據美國國家廣播公司報導，美國情報人員透露，警方已在波士頓洛根機場的停車庫發現了嫌疑犯遺棄的一輛小汽車。聯邦調查局官員幾乎可以肯定，有至少5名恐怖份子就是乘坐這輛汽車來到機場的。9月11日，從這裡起飛的兩架客機遭劫持，分別撞擊了世貿中心的兩座姊妹樓，造成了史無前例的人員傷亡。
聯邦調查局通過機場設置的監視器畫面發現，小汽車上的5名乘客「很明顯」是阿拉伯人。警方還在小汽車內發現了航班信息手冊和其他資料。調查人員從洛根機場的乘客登記冊上發現，一名可疑的恐怖份子是從美國北部的緬因州飛到波士頓同其他恐怖份子會合的。
中央情報局人員還發現，其中2名恐怖份子持有「阿拉伯聯合大公國」的護照。
在美國南部佛羅里達州，聯邦調查局正在搜查布羅沃特縣的一處住宅。該建築位於海邊的一個叫Daytona的海濱。劫持飛機的恐怖份子曾居住在這座房子裡。
聯邦調查局高級官員們在接受美國國家廣播公司記者採訪時聲稱，調查人員們「百分之九十地肯定」本．拉登可能是這一系列恐怖事件的幕後策劃者。但9月12日，巴基斯坦一家名叫Khabrain的報紙發表了本．拉登的聲明。本．拉登說：「恐怖行動是一些美國組織的所作所為，我與此事沒有任何關係。」
曾在美國前總統克林頓政府任職的2名高級反恐怖專家告訴美國國家廣播公司，只有本．拉登旗下的遍佈全球的「准軍事恐怖網」才有「能力和動機」在美國發動這樣大規模的襲擊行動。
美國愛達荷州立大學反恐怖專家希恩．安德森教授在接受採訪時稱，他「百分之九十九點五地肯定」本．拉登組織是襲擊的幕後策劃。
阿富汗塔利班當局在9月11日美國恐怖襲擊發生後發表聲明指出，阿富汗和本．拉登與此事沒有牽連。
9月12日，塔利班當局再次發表正式聲明稱，如果美國調查者能出具確鑿的證據證明本．拉登與恐怖襲擊事件有牽連，阿富汗將考慮將本．拉登引渡到美國。
