專門開會討論了貿易專修科的牛長民、佟遼兩人的問題。牛長民「三反時有時不來，有時中途退席回家……污蔑馬列主義，說『馬列主義是根據孔夫子來的』」，此外「不相信《人民日報》，對中國電影不滿，床頭上掛著美國明星照片」；佟遼「抗拒三反，時常不來，拒絕小組討論」，「『忠誠老實』沒交代問題，他說『我沒有問題』」，等等。經合議，校方決定對此二人予以開除。
經歷了幾次思想「洗澡」的師生，對於接下來進行的院系調整，即便是涉及人事變動這樣的敏感問題，大都也能表示服從組織。
例如，「三反運動」中表現良好的數學系主任劉景芳曾在院系調整中表示，對於組織安排某位教師當教學系主任，「從工作能力上講我不服，但若政府從全面考慮覺得他做合適，我也沒意見。」
在教學調整中，最大的特點是全盤照搬蘇聯的教育模式，各科按教研室構制、沿用蘇聯教學大綱。1948級教育系學生、輔仁大學校友會常務副會長王振稼回憶，當時「教育部有（蘇聯）顧問，學校有（蘇聯）顧問組，還有一個頭，校長要聽這個頭的。」
蘇聯人的權威體現在學校各個角落，王振稼回憶道，那時「建幼兒園，不是木質地板的，蘇聯專家說不行，拆了它，要建木質地板的，有一點不聽他的，簡報一上去，這就不得了。」
一些專業也在這次調整中被腰斬。例如以英語為主的西語學系，高年級學生併入北京大學，留下來的低年級的學生全部改學俄文。一些同學對此有所不滿，認為「早知道還不如學俄語」，但幾乎沒有人質疑「全盤照搬」，「那個時候就覺得蘇聯是老大哥，中蘇簽訂了條約，關係密切。」王振稼說。
這樣，到了1952年9月，除經濟、哲學等系外，輔仁大學已全部併入北京師範大學。曾經顯赫一時的輔仁大學自此在大陸消失。而在海峽的另一邊，1960年，天主教廷在臺灣實現輔仁大學復校，迄今已經超過半個多世紀。
