中共外交部發言人朱邦造指出，美國希望中共支持打擊恐怖主義活動，中共也有同樣理由要求在打擊民族分裂和恐怖主義的鬥爭中，得到美國的理解和支持。這句話被西方媒體解讀為，中共希望以支持美國對阿富汗動武為條件，換取美國支持中共打擊疆獨、藏獨及台獨。不過，朱邦造隨後公開宣稱，美國軍售臺灣與反對恐怖主義是不同的問題，中共不會在此問題上與美國交易。同時，中共國務院台辦副主任王在希在「九一一」事件的第二天已明確表示，美國受到恐怖份子襲擊，對兩岸關係不會產生直接影響。
由此看來，被中共視為「五毒」之二的疆獨和藏獨運動，才是中共當前最感頭痛的問題，因為獨立問題挑戰了中共維護主權與領土完整的決心，這些民族分離主義成員提出的人權及民族自主口號，受到世界各國關注，增加中共解決兩地區問題的難度。
流亡海外的西藏精神領袖達賴喇嘛多次強調，他所追求的是西藏的真正自治，希望維護西藏獨特的宗教、文化與語言，並且保障西藏的人權，同時希望與中共對話解決西藏問題。但是中共多年來不斷鼓勵漢人大量移往西藏定居，被西藏人視為意圖消滅西藏特有的語言和文化，達到鞏固中共政權的目的。中共並且聲稱，除非達賴喇嘛公開承認西藏是「中國」的一部分，也聲明臺灣是「中國」的一省，否則北京不會與達賴喇嘛進行對話。
西藏問題在中共的嚴格控制下，近年來並未出現失控的暴力抗爭事件，不過，中共已經注意到，隨著時間的推移和形勢的發展，一批在西方國家受過現代教育的原西藏貴族子弟，正逐步接掌流亡政府。由於他們瞭解西方的政治體制和當代國際關係準則，強調要對中共開展「合法鬥爭」，並與西方社會各界密切聯繫，活動手段更加多樣化，對中共穩定西藏、打擊藏獨勢力構成嚴重的新威脅。
新疆問題比西藏更加嚴重，中共新疆社會科學院中亞研究所所長潘志平指出，目前有恐怖主義、分裂主義和極端宗教主義三股勢力影響新疆的穩定，新疆正處於與這三股勢力鬥爭的第一線。
新疆位於大陸西北邊陲，與外蒙古、俄羅斯、哈薩克、吉爾吉斯、塔吉克、阿富汗、巴基斯坦及印度八個國家接壤，邊境線長達五千多公里，外在環境十分複雜。再加上新疆境內有多種民族聚居，還有眾多的伊斯蘭教信徒，與外界有歷史傳統的聯繫，地緣政治因素影響新疆的安全穩定。
根據中共的分析，新疆維吾爾族獨立分子成立了以建立伊斯蘭國家為目的的組織，並在新疆各地設有秘密聯絡點和據點。以宗教教義做為掩護的民族分裂主義活動，在新疆有很強的號召力和凝聚力，加上獨特的文化、語言、生活習俗和居住環境等因素，為獨立運動提供了天然的屏障和保護，增加中共防範和打擊民族分裂勢力的工作難度。
最令中共困擾的是，九十年代以來，新疆民族分裂主義勢力十分活躍，已經在當地發動若干起武裝暴動和騷亂事件，而且在國際的支持下，大陸境外的民族分裂主義勢力已經聯合起來，與境內勢力共同進行活動。不過，從事新疆民族運動的東土耳其斯坦信息中心負責人迪裡夏提強調，他們爭取的是改善新疆人權，雖然同屬回教世界的一部分，但他們卻反對恐怖活動。
事實上，發生在巴爾幹半島的科索伏戰爭曾經引起中共強烈的危機感，擔心美國以保護少數民族人權為理由，將武力干涉南斯拉夫的模式，運用在干涉西藏及新疆等地區的民族矛盾問題上。中共為此考慮重新調整政治、經濟、軍事和外交戰略以及處理內部民族問題的態度，包括實施西部大開發戰略、適當調整民族區域政策、加強新疆和西藏在經濟上與大陸其他地區的聯繫與合作、結合俄羅斯和中亞國家成立上海合作組織解決邊境問題等。但是中共透過極權統治手段控制少數民族社會發展，才是當地抗爭事件不斷的主因。
美國遭受恐怖份子襲擊引起世人震驚，恐怖主義已使人類社會的安全面臨嚴峻挑戰。中共自認為也是國際恐怖主義的受害者，在美國尋求合作之時，將支持美國打擊恐怖主義做為籌碼，希望美國不再反對其對新疆與西藏的鎮壓活動，進一步將民族獨立運動「消滅在萌芽狀態」。然而，有關資料顯示，過去中共向中東地區銷售武器企圖削減美國影響力，暗中鼓勵回教恐怖主義的做法，證明極權中共才是世界和平的最大威脅。
