穆罕默德死後，繼任者稱為哈里發(Khalifa，英文caliph)意為「代表者」，由各領袖公舉出來，是宗教、政治和軍事集於一身的領袖。結果只有四任哈里發為正統從宗教方式推舉出來，第五任開始靠政治軍事勢力而自稱哈里發，不再其宗教的威信。在伊斯蘭教的歷史中，四位正統哈里發，有三位都是被行刺而死，第二任歐麥爾(Umar) 攻滅波斯，後被波斯奴隸所暗殺。其後兩任都被伊斯蘭教的異見者行刺，第三任奧斯曼 (Uthman)因麥地那的領袖不滿其任用小人，結果被刺殺而死。第四任是穆聖的女婿阿里(Ali)，上任後寬恕了行刺者，因行刺者是其妻的前夫兒子。因此引起不滿，操控大馬士革軍政權的穆阿維葉(Muawiyah)起兵挑戰其權威，阿里對他開戰獲勝，但卻寬恕了他。阿里的一批追隨者對此益表不滿，認為阿里不夠公義，背棄了「古蘭經」教義，這批人乃分離出去，稱為哈瓦立及派(Kharajites)意為「退出者」。
後因阿里在Nahrawan 一戰中屠城，哈瓦立及派者中人因妻子被害者，於六六一年刺殺了阿里。其後穆阿維葉出兵討平阿里的勢力，最後圍攻擊殺阿里之弟海珊(Husain)，穆罕默德家族至此被伊斯蘭教徒自己毀滅淨盡。穆亞維葉自封為哈里發，建立了倭馬亞王朝(Umayyad)，但已成世俗的軍政領袖。而被摧滅的阿里系絲殘餘，否認其權威，自己組成十葉派(shia其徒眾名shiltes)，退往伊拉克，後到波斯(今伊朗)建立根據地，以恐怖主義行動攻擊其它伊斯蘭教徒。
此外，暗殺阿里的哈瓦立及派，建立一種激進社會改革的理想，一面與十葉派激烈爭鬥，一面則同樣對正統伊斯蘭教加以攻擊，這兩派就成為伊斯蘭恐怖主義的根源，因為他們的軍力遠遜於倭馬亞王朝，故用激烈的暗殺手段對付敵人。哈瓦立及派較喜歡與倭亞王朝正面交鋒，兩個世紀的不斷戰爭，漸被摧毀。十葉派則用迂迴手段秘密鬥爭。在第十世紀末奪得波斯為其根據地，明則採取戰爭，暗則派刺客行刺，成為一另類的伊斯蘭教派集團，人數較少而十分凶狼，由其分支教派，更出現以暗殺為專業的國家，成為恐怖主義的根源。
暗殺集團與信仰戰士
伊斯蘭教的恐怖主義暗殺傳統，在中世紀甚至成為一個國家組織。在第十世紀左右，什葉派有一更激進教派分支出來，名為亦思馬因(Ismails)教規就是奉教和專門刺殺敵人，包括刺殺伊斯蘭教中的溫和派。其教民在波斯以東山區立足，奪得?海南一帶險要山地，建數十個堡壘而立國，各國稱之為迷途者(Malahidas)中文史書譯「木剌夷」(刺字不是刺字，音「啦」)。木刺夷國弱人少，但靠專業暗殺令各國畏懼。在敘利亞這教派名Has Chischin，讀音為Assissin，此即為「刺客」一辭的來源，這可說是以恐怖主義立國的國家，後為蒙古西 征時摧毀。
在這時期，伊斯蘭世界受到十字軍反攻聖地，開始鼓吹聖戰觀念，又建立一批自殺敢死隊，稱為Mufahedin，意為「信仰戰士」，專門以自殺方式進擊敵人。如今這名辭，就被阿富汗游擊隊所採用，先是反蘇聯，繼而是反美和反西方。阿富汗的塔利班組織，就是這種「信仰戰士」的部隊，原屬阿富汗南部的Durrani部族，信奉巴基斯坦激進遜尼派的迪奧賓(Deoband)派，追求純正古蘭經教訓，反對非回教徒干預國家事務，要求趕絕所有外國人，領袖為奧瑪，支持者大多為地區性的部族，都是單純而未見過世面的農民和牧民。其教規重視清修，與世
隔絕，不准信徒讀書、照相、看電視電影，連運動、下棋、放風箏等遊戲都不容許。他們由於是激進遜尼派，故與激進的什葉派勢不兩立，曾企圖攻滅什葉派聖城 Mazar-i-Sharif (阿里墓所在地)與伊朗亦劍拔弩張。其背後則受巴基斯坦及沙烏地阿拉伯的激進遜尼派支持，軍力約二、三萬人。沙地富商拉登與之臭味相投。拉登為葉門人及巴勒斯坦人後代人，父為豪富，會在沙地國的King Abdul Aziz大學讀管理。在阿富汗抗蘇時，資助巨型防空洞，其所住的山洞竟裝有冷氣機。其兄Salim一九八九年在美國德州意外死亡，使他仇恨美式文明。在一九九一年美軍進駐沙烏地阿拉伯，攻擊伊拉克。拉登十分憤慨，認為沙地國是先知的聖地，包括聖城麥加及麥地那在內，是不容許非回教徒踐踏的，因為非回教徒吃豬肉，都是不潔者，因而極端反美。
他亦為西方資本主義入侵伊斯蘭世界而憂心，因為西方淺薄的世俗-王義，將威脅伊斯蘭文化的價值。故此他對西方採取一種義和團式的仇視心態，要求徹底消滅資本主義，要回歸純正的正統，與伊朗的高米尼是同一思路。美國曾訓練「信仰戰士」抗蘇，他們如今卻利用同
樣方法，訓練世界各地來的「信仰戰士」，以恐布主義攻擊資本主義國家，而美國這老虎將受傷撲殺，恐怕世界永無寧日了。
