神秘密码不仅本身疑雾重重，编写它们的原创者更是查无所踪，因此有关它们的故事也就不由得引得外界臆想连篇：有的密码暗藏惊天秘密，有的却被认为是“恶作剧”。仅仅分辨真密码和恶作剧这项工作，就已经让众多解码高手头疼不已，更别说破译真正的密码了。
伏尼契手稿(The Voynich Manuscript，15世纪至16世纪)
1912年，美国珍本书商伏尼契(Wilfrid Voynich)在罗马附近一所耶稣会大学图书馆，发现一份以奇特语言写成的手稿，手稿中还有许多奇异的图片，看来像是中世纪炼金术士或草药医生的参考书，但似乎完全以密码写成。手稿上的17世纪字母说明，在1586年由神圣罗马帝国的鲁道夫二世收购。1600年代，至少有两位学者曾试图解读这份手稿，后来它消失了将近250年，直到伏尼契发现才重见天日。
伏尼契敦请当时顶尖的密码学家破解这份奇特的手稿，但它似乎和任何已知语言都毫无关系，其所述内容自然也无从理解。这件手稿有246页牛皮纸，其中出现的大量手绘植物根本就不存在，此外手稿中还画有星座符号、星象图表、药草插图，甚至裸女。有人猜测说这本手稿中的内容是某种自然界中不为人知的神秘法则，也有人猜测里面讲述的是中世纪的神药，现在仅能肯定的是，手稿中的语言自成一派，同欧洲语言相去甚远;其字母系统在19个至28个字母之间，每个词长中含有希蜡文或拉丁文的衍生词。该手稿共计17万字，从左至右书写，没有任何标点。
由于没有任何体系或资料可以作为手稿中语言的钥匙，更无法将有意义的内容从大篇的“补白”中分离，不少科学家怀疑这部手稿就是一个精心设计的骗局。但Kevin Knight从手稿中的字长和频率分布发现词语形态学(即词形构造)的存在。“更令人惊奇的是，每页的主题符合类似自然语言(相对于计算机语言)的形式。”但伏尼契手稿的来源和语言仍是个谜。
