正式會議開始之前，負責具體主持評議會工作的評議會秘書翁文灝，即與在重慶及已到重慶的評議員朱家驊、王世傑、傅斯年、周仁、竺可楨、汪敬熙、李四光等，就院長候補人問題進行了非正式溝通，徵詢大家意見。時任中國駐美國大使的胡適，似乎是中研院院長最熱門的人選。傅斯年致胡適的信中說：「我輩友人以為蔡先生之繼承者，當然是我公，又以為從學院之身份上說，舉先生最適宜，無非表示學界之正氣、理想、不屈等義。」據說陳寅恪曾聲明，重慶之行只為投胡適一票，但是，翁文灝三月十六日接到一封陳佈雷給他的信，說蔣委員長「盼以顧孟余為中研院院長」（翁文灝日記）。翁文灝次日在中研院與傅斯年等會面時，原樣轉達了陳佈雷信中的意思。不料一石激起千層浪，傅斯年對此「頗表憤慨」，認為這種事先指定的做法「於（中央研究院組織）法不符」。汪敬熙、李四光也「主張應有Academic free spirit（學術自由精神）」。
翁文灝將眾人的意見很快反饋到陳佈雷處。陳佈雷急忙對翁文灝解釋，說蔣介石只是在與他和張群談及中研院時，提到中研院應歸行政院管轄，院長不宜由評議會選舉，但也「未言決即更改」；「對院長人選，曾提及吳稚暉、戴季陶、鈕鐵（惕）生等，嗣又提及顧孟余」。陳佈雷如此一說，好像反倒是中研院小題大做了。既然蔣本人也只是非正式地提及，並沒有一個斷然的決定，除向陳佈雷說明「盼能依法辦理」，希望不至破壞法律外，翁文灝也就沒有再作更多的表示。此外，翁特意又走訪了陳佈雷提到的，蔣作前述表述時的另一位在場者張群，似乎也沒有探聽到更多與陳佈雷所說不一致的地方。下午，翁文灝、傅斯年、任鴻雋、李四光、汪敬熙一起，又與王世傑專門討論選舉院長事。據翁文灝日記載，當時王世傑只是表示，關於此事，他本人「有二個consciences（良心）」。兩個什麼consciences？翁日記沒記，王世傑具體說沒說也不得而知。到三月二十日，已有更多的評議員到渝，大家又聚在中研院，醞釀院長候補人選，議論所及，主要有胡適、翁文灝、朱家驊、王世傑、馬君武及顧孟余六人。次日，在翁文灝舉行的歡迎宴會席間，評議員們進行了一次民意測驗性的非正式投票。結果翁文灝得二十三票，胡適得二十二票，朱家驊得十九票。
二
中央研究院評議會終於在重慶的濛濛細雨中，於三月二十二日正式開幕。第二天，會議進行院長候補人的正式選舉。到會評議員以無記名方式推舉三名院長候補人，結果翁文灝與朱家驊各二十四票，胡適二十票，李四光六票，王世傑四票，顧孟余一票。按照有關規定，評議會將得票最多的前三人具名呈報國民政府。
按說此事的結果還算圓滿，一方面學者們頂住了最高當局的「條子」，顯示了自己的academic free spirit；另一方面，當局沒有再強行施壓，或搞暗箱操作之類，而學者們選出的翁、朱、胡三人，也並不出當局意外。胡適旺盛的人氣原本也只是國內知識界（主要是人文社會科學界）一種情緒的表達與釋放。陳源的態度可謂是最典型的代表：中央研究院院長胡適當得，但是他「現在在美國的使命太重要，不能回來也是事實」。傅斯年說得更明白「實則我們之選與不選，先生之就與不就皆不相干。」而且他們也沒指望蔣會舍翁、朱而選胡。況且連胡適本人也「並不想做院長」。這在他給夫人江冬秀的信中說得很明確。他的夫人也不願意，而且要胡適拿定主意，不要把人格、思想毀在這個年頭上。
三
