一、鎮壓異議人士
２００３年，是被中國異議人士普遍稱為「白色恐怖」的一年。據《２００３年中國民間人權報告》統計，２００３年有５０位異議人士因「煽動顛覆國家政權罪」、「顛覆國家政權罪」、「間諜罪」、「泄露國家機密罪」、「刺探國家機密罪」、「非法為境外組織蒐集情報罪」或者「密謀進行恐怖活動罪」等「危害國家安全」的罪名，被秘密拘捕（綁架）、拘捕、逮捕、起訴、審判或者執行刑罰，他們是：北京的何德普、姜力鈞、徐偉、靳海科、楊子立、張宏海、楊建利、徐永海、劉鳳剛、張勝其，上海的戴學忠、韓立法、桑堅成、鄭恩寵，四川的黃琦、歐陽懿、李志，陝西的顏鈞、趙常青，湖北的杜導斌，遼寧的姚福信、肖雲良，河北的蔡陸軍，廣東的王炳章，吉林的羅永忠、賈偉，新疆的陶海東，重慶的羅長福，福建的李江凡等８人，江蘇的張玉祥，山西的邸天貴，以及在四川被執行刑罰的西藏活佛阿安扎西（丹增德勒仁波切）、洛讓鄧珠、次仁鄧珠等１２人。
這５０位「危害國家安全」的異議人士中，有大量網路異議人士和民主運動人士，也有普通的上書公民和宗教人士，幾乎每一位異議人士的命運都受到中國民間網路媒體、海外中文媒體以及世界各國人權組織、新聞組織、宗教組織的關注。
但是很顯然，由於對異議人士實行秘密拘捕的動向已愈演愈烈，當局嚴密封鎖拘捕詳情，因此還有許多異議人士正在失蹤但並不為人所知。
在當局大量鎮壓異議人士的過程之中，湖北著名網路作家杜導斌於２００３年１０月２８日被捕一事體現得尤為典型，他的被捕顯示著中國知識份子目前所面臨的巨大恐懼和挑戰。日前已有包括多名諾貝爾文學獎得主和國際知名作家在內的將近２０００名各界人士聯名簽署《關於網路作家杜導斌因言獲罪一案──致溫家寶總理的公開信》、《保障言論自由，維護基本人權──關於湖北警方拘捕作家杜導斌的聲明》，要求中國政府立即釋放杜導斌等因言獲罪者，落實公民言論自由、結社自由及其他相關人權保障，並重新界定和明晰《中華人民共和國刑法》第一百零五條「煽動顛覆國家政權罪」、「顛覆國家政權罪」，這一條款被認為是「反革命罪」的現代變種。作家郭飛熊預測：溫家寶訪問美國之後，中國當局將很可能還有一個更大的抓捕計畫和抓捕行動。其抓捕對象的條件不定，諸如類似我編寫這個《民間人權報告》，與當局發出截然不同聲音的行為，亦在「危害國家安全」之列。
二、鎮壓底層維權
由「圈地運動」所導致的房屋拆遷等土地糾紛，以及由企業削減退休金、買斷工齡等所導致的勞動糾紛，是２００３年底層維權的首要導火索。在北京市，２００３年２月２６日（人大政協兩會召開前夕），２１８４２名居民因房屋拆遷等土地糾紛，聯名上書胡錦濤並政治局常委，舉報賈慶林；在上海市，２００３年５月１日１４時３０分，拆遷房屋中遭受財產和人身侵害的１３２名被拆遷戶代表聚集上海市康平路中共上海市委辦公地抗議；在四川省，２００３年４月２２日中午，遂寧市紡織廠約１０００名工人，由於不滿新的勞動合同條款，而在遂寧市中心交通要道堵路示威；在陝西省，２００３年６月２日８時，西安市雁塔區五個村的村民因不滿官商勾結企圖以低價收買地皮再高價炒賣，１０００多名村民到省委抗議；在湖北省，２００３年１１月８日、１１月９日，襄樊市襄陽汽車軸承有限公司７０００多名工人上街示威，抗議不合理的「工齡買斷」，並強力抨擊企業負責人貪污等現象；在河南省，２００３年１２月１１日上午９時，漯河市約１０００名居民由於房屋拆遷糾紛衝擊京廣鐵路河南省路段鐵軌，這當中還發生了４人死亡、５人重傷、２人輕傷的惡性事件；等等。
《２００３年中國民間人權報告》記錄了２５次底層民眾的維權活動，但這些維權活動大多遭到秘密警察、防暴公安及政府官員的鎮壓。其中，２００３年４月底，上海市靜安區拆遷戶控告發展商和有關部門迫遷收地，並因此將「上海首富」周正毅和靜安區政府告上法庭，從而導致上海著名律師鄭恩寵於２００３年６月６日被拘捕一事。
鄭恩寵以專門幫助被拆遷戶進行法律訴訟著稱，他代理過的被拆遷戶訴訟官司超過５００件。由於這些訴訟牽扯建商和官員甚至政府部門勾結，鄭恩寵因此成為各級官員的眼中釘，被官員們說成是「上海十個區長九個不滿鄭恩寵」。２００３年６月１８日鄭恩寵被正式逮捕後，２００３年９月３０日凌晨，上海８５名上訪民眾被上海警方在北京抓捕，被近１００名警察用四輛大型警用巴士，途經上千公里一直押解到上海，將他們分別關入上海蒙自路４３０號的原上海收容遣送站、上海青浦政法休養所。警方告訴這些被關押的民眾，他們將在這兩個地點關押１５天，期間要給他們辦改造思想的「學習班」。此後，２００３年１０月２８日，上海市第二中級人民法院便以「非法獲取國家機密罪」判處鄭恩寵三年徒刑。判決書指其涉及兩條罪：一是他曾向某記者打聽新華社在２００３年４月３０日內參第七期關於上海非法佔地拆遷的內容；二是指他將上海某廠下崗工人因補償不公平引發示威的消息向海外媒體透露。對鄭恩寵的宣判和監禁，在海內外激起強烈抗議，此判決被稱為「國家誣陷」的典型案例。
