广州《羊城晚报》的报道说，星期三广州市有关部门、专家学者和企业、职工代表举行座谈，向正在广州检查《劳动合同法》执行情况的全国人大执法检查组反映了《劳动合同法》实施中遇到的问题，其中包括：有些企业经营者认为，《劳动合同法》倾向保护劳动者，忽视了业主的权益，限制了企业的用工自主权，不利于企业长远发展，因而对贯彻《劳动合同法》采取消极的态度。有的劳动者认为，根据《劳动合同法》，雇员有一离职就可以重新核定工作历史的权益，因此不管什么原因离职，他们都向企业索取入职工作以来的高额赔偿金、加班费，动辄上万、甚至几十万元。自《劳动合同法》实施以来，追讨历史加班费的劳动争议增长迅猛。据统计，今年1至8月，广州劳动争议仲裁案件数量为35500多宗，其中因薪酬引发的争议占四成多，达14200多宗。总部在美国纽约的《中国劳工观察》负责人李强对此评论说，
"劳动法实行以后，广东省政府做了一个补充规定，把解雇员工新规定的一些条例来重新对劳动法进行了一些约束。劳动法本来可以向工人进行补偿，对母法进行了一些重新的解释，让劳动的诉讼、工人败诉率增加了。当然从这个来讲，就是说实际上的劳动法并没有以前规定的这些，劳动法没有得到有效的执行，很大一部分原因是来自于企业和地方的压力。"
《劳动合同法》实施过程中遇到的问题还有：职工的社会保险不能在全国范围内转续和转移，导致部分外来工人消极对待社会保险，助长了企业不给工人购买社会保险的违法行为。对此，总部在法国的《中国劳工通讯》负责人蔡崇国认为，
"民工流动性很大，大多数民工在这打了几年，总是有一个念头，就是将来落叶归根要回去。他想到自己会流动，会回到农村，就觉得自己的医疗保险和退休基金是白交了。所以他们不愿意交。那这就涉及到中国必须建一个各城市、甚至城市和农村保险医疗基金的一个联网的问题，使大家觉得我今天交了退休保险，我不管在哪里，不管什么时候，我都有这个权利。这是中国要怎么样建立一个全国性的城乡联网的社会保险系统。这才会使民工有交保险的积极性。"
报道说，目前中国企业税务负担过重，政府税收太高，导致企业向劳动者让利空间过小，也影响了《劳动合同法》的贯彻实施。蔡崇国认为，发达国家的经验表明，独立的工会使工人在跟企业和政府谈判时有力量帮助工人维护和争取自身的权益。而中国目前不允许组建独立的工会，官方工会完全站在政府一边，所以工人在权益受到损害时，没有集体谈判的权利。