按說接下來的事應該比較簡單了。胡適是思想家，當時中國名氣大得不能再大了的學者，時任駐美國大使；翁文灝是中國地質學的奠基者，也是當時中國科學家中國際知名度最高的，時任經濟部部長；朱家驊在三人之中學術資歷最淺，但也算是地質學家出身，作過大學教授、系主任，時任國民黨中央組織部長。三人之中圈定誰都沒有什麼困難，甚至不久就已有人向在國內的胡適夫人江冬秀道賀：胡適要當中研院院長了。
然而一波未平一波又起，從三月下旬直到九月上旬，中央研究院院長的正式任命遲遲沒有下文。實際上，關於中央研究院院長人選問題，自從蔡元培逝世以後各方就一直在較量之中了。
最不願意胡適此時回國的是國民黨中央宣傳部長王世傑。用王世傑的話說，雖然胡適算不上一流的外交家，美國的外交政策也不是容易被他國外交官轉變的。但他認為，美國外交政策中那些可以設法轉變的，胡博士去做就比其他人有效。因此他極力反對讓胡適回國當院長。據信，蔣介石讓陳佈雷「下條子」舉顧孟余的事，就是王世傑的移花接木之計。沒想到弄巧成拙，此事遭到學者們的強烈反彈，選胡適的呼聲反而更高。陳寅恪尤其大發學術自由之說，甚至明確表示：我們總不能單舉幾個蔣先生的秘書。
最想且最有能力把胡適從美國調回來的，不是傅斯年，更不是陳寅恪，而是行政院副院長兼財政部長孔祥熙。孔祥熙是個對權力和財富慾望都很強烈的人，雖家財萬貫，仍聚斂不止，尤善假公而濟私。尤其是知識份子，對孔祥熙最為反感。傅斯年多次在國民參政會公開攻孔，要求其下臺。而胡適對傅斯年攻孔行為是不贊成的。但是，一九四○年初，為美國第二次對華借款以雲南錫礦砂作抵押事，胡、孔產生矛盾。孔祥熙同意在先，內容對外公布後又反悔，責備條件太高，要求胡適重談。雙方關係由此惡化，孔甚至必欲使胡適去之而後快。中央研究院院長選舉之後，孔祥熙找到了一條排擠胡適的正當理由。
很快，國內有關胡適將回國任中研院院長的消息不脛而走，甚至駐美大使的繼任人選顏惠慶本人都已整裝待發了。與此同時，孔則不斷組織對胡適的攻擊。「因為他們攻擊的次數太多」，蔣介石也做出「還是請他回來吧」的表示。此時最覺尷尬的要算是胡適了。雖然「並不想做院長」，但此時若聲明不干，那則有戀棧之嫌。因為在知識份子眼中，中研院院長就像大學校長一樣，畢竟屬於學術職務，而駐美大使則是政府官員。「官迷」的名聲對於崇尚自由主義的胡適要算是最重的罵名了，因此他一開始採取了「此時一切不過問」對策。但是沒過多久他就撐不住了。七月二十二日，胡適致函王世傑，對外間盛傳其將被免職事表示不快，且露辭意。收到此信後，王世傑如熱鍋螞蟻，他先後找陳佈雷、翁文灝商議對策，又將信送呈蔣介石。此事的最後決定者蔣介石，此時方正式表示由胡適繼續任大使不變，並囑外交部公開否認外電所傳胡適辭職謠言。二十七日，王世傑電胡適：「外傳調兄返國，均由中央研究院問題引起，政府覺美使職務重於中研院，迄無調兄返國決定。」
四
接下來院長的人選只有在翁文灝、朱家驊之間選擇了。一直到蔡元培先生逝世半年有餘的九月十八日，國民政府才正式公布派朱家驊為中央研究院代理院長的任命。
據張群講，中研院院長人選問題，蔣原意是想讓胡適回來，後又想任命翁文灝，直到最後時刻才決定改由朱家驊暫代。朱家驊明明是合法的三位候補人之一，為什麼不正式任命而只付以暫代之名呢？這大概就是王世傑的conscience。王不想讓胡適此時離任回國，但又覺得胡適因此失去中研院院長犧牲太大，於是欲留此位以待之。故說動老蔣，此時只讓朱家驊暫代。朱騮先此時心中雖頗為不悅，但中央研究院代理院長對他也還是個頗有誘惑力的職位，最後還是同意了。不過胡適從朱家驊手中接掌中央研究院，則是十八年以後在臺灣的事了。
