據香港媒體報導，中央政府為了更掌握香港實況，身兼中央港澳工作協調小組組長的中國國家副主席曾慶紅，便決定在國務院發展研究中心下，成立港澳研究所，深入研究港澳事務，並委託曾任新華社香港分社副社長的朱育誠作領導。
朱育誠在1988至98年在新華社香港分社工作，曾任副秘書、秘書長、副社長，對香港情況較熟識，以及在香港人脈較廣，對中央加深瞭解香港實際情況有幫助。
據瞭解，曾慶紅和朱育誠份屬中學同學；而曾對香港中聯辦的研究工作並不滿意，認為對研究的廣度和深度都不足夠。連中央政策組首席顧問劉兆佳亦同意，港澳研究所的成立反映中央不滿有關部門未能掌握香港實況。他接受香港無線電視訪問時表示，回歸後中央及中央駐港機構對香港研究減少，尤其是針對香港人心態的研究。
據消息人士指出，該所現已正式運作一個多月，並在中國大陸招攬人材，前新華社香港分社社長周南已答應為該所提供意見。
有報導指出，中國港澳系統官員也證實，中央原則上已通過在中心內成立港澳研究所的方案。
有意見認為，促使中央在中聯辦外另起爐灶的原因，相信是自1997年後中央減少干預香港事務，對於香港問題及有關情況，中央都倚賴香港特區政府及中聯辦的資訊。但事實擺在眼前，不論中聯辦及特區政府，都未能向中央提供真正全面可靠的訊息。
香港的官場流傳著這樣一個政治耳語：「去年七月一日早上，中國總理溫家寶結束香港訪問要回去國內，董建華向溫家寶匯報七一遊行情報時指出：估計會有五萬人上街。事實上，中央政策組首席顧問劉兆佳當時也是估計七月一日將有五萬人上街。可是，北京的國家安全部門的估計卻是，可能會有二十萬人參加遊行。」
姑勿論上述政治耳語是否屬實，七一遊行當日50萬人上街反對董建華，特區政府要向中央報告真實情況的誘因確是甚低。在七月二日，香港的「親中」媒體，對「七．一遊行」竟然隻字不提，這也可以在某程度上反映了中聯辦確實是有「報喜不報憂」的可能。
有意見認為，從胡的辦事作風看，他對董建華和中聯辦不滿也是可以理解。中國國家主席胡錦濤1月12日曾提出「要弘揚求真務實精神」 。胡錦濤在去年12月3日，董建華到北京述職時，特別要求董建華 「加強與社會的溝通、貼近民眾、體察民情、集思廣益」。去年四月，中國中央政府甚至撤換了把北京疫情少報了的中國衛生部長張文康，而張文康甚至曾是江澤民的私人醫生。
從該所的設立時間看，現時距離七月一日只有不足四個月，而香港的「民陣」又醞釀七月一日再次舉辦遊行，加上今年九月香港進行立法會改選，有人差測「民主派」可能大勝，屆時行政立法關係勢必更加緊張。中央政府對香港情況感到擔心，也是可以理解。
諷刺的是，較早時有香港「親中人士」警告，如果香港人在選舉中讓「民主派」大勝，中央不排除會「另起爐灶」；某些「親中人士」一直寄望中央再次上演1997年臨時立法會取代港英立法局的另起爐灶」戲碼，讓他們再次被委任加入治港行列；這些人的企圖未如願，但中央卻先行另一種「另起爐灶」。不少香港市民認為，要欺上瞞下，其實也不是那麼容易。
