康熙帝當政61年，在國內和對外鬥爭中都為中國歷史留下了值得重視的篇章。在國內，康熙帝統治期間，中國形成了一個疆域遼闊、民族眾多、相當強大統一的封建國家；封建的經濟、文化在這個條件下，發展到了一個新的頂點，中國的版圖進一步統一和穩定。
清王朝從它建立了全國的統治時候起，就遇到了複雜而棘手的和西方國家的矛盾，面臨著中國歷代王朝從未經歷過的險惡的國際形勢。特別是沙皇俄國武裝入侵中國東北地區，在黑龍江流域長期進行劫掠騷擾，侵犯了中國的領土完整，破壞了中國邊疆各族居民的和平生活，也威脅到了清朝政府的統治。中國各族人民和清政府不得不增強防禦，對沙俄侵略勢力進行自衛反擊。
17世紀中葉，沙俄殖民主義者開始窺視中國領土。1643年，雅庫次克督軍戈洛文派出以文書官瓦西裡．波雅科夫為首的一支遠征軍，共133人，攜帶槍支彈藥向黑龍江竄犯。這夥侵略者到處燒殺搶劫，無惡不作。他們的殘暴行徑，遭到當地達斡爾族人民的英勇抗擊。到1646年春返回雅庫次克時，全隊133人只有53人生還。
1650年一月，葉羅菲．哈巴羅夫率領70名哥薩克越過外興安嶺，侵入中國黑龍江流域，竄到雅克薩以西。但他看到中國人民已有準備，自己又力量單薄，決定回雅庫次克求援。1651年初，他帶領137人再次竄到黑龍江上，並武力攻佔了雅克薩城。由於中國東北各族人民的英勇抗擊，終於把這夥侵略者趕出黑龍江流域。
1665年夏，俄國西伯利亞流放犯切爾尼果夫斯基聚眾殺死了俄國伊利姆斯克的督軍，然後夥同84人竄到黑龍江流域，重佔了雅克薩。他們的侵略行為受到沙皇的讚許，任命切爾尼果夫斯基為阿爾巴津（即雅克薩）總管，發給餉金2000盧布。這樣一來，這夥殺人搶劫的強盜，一變成為沙俄的正式官兵。他們得到沙皇政府支持後，更加有恃無恐，不僅在尼布楚和雅克薩建築寨堡，設置工事，勒索貢稅，綁架人質，建立殖民農莊，奴役和鎮壓當地中國各族居民，而且還不斷向黑龍江中下游進行騷擾、擴張。
面對沙俄的瘋狂侵略，康熙帝在加強了對中原地區的統治之後，為了保衛邊疆不受外來侵犯，決定採取堅決的自衛措施，出兵反擊，徹底清除這夥沙俄侵略者。
康熙帝奉行的方針是軍事鬥爭、外交談判和充實邊防三者並舉。他總結了中國軍民 30多年來和俄國侵略者進行鬥爭的經驗，制訂了周密的計畫，進行了細緻的準備工作。 1682年4月，康熙帝到盛京（今瀋陽）謁陵後，由撫順、興京、哈達城（今西豐），出柳條邊，5月到船廠（今吉林市），航行於松花江上，親身視察邊防情況。9月，康熙帝派副都統郎談、一等公彭春率煩幾百人，以捕鹿為名，到雅克薩附近偵察地理形勢和水陸交通。1683年1月，郎談等回到北京報告，認為要攻取俄羅斯並不難，只要發兵3000 人就足夠了，並建議立即行動。康熙帝沒有同意這種單純從軍事上考慮的意見，認為必須作更充分的準備，先在黑龍江（今愛輝）和呼瑪爾兩地建城駐兵，儲存糧食，修造船隻，籌劃屯田，開闢驛路，以求戰而能勝，勝而能守。
1683年夏天，康熙帝下令設立黑龍江將軍，由副都統薩布素擔任，駐守璦琿（今愛輝），並先後3次調兵3000人進駐，保衛黑龍江流域，準備剿滅入侵的沙俄侵略者。
