但是了解中国政府职位设置的明眼人一看都明白，叶小文由副部长级的宗教局局长调任正部级的中央社会主义学院党组书记，名义上获得了升迁，但失去了主管国家宗教事务的行政权，失去了对全国佛教，道教，基督宗教以及伊斯兰教等大小信仰团体的掌控，空有个正部级的头衔，实质上是明升暗降。
叶小文作为国家宗教局任职最久的局长，被北京方面欣赏的香港《大公报》美誉为"为中国宗教管理和服务做出了突出贡献"，特别是其任职的14年间，其在岗位上，深谙中共对国内信仰团体的统战渗透和控制打压的两手抓主旨，曾经在迫害中国的家庭教会信徒、西藏佛教徒、新疆基督徒，天主教徒、以及修炼法轮功的大陆百姓方面成绩斐然。 从监视，抄家、拘留，到逮埔，判刑；从经济制裁，精神折磨，到人身侵害、酷刑致死。以基督教为例，《圣经》乃基督徒每日必读圣书，在所谓信仰自由的中国大陆，几年前香港人因为运送《圣经》到大陆而遭到判刑；今年北京市民石维翰因印刷及免费赠送圣经，被判刑三年。再看法轮功，从1999年至今的10年中，就有3305人被折磨致死， 上万人被判刑，十余万人被劳教，数千人被强迫送入精神病院，成千上万的家庭妻离子散、居无定所，甚至是可怕的器官活摘.....以上成绩与叶小文不遗余力地推出一系列的宗教信仰管理政策息息相关。
叶小文在调任之前，就由其下属的宗教文化出版社一次性突击出版了一系列他的作品，不仅豪华精装，而且定价昂贵。以此名正言顺的几十万人民币的版权入账名下，同时其宗教管理理论也扬名国内，可谓名利双收。
而其在处理宗教事务时，身先士卒而委曲求全地身体力行，也给后任留下楷模。今年8月8日台湾发生水灾后，为了中共统战所需，叶小文于8月28日以宗教局局长身分到台湾参加八八水灾佛教超度法会。超度法会乃是佛教僧旅为超度众多亡灵脱离苦海而举行的佛教仪式。而叶小文身为坚定的无神论中共党员，也勉为其难地全力以赴尽心祈福，确实是为了工作而对个人信仰做了很大牺牲，只是玷污了来世今生的美好祝福，不知可有毁谤佛法的嫌疑。
可以说，在执行中共宗教信仰管理路线上方面，叶小文确实兢兢业业，有理论有实践。但让人困惑的是为什么如此爱岗敬业的中共好干部，会在做出以上斐然成绩之时，被高层卸磨杀驴呢？外界猜测这一变化是否跟过去两年连续发生西藏和新疆暴乱有关。
如果确实如外界传闻的话，坦白地讲，北京当局对叶小文在此问题的处理上有些欲加之罪了，原因非常简单：
如果一个政府没有基于真正的尊重和平等基础上对民族事务和信仰团体进行管理，必然会导致矛盾激化。正如老子所说，"天下有道，却走马以粪；天下无道，戎马生于郊"（国家清明，就算是战马也是用来施肥种田；国家昏乱，那么即使边郊荒野也会戎马干戈），中共在处理民族和宗教信仰事务上，是否也应该遵循古人"天下有道"的智慧呢？
所以说不管是将叶小文换成王作安也好，顺着中共的宗教事务管理的老路子走下去，也许暴乱的不止是西藏和新疆了，所以叶小文实在冤枉和困惑。
