李昌鈺受訪時指出，他可以確定的是，這起槍擊案不是暗殺，但也絕對不是陳水扁自己打傷自己，至於歹徒究竟距離多遠、從何角度開槍，必須等他回到臺灣，親赴現場檢視各項物證之後，才能加以判斷。
李昌鈺堅持鑒識工作絕對不能受到政治因素干擾，二者一定要分開處理，他表示，根據槍傷傷口情形，以及子彈和火藥的力道研判，這起槍擊案應該不是職業殺手所為刺殺，因為職業的暗殺，通常都會使用高威力槍械彈藥，不過，本案顯然也不可能是陳水扁自己打自己。
針對外界對於兩顆子彈究竟是由兩個人分別從兩個地方射擊，或由同一人、同一支槍擊發的質疑，李昌鈺指出，相關疑點，必須等他返國進行現場彈道重建，才能取得較精確結論，至於所得結果，是否可能出現與刑事局日前進行彈道比對結果不同的情形，李昌鈺表示不能排除，原因是刑事局進行彈道重建的場所，是在停車場而非案發現場。座車安全帶 CNN誤為血跡
〔記者黃博郎臺南報導〕國際媒體ＣＮＮ將陳總統乘坐吉普車所綁的安全帶誤植為中彈後的血跡，還遭人在網路上渲染為綠營製造假槍擊案的疑點；對此，三一九專案小組主任檢察官郭珍妮強調，錄影帶上都很清楚，大家可以去看一看！
網路上盛傳槍擊案有許多疑點，並直指為綠營自導自演的「苦肉計」，經查雖有部分疑點尚無明確解答，卻有許多疑點都只是顯而易見的誤解所致，例如掃過鞭炮屑後為何獨留彈殼、子彈威力太小等，專案小組皆已說明系因鞭炮在槍擊點對面車道施放、凶槍為土製手槍等，釐清不必要的疑點。
尤有甚者，還有人拿ＣＮＮ登載之誤植照片，一再在網路上流傳，指陳水扁當時外套上已染有大片血跡，為何刑事局後來公布的外套照片竟無大片血跡，以此質疑作假。
專案小組成員則表示，雖然歹徒的動機不明，但槍擊一事絕對是真的，媒體所刊載照片中陳總統外套上的紅色物體，亦是安全帶無誤，並非所謂的大片血跡，槍擊案或許還有不少疑點，但安全帶應非疑點之一。
ＣＮＮ翻攝的相片取自臺視記者所攝之錄影帶，該記者看到自己所拍之影帶被曲解，已多次無奈地重申，紅色部分確實是安全帶，絕對不是血跡。
負責安排掃街車輛的民進黨臺南市黨部執行長鄭裕益則嚴正指出，安全帶是他買的，由於安全帶是紅色，才造成誤會，但電視和報紙上的畫面都相當清楚，大家應該先去看清楚，不宜再以訛傳訛，當成可笑的疑點。
