日報沖繩時報於九月二十四日刊載了對李登輝的專訪報導。該報為了「亞洲的觀點」企劃案，於十六日專訪了李登輝，訪問中談及有關沖繩及釣魚臺列嶼（日本稱為尖閣群島）的歸屬問題。
李登輝對日本媒體表示，沖繩有其複雜的歷史，也多少受到中國文化的影響，但是至今仍然留有其獨特的地方色彩。因為日本是個民主國家，所以沖繩歸屬日本還是好的。
東森新聞報導，針對李登輝言論，臺灣外交部發言人張小月25日表示，外交部一向主張釣魚臺屬於中華民國，而捍衛主權是外交部既定立場，從國際法的角度來看，釣魚臺一向是中華民國的主權所管轄的地區，這是無可妥協的。
有關釣魚臺的歸屬問題，李登輝則對沖繩時報表示，釣魚臺是屬於沖繩的，所以也是日本的領土。中國大陸再怎麼主張其領土權仍是沒有憑據的，從國際法來看，並沒有任何明確的依據。在國際法上既沒有「中國領土權」的根據，又沒有「曾駐兵的事實」，所以中國大陸根本沒有資格爭取釣魚臺領土權。
李登輝這樣的說法立刻引起各方激烈對立，台聯立委廖本煙高分貝附和李登輝。國民黨團書記長李全教則挺身捍衛中華民國對釣魚臺主權，不過，曾是保釣運動健將的臺北市長馬英九卻不願多表示意見。
李全教表示，他不清楚李登輝的講法不予置評，但政府應該堅持釣魚臺主權，無庸置疑，他強調，歷史就是歷史，不容抹殺，過去很多前輩，包括海外留學生都曾發動大規模抗議活動，包括臺北市長馬英九當留學生時都參加了抗議活動，身為臺灣人，應該堅持釣魚臺主權，不應輕率放棄。
新黨主席郁慕明則譴責李登輝賣國。他說，釣魚臺屬中國的領土，新黨支持者將會對李登輝言論展開反制動作。郁慕明表示，過去為了爭取釣魚臺島的主權，多少大學生及民眾走上街頭，在國內外熱烈展開「保釣運動」，當時不表態的中國大陸就遭到不少的譴責，如今，李登輝公然說出釣魚臺是日本領土的說法，新黨不僅反對此一言論，更譴責李登輝此舉是「賣國」。
他說，釣魚臺是中國領土，而所謂「中國」則是「歷史中國」而非「政治中國」，何況，李登輝任內還一度考慮把釣魚臺劃入宜蘭縣管轄，如今卸任後就態度丕變，令人無法接受。
郁慕明強調，不論釣魚臺未來是中華民國或中華人民共和國領土，但最後絕不會是日本的領土，新黨支持者將會對李登輝的言論展開反制動作。
針對李登輝指釣魚臺是日本領土的說法，臺灣團結聯盟立法院黨團副總召集人廖本煙表示，這是依國際事實的認定「務實的說法」。
廖本煙說，釣魚臺列嶼主權問題與臺澎金馬的問題是一樣的，都應從第二次世界大戰日本戰敗所簽訂的國際公約來看，日本在「舊金山公約」中聲明放棄韓國、琉球及臺澎主權時，並未指明主權歸還問題。
他強調，「釣魚臺」戰後經美國託管後交給日本，這是依國際事實的認定，相對的，也說明臺灣是主權獨立國家，因此，李登輝的意見是務實的說法。
李登輝在受訪時還說，對於臺灣的漁民來講，重要的是漁權問題。戰前日本的國會將釣魚臺、與那國島、基隆的漁權讓給了臺灣，但是戰後日本政府卻沒有任何表示，希望日本政府能認真考慮。
李登輝認為，臺灣漁民之所以會介入釣魚臺紛爭，是「受香港人煽動」，對於李登輝的說法，臺灣學者認為，李登輝任內施行的「中華民國領海及鄰接區法」裡面就已明確記載中國領土含釣魚臺列嶼在內。
學者指出，李登輝任內，1998年1月施行的「中華民國領海及鄰接區法」，中華民國領土明確包含釣魚臺在內，行政院在1998年12月31日公布的第一批領海基線、基點的範圍，主要內容包括：一、臺灣本島及其附屬島嶼，含釣魚臺列嶼；二、東沙群島；三、中沙群島的黃岩島；四、南沙群島。
而正在臺北訪問的日本眾議員、前日本外務省大臣水野賢一則表示，對於沖繩時報所公布的信息，他沒有看到，因此不能做評論，但是在推動臺灣與日本之間的關係上其實有很多事情需要雙方共同努力，釣魚臺事件只是臺灣與日本關係之間的一個小事件而已，他認為兩國應該朝其他方向一起來努力，不必侷限於釣魚臺的問題上面。
