據介紹，這21封投訴信按內容可分為7類，分別為：
對研究成果歸屬提出異議，涉及7位院士，均為署名投訴，審查結果為對5位院士的投訴不屬實，對2位院士的投訴部分屬實；
反映院士學術作風不民主，涉及院士3人，審查結果為對1位院士的投訴不屬實，另一位院士存在一定的學術作風問題，但不存在違紀問題，還有1位正在處理中；
反映院士宣傳偽科學，涉及院士2人，審查結果為情況均不屬實，純係媒體不恰當宣傳引起；
反映1位院士通過不正當手段當選院士的問題，審查結果為情況不實；
反映2位院士的經濟問題，生活作風問題，醫療事故問題等，因不屬於科學道德範疇，已轉有關單位處理；
反映1位院士作為導師，其博士生發表的論文有剽竊行為，審查結果為情況屬實；
反映2位院士參與做廣告，目前投訴信正在處理中。
此外，本屆科學道德建設委員會還受理了上屆遺留下來的4件對院士候選人的投訴，已轉由增選委員會受理；另有對院士的學術論著提出不同學術意見的兩封信也不屬於科學道德範疇，基本情況已與有關院士進行了溝通。
在對上述投訴信件進行認真細緻的審查後，中國工程院採取了不同的處理措施。杜祥琬介紹說，對不實的投訴，採取適當方式，正面維護了院士的聲譽；對不屬科學道德和學風範疇的問題，轉有關行政單位處理；對個別院士在科學道德和學風方面存在一定問題的，採取適當方式讓院士本人瞭解和思考有關投訴內容，或進行必要的談話和溝通。學生出問題的，院士作了自我檢查；對署名的投訴人，給予必要的回覆。對反覆投訴者，也做了一些耐心的工作。
杜祥琬說，允許投訴，規範地處理投訴，是院士制度不可或缺的一個方面，是社會和群眾對院士監督和約束的一個必要渠道和形式，是院士隊伍建設中，對院士自律的一個必要補充。目前仍存在少量的投訴是正常的，反映了社會各界對維護院士群體榮譽性、純潔性的良好願望，也是社會現實在院士隊伍建設上的反映。
杜祥琬表示，院士們是生活在一個複雜的社會現實之中，科技界和社會上存在的某些問題在院士隊伍中有所反映。個別院士在對科研成果歸屬的處理上，在科學民主作風方面存在問題；研究生剽竊抄襲，而且和導師共同署名，作為導師的院士負有責任，這些情況雖屬個案，但社會影響很大，值得引起高度的重視和警惕。