清軍在做好軍事進攻的同時，為了爭取和平解決雅克薩問題，曾多次派人送信給盤踞在雅克薩的沙俄侵略者，要他們撤離中國領土，回到俄國境內，不要擾害中國居民，否則大軍進剿，將全部殲滅。但侵略成性的沙俄侵略者，對中國的警告置若罔聞，反而招募新兵，增強雅克薩的兵力，並任命有作戰經驗的軍役貴族托爾布金為阿爾巴津督軍，來到雅克薩指揮作戰。
康熙帝在對沙俄侵略軍多次警告和勸說無效之後，決定出兵剿滅這夥匪幫。1685年 6月，康熙帝派遣都統彭春率兵進抵雅克薩。彭春到達雅克薩後，先派人送去康熙帝致沙皇的信和他本人給雅克薩俄軍的咨文，要求俄軍撤離中國，對侵略者發出最後警告。
6月23日，清軍統帥部移至雅克薩城下和俄方對話，俄方頑固，且出言不遜。6月24日，清軍列陣，包圍雅克薩。25日，有一隊俄軍從黑龍江順流而下，企圖衝進雅克薩，被清軍攔截，在江上展開激戰，斃傷俄軍40多人。接著，清軍架起大炮，向雅克薩猛烈轟擊，俄軍傷亡嚴重，心膽俱裂，走投無路。在清軍的勸降下，俄軍頭目托爾布金豎起了降旗。清軍接受了俄軍的投降，並對他們採取寬大態度，准許700多名俄國人撤出雅克薩，經額爾古納河，返回俄國。另有巴什裡等45名俄兵不願回國，要求留在中國，隨清軍回到璦琿。
托爾布金從雅克薩退到尼布楚，但侵略中國的野心不死，仍想捲土重來。這時，由彼頓率領的600名援軍到達尼布楚，俄軍的力量增加了。同時，他們打聽到，清軍戰勝後已全部撤回璦琿，並沒有在雅克薩留兵駐守。因此，托爾布金和彼頓立即率軍重新佔據雅克薩，並全力構筑城堡工事，籌集糧草，妄圖負隅頑抗。
俄軍再佔雅克薩，清政府不得不再次出兵。1686年3月，康熙帝下令：今俄軍復回雅克薩筑城盤踞，若不速行扑剿，勢必積糧堅守，圖之不易。令將軍薩布素等，率所部 2000人，攻取雅克薩城。7月，薩布素奉命率所部2000餘人及福建籐牌兵400人進抵雅克薩，隨即圍城進攻。經過兩個多月的攻城和圍困，俄軍損失慘重。9月底，俄國頭目托爾布金被擊斃，城中俄軍大多戰死或病死，800多俄軍最後只剩66人，糧食彈藥也消耗殆盡，困守雅克薩的俄軍只有坐以待斃。
康熙帝為了徹底解決沙俄侵略黑龍江流域的問題，以求得邊界上穩定的和平，多次寫信給沙皇，譴責俄國對中國的侵略，建議他撤回侵略軍，派使議界。1686年9月，清政府又委託從北京回國的荷蘭使臣賓顯巴志帶信給俄國沙皇，建議兩國休兵，舉行談判，共同議定邊界。
1686年11月，正當雅克薩圍城旦夕可下的時候，一批俄國信使，由文紐科夫和法沃羅夫率領，從莫斯科來到了北京，遞交沙皇要求解除雅克薩的包圍和派使臣戈洛文來華議定邊界的信件。康熙帝同意了俄國沙皇的請求，下令停止戰鬥，解除對雅克薩的包圍，並實現單方面撤軍。11月底，清軍停止進攻。1687年5月，清軍撤離雅克薩返回璦琿，等待俄國使團的到來。進行兩年多的雅克薩戰爭至此結束。
這場戰爭，是中國人民和清政府反擊沙俄侵略，驅逐入侵者，收復被侵佔領土而進行的一次自衛的正義戰爭。