三、清洗宗教信仰
在中國，不接受當局領導的宗教信仰必定遭到殘酷清洗，其管制與清洗的方式有四：１、殘酷鎮壓法輪功；２、推行少數民族漢語化運動；３、以「從事非法宗教活動罪」為名大量逮捕地下宗教人士；４、拆教堂、拆廟宇。
關於第１點，在《明慧網》、《明宇網》、《大紀元》、《新唐人》、《全球審江大聯盟》等媒體有大量記載。第２點，關於西藏、新疆等地推行漢語化運動的事情亦有相關組織記錄詳盡，如２００３年６月當局要求新疆各學校、黨政機關、有聲廣播和公共活動等都要使用漢語等事例。第３點，《２００３年中國民間人權報告》中記載，被突襲、搜查或拘捕、逮捕的宗教人士有４６人以上，他們是：上海家庭教會領袖徐國興，遼寧家庭教會領袖李寶芝，遼寧家庭教會領袖鈕中芳，河北羅馬天主教神父康福亮、陳國振、龐光照、尹若瑟、李書君，浙江天主教神父陸小宙，江西天主教地下教會主教曾景牧，山東女基督徒張洪美，雲南農村家庭教會成員王啟由、黃玉廷等１２人，以及２００３年５月江西、福建拘捕的２０多名天主教地下教會神職人員和２００３年４月２７日半夜廣西西林地區公安侵入民宅搜查聖經和宗教用品並抓走的兩個村內的三個人。其中，值得注意的是，２００３年６月１７日，雲南省富寧縣公安局甚至還通過廣西百色縣公安局到百色縣淡水鄉抓捕家庭教會信徒。
關於第４點，不僅在西藏、新疆等地體現得很明顯，並且在大陸內地也幹得比較瘋狂，主要集中在江蘇、湖南和浙江等地。比如江蘇省，２００３年７月，該省委副書記任彥申主持了江蘇省「治理基督教私設聚會點」工作會議，佈置鎮壓地下基督教會。７月至１１月，宿遷市取締了基督教家庭教會聚會點５７處，栗水縣取締了３６處，丹陽市取締了３２處，使大約３０００名教徒無法從事禮拜等活動，江蘇省約有１２５處基督教家庭教會聚會點被取締。又比如湖南省，２００３年１０月２８日，隆回縣出動了１００名公安及縣民族宗教局幹部到雨山鄉丁搪村廟拆遷，但遇到１０００名信眾包圍阻止，衝突中推土機壞掉而停止拆遷，但１１月中旬當局仍將該廟完全拆除，丁搪村廟是２００２年由２７村１０００名佛教信眾捐錢１５萬元人民幣修建的，可容納１０００人，由於當地很窮，村民平均年收入才５００元人民幣，所以建造此廟極不容易。２００３年８月至１１月，隆回縣關閉了３１間廟宇，其中５間已被拆除。又比如浙江省，２００３年９月至１０月，德清縣以「清理整治非法宗教活動」為名，關閉了３９２座廟宇及１０間小型教堂，部分廟宇及教堂已被拆遷；被封查的１０間小型教堂中，有４間已被拆除。德清縣各鄉村都成立了「村宗教工作小組」，發動「結對幫教」活動，即每一個黨員監視一個地下教會活躍份子或其他活躍人士，當局將他們稱為「非法宗教活動骨幹分子」。２００３年１０月３１日上午，當局還出動了２００名公安將浙江省杭州市蕭山區坎山鎮一間大型教堂拆毀。
四、控制媒體輿論
網媒、紙媒、聲媒、視媒均在當局控制之列。以網媒為例，除了大量逮捕網路異議人士，另一方面則是當局存在大量的網路警察、嚴密的網路封鎖、連續的網路關閉、頻繁的網路通訊攔截以及強調媒體黨控的《網際網路暫行管理條例》、《網際網路新聞信息服務自律公約》、網吧上網要辦網卡或出示身份證等約束網路公民權利的法規和政策。《民主與自由》、《不寐之夜》、《自由聯邦》、《北國之春》、《自由中國》、《學而思》、《憲證論衡》、《大地網》、《漢語文學》、《文化先鋒》等中國民間網站被一次又一次地強行關閉，當局監視、跟蹤、記錄這些有著濃厚議政氛圍的網站及其言論，網友常因普通至極的政治言論而被指控犯有「煽動顛覆國家政權罪」。與海外政論媒體和組織進行通訊交流或者直接投稿發表言論的中國作者，也在被指控犯有「煽動顛覆國家政權罪」、「顛覆國家政權罪」、「泄露國家機密罪」之列。雖然網路時代已經到來，但由於當局的嚴密控制，國際信息和國內信息在中國的真實流通受到極大阻礙，近期竟演變為網友聚會也被注意透
