針對公民投票法，臺灣朝野共有五個版本交付審查，自星期四下午4點半起，立法院展開逐條表決。
其中較具爭議性的第二條條文，民進黨籍立委蔡同榮版本、親前總統李登輝的台聯黨版本，提議將「國旗」、「國歌」、「國號」及「領土」變更列入公投，但表決結果都遭到否決，最終通過的是不涉統獨議題的國親版本（即國民黨、親民黨的泛藍軍版本）。
國親版本規定的公投法適用範圍包含：法律之復決、立法原則之創製、重大政策之創製或復決、憲法修正案之復決。
其他各項條文的表決中，泛藍軍佔立法院席次較多的優勢，大多通過的是國親版本。包括，公投的發動權應只限於人民（有一定的聯署人數規定），政府機構無權提出公投；以及，設「公民投票審議委員會」，來決定公投議題等。
「防禦性公投」
不過在第十五條條文，則是通過民進黨政府所提出的「防禦性公投」條文（所謂行政院版本）。
「防禦性公投」內容，是在「國家遭受外力威脅致領土有變更之虞時，可由總統經行政院院會就國家安全事項進行公投」。
輿論一般認為，這是指北京當局一旦對臺動武，臺灣即可發動公投，由民眾決定是統是獨。
除這條「防禦性公投」條文之外，臺灣這次公投立法幾乎通過的都是國親版本，因此有媒體稱為「泛藍軍大獲全勝」。
支持公投立法的臺灣群眾
「復議案」
不過立法院外持續守候一整天的大批獨派民眾，則相當不滿。台聯黨立法委員除到群眾前「致歉」之外，也召開記者會，抨擊國親版本的公投法將「窒礙難行」，希望行政院能提出復議，重新來過。
民進黨立法院黨團方面，也指責國親版本的公投法並未真正做到民主。
另一方面，親民黨立法院黨團同時也召開記者會，呼籲行政院尊重國會決議，不要提出復議案。在表決結束後，朝野雙方持續「交戰」。
受到公投法週四「表決大戰」的影響，臺北股市這天大跌120點。而國防部軍事發言人黃穗生則在面對媒體詢問時，向外界「信心喊話」表示，根據國軍掌握，共軍目前僅有例行性活動，沒有異常，臺灣國防部有萬全準備，對共軍動態也都嚴密監控、長期掌握。
整體而言，這次臺灣公投立法通過以國、親兩黨為主的版本，有評論者認為，是暫時拆除了敏感的統獨烽火「引信」，但行政院是否會提出復議案，泛綠軍有何反撲動作，朝野是否另辟修憲「戰場」，以及中國大陸、美國方面的反應，都是得持續觀察的重點。
