2002年12月29日，法輪功年度修煉心得交流會在台大體育館開幕，一些官員和政治人物以各種形式表達了他們對大會的祝賀和支持，但是最引人注目的還是臺北市長馬英九上午出席了大會，並且發表講話。他表示，宗教自由、信仰自由是自由社會普世價值，也是基本自由和人權。他看到法輪功學員在大陸被迫害、被殺害，心中非常不忍。他更強調出席法輪功活動，「不擔心會得罪哪一個政府、哪一個政權」。馬英九的講話和照片刊登在美洲「世界日報」的頭版，非常振奮人心。
馬英九是眾所周知統派所力拱的政治明星，以他這樣的身份，卻敢於挑戰中共這種殘暴、獨裁的政權，現在已經不多見了，這也是最珍貴的地方。臺灣是個民主和多元化的社會，不同的意識形態都有發表的機會，不同意識形態的政黨也都有執政的機會。但是不論哪一種的意識形態，既然尊重民主國家的遊戲規則，就要尊重民主的理念，不能去聯合專制獨裁的中共來影響臺灣的政局，不管引狼入室，還是拉大旗作虎皮，都是不對的，特別是引狼入室就根本是「臺姦」的行為。
為了增加兩岸的彼此瞭解，政商人物的溝通交流都很必要，既然來臺灣的中共政商人物是來推銷他們的理念，那麼臺灣的政商人物到中國時也必須宣傳臺灣自由民主人權法治的理念，而不只是在中共官員面前點頭哈腰，更不可以把雞毛當令箭，充當中共的傳聲筒。
馬英九為法輪功站臺給統派做出好榜樣，希望臺灣統派的政治人物到中國時，要求中共尊重不同的政治主張，尊重不同的宗教信仰，尊重臺灣的人權，不要只是揣摩中共的心意，充當奴才佣僕的角色。
臺北市長：雖然不是宗教 仍有結社權利
據南華早報2003年1月15日報導，受到北京不常有的批評後，臺北市長馬英九說，雖然一些人不把法輪功當成是一個宗教，「他們仍然可以作為自由的社會的一部分享受結社的權利。」
報導說，馬先生說：「在臺灣，我們沒有看到有任何跡象表明法輪功是可怕的X教。只要他們在法律範圍內運作，不打擾別人，不損害公共利益，他們對我們沒有任何威脅。」
他說：「宗教壓制實際上不是中國傳統文化的一部分，作為中華文化的繼承人，大陸真應該更加寬容。」
他說，雖然一些人不把法輪功當成是一個宗教，「他們仍然可以作為自由的社會的一部分享受結社的權利。」馬先生說政府不干預類似組織是更明智的。
報導還說，馬先生說，新華社發表一篇社論，聲稱「某個臺灣政界人士」呼籲對該功法的容忍而「傷害兩岸關係」，對此他並不感到意外。
馬先生說除非北京改變它對被禁的法輪功的態度，否則兩岸統一「不可能有任何希望」。
