滴水不漏的保密工作令境外媒體有些驚訝
在1969年4月1日晚由新華社發布「九大」開幕的新聞公報之前，關於會議的籌備情況，對外採取了極為嚴格的保密措施。
出席「九大」的代表未經過選舉，是由各級革委會「黨的核心小組」推薦決定的，其中不少是紅衛兵造反派的頭頭，很難對群眾保密。為了切斷與外界的一切聯繫，除極少數軍政高級領導幹部中的代表外，全體代表都在大會之前的三個多月，便以省市自治區為單位秘密集中，進行全封閉式的學習，隨時準備出席大會。
參加「九大」的代表分住在北京飯店、前門飯店和京西賓館。大會秘書處設在京西賓館。各賓館警衛森嚴，大門緊閉，代表一律不准外出；室內電話全部撤消，靠街的窗戶不得打開，晚上須拉上窗簾。
大會於4月1日下午舉行。20世紀60年代，人民大會堂四周平時遍佈崗哨，不准群眾接近，偏偏它又處於北京市區中心，過往群眾無不對它充滿了神秘感。現在，1500多名代表和幾百名大會工作人員齊集人民大會堂，要想不讓外界察覺，實在是一件不容易的事。
上千人的大會最難保密的是乘車和進入會場。大會秘書處為此作了周密部署：
住各賓館的代表一律乘大交通車，每車45人，定車定人，各代表團按順序登車。
登車前，各代表團在賓館樓下大廳集中列隊候車，大交通車每次開來兩輛，車門面向賓館，剛好擋住大門，車剛停穩，門衛便打開緊閉的大門，代表們迅速登車，此後每隔三四分鐘，就有兩輛大交通車開來。如此每個賓館只需有六七次，約半小時左右即可將全部代表接走。
行車路線是精心安排的。以住在北京飯店的代表為例，從他們的住處乘車直開人民大會堂，距離不到一公里，行車時間只需兩三分鐘。但為了掩人耳目，代表們的車子卻背道而駛，向東開到東單，轉而向南到崇文門沿前門東大街、西大街西行，再右轉北新華街，兜了個大圈子，最後開進人民大會堂側門院內停車，代表們就可隱蔽從容地由便門進入會場。
會場用厚厚的深色窗簾把門窗遮蓋得嚴嚴實實，看不到任何燈光人影。
當晚，中央人民廣播電臺的播音員，以高亢激動的聲音播出「九大」開幕的新聞時，確實在國內外引起強烈反響。一些外國通訊社、報紙迅速報導了大會消息，或發表評論，對沒有預先得知開會消息感到有些驚訝。包括毛澤東在內的一些中央領導人對此都深感高興，好像是打了一場大勝仗。
毛澤東的講話不斷被口號打斷，僅留下649字的講稿
大會於17時開始，毛澤東首先宣布了大會議事日程。接著選舉大會主席團，共176人，名單已提前發給全體代表。毛澤東問大家贊成不贊成？下面報以暴風雨般的掌聲，於是舉手通過。然後是選舉主席團主席、副主席和主席團秘書長。這時毛澤東面帶微笑地說：「什麼人合適呀？我提議林彪同志當主席團主席，大家同意不同意？」
林彪趕緊把嘴向擴音機前湊了湊，大聲說：「我們偉大領袖毛主席當主席團主席！」
毛澤東又說：「林彪同志當主席，我當副主席，好不好？」林彪站起來，笑著對大家說：「我們偉大領袖毛主席當主席團主席，大家同意請舉手！」
代表們笑著高高舉起右臂，林彪高喊：「通過！」會場又響起熱烈掌聲，接著是高呼「毛主席萬歲」的口號聲。
毛澤東接著說：「那就林彪同志當主席團副主席，贊成的請舉手！」
代表們再次舉手，鼓掌。
毛澤東又說：「我提議周恩來同志當主席團秘書長，贊成的請舉手！」代表們又舉手，鼓掌。毛澤東高興地說：「好，通過！」
4月1日開第一次全體會議，毛澤東致開幕詞，口號聲此伏彼起，講話二十幾分鐘，竟被打斷數十次之多。一些人也不管毛澤東講到哪裡，甚至一句話還沒講完，便站起來領呼口號。那時的口號都是成系列的，一喊就是一串，不能中途停下；有人領喊，大家就得跟著呼喊，而且要喊出精神來，不然就是缺乏「階級感情」。會場的氣氛卻對毛澤東的講話造成極大干擾，他也逐漸有些不耐煩了，不得不草草打住。最後，經大會秘書處整理的毛澤東講話稿僅有649字。他實際講話時間少於呼口號的時間。
十個黨內「反對派」如果不選，他們「可能壞得更快」
毛澤東在4月11日和4月23日兩次會上都談到黨內「反對派」，或曰「對立面」的問題。他點了10個人的名字：陳雲、朱德、李富春、李先念、聶榮臻、葉劍英、陳毅、徐向前、鄧子恢、張鼎丞。但是，毛澤東卻主張把這些人作為對立面選進九屆中央委員會裡。他說：「不把這幾個犯錯誤的老同志選進去不好。黨內有幾個反對派有什麼要緊？你反你的嘛！」毛澤東還說：「如果不選他們，可能壞得更快。他們不改怎麼辦？地球還不是照樣轉！」
根據毛澤東的指示精神，主席團秘書處作出規定：既要保證這10人當選，又不能讓他們得到高票，據說這樣才能使這些人認識到自己錯誤的嚴重性，促使他們轉化。為此，各代表團受領任務：把哪些人投或不投這10名「對立面」的票，落實到「人頭」。
4月23日下午，進行正式選舉。到會代表1510人，僅有2人請假。
分兩次投票：毛澤東以全票當選。林彪獲得1508票，會後有權威人士透露，林彪為了表示不能與毛澤東平起平坐，他自己和他妻子葉群投了反對票。周恩來獲得1509票。風頭正健的江青獲得1502票，雖然只少了8票，但這8個敢於在江青名字上面打X的人，卻有被打成「現行反革命」的危險。江青是很看重這8票的，事後曾秘密作過調查。
10名「對立面」完全按照毛澤東的意圖當選：朱德809票；陳雲815票；李富春886票；陳毅867票；徐向前808票；聶榮臻838票；葉劍英821票；鄧子恢827票；李先念922票；張鼎丞1099票。
選舉中還有一件趣事：當王良恩宣布中央委員候選人、工人代表王白旦以全票當選時，會場立即響起一片議論聲。此人在全國毫無名氣，誰也不會故意把他劃掉，而他自己又不懂謙虛，結果使自己成了170名中央委員中，得票惟一與毛澤東平起平坐的人！散會後許多人都憤憤不平地大罵這位工人太不謙虛：「你比林副主席還能！」
