政府组织经济四个方面不值得提倡：指定技术路线；设立了过多的行政许可和市场准入；运用行政权力垄断市场，与民争利；部门利益“肥水不流外人田”。
当前，从全国范围来看，政府职能转变的问题还是比较大的。以往的教训是，每次谈及转变，总是由政府来定规划、定重点，然后政府来组织项目，组织人力、物力，定项目、定目标，然后技术攻关，再由国家的企业或者国有企业来进行产业的转化。其结果是，从一开始，人们制定职业性计划时往往就很难掌握全部信息，政府组织研究、攻关的效率也很差。
改革开放之初，我们的科学、技术、发明远远落在外国人后面。但是经过30多年改革开放，情况已经极大改观，现在的科学和技术人员数量世界第一，研究和开发经费世界第二，仅次于美国而超过了日本。有相当一部分技术发明接近世界前沿水平，但是相关的产业化却是步履维艰，没有发展起来。有一些商品化、产业化了，但却像“小老头树”，老长不大。究其原因，我认为在于体制。
目前，我国市场主体面临四大体制性障碍。第一是政府配置资源的权力太大。第二是把GDP增长作为政绩好坏的主要考评标准。第三，我们的财政体制不管是收入方面还是支出方面，都要求各地政府官员把GDP搞上去，把量搞上去。收入方面，税收的一半是增值税，而且是生产型增值税。生产型增值税是跟物资生产部门直接联系的。支出方面，中央责任过度地下放给了地方，一个是义务教育，一个是社会保障。有70%以上的支出责任在县级财政，更早时甚至在县以下。这就使得地方政府官员想尽办法增大经济总量，而不考虑效率。第四点则是资源型生产要素的价格太低，电价、地价，现在还有外汇。这些生产要素价格太低，等于鼓励用粗放型的方法来增加GDP。
现在，全国都在组织经济发展方式的转型。政府仍应起到一个领导者的作用。但是，要总结我们历来的经验教训，要改善我们的方法。基本的就是政府要有所为，有所不为。政府的基本职能是提供公共产品。政府现在就有一个职能普遍没有得到发挥，这就是规划和协调。这个规划不是指制定指标，也不是指制定计划，而是提供综合性、长远期的信息供业界参考。每个企业掌握的信息往往是短期的、局部的，而现在的产业分工变得非常复杂，互相之间的关系很密切。
公共产品和私用品之间有一个中间地带，不同的情况之下这个中间地带可能还会有所变化。在中国的情况下，可能政府做得更多一点。但是，有一些是肯定应该由企业做的，由市场做的；政府越俎代庖，效果肯定是不好的。这并不等于说政府就无所作为；政府应该有作为，但是政府要做它应该做的事情。政府应该作为而实际上不作为，缺点也非常明显，比如不能提供良好的法治环境，不能提供基本的社会保障，无法保持宏观经济稳定。
现在，政府在组织经济方面有四个方面不值得提倡。第一是指定技术路线。日本政府在信息产业方面的此种教训非常深刻。第二是设立了过多的行政许可和市场准入。行政许可和变相的行政许可，可谓五花八门，有的叫审核制，有的叫备案制。市场经济的原则本应是非禁止进入，即没有法律明文禁止的都可自由进入。我们则是管得太多。关于民营经济的“新36条”，有很多的进步，特别是明确了非禁止进入。但目前这还只是个文件规定，实际上市场准入方面的障碍未打破。第三，运用行政权力垄断市场，与民争利。党的十五大和十五届四中全会，对于国民经济在哪些行业要控制，哪些领域要统治，是有明确规定的，虽然这个规定还是有一些人认为范围太大了一点。但有一些自然垄断行业是不是应该由国家控制，这有争论。而现在，国家实际上控制的领域，比十五届四中全会规定的要大得多了。第四，部门利益“肥水不流外人田”。本部门掌握着某一个基金，或者是某一个方面的准入控制，就把这个给自己的关联企业或是下属企业，或是本地企业。这相当于政府直接进入了竞争，它要支持一个企业就等于打击别的企业。
当然，政府要对一些新产品、一些既有社会效益又有外部效益的产品进行补贴。但这个补贴要尽量用补贴需方的方式。这种方式有一个好处就是，可以发挥消费者主权，通过市场的办法来筛选。
我们的教育体系和科研体系，最大的问题就是行政化管理。现在正在进行去行政化的探索，这种探索一定要由政府来做，因为政府不开口、不同意，根本做不了。另外，学校内的教育体系应有一些革命性的变革。革自己的命确实是比较困难的，有很多人是不愿意革自己的命的。但是，如果由此推论说革自己的命是不可能的，那就意味着在放弃改革。
