* 一審判決
2003年7月份，喻華峰被拘留。2004年1月14日，喻華峰被正式逮捕，3月4日開庭，15天後就被判決。2004年3月19日，廣州市東山區人民法院對於南方都市報總經理喻華鋒案貪污、行賄案宣布刑事判決如下：
被告人喻華峰犯貪污罪，判處有期徒刑十年六個月，並處沒收財產50000元；犯行賄罪，判處有期徒刑二年，總和刑有期徒刑十二年六個月，並處沒收財產50000元；決定執行有期徒刑十二年，並處沒收財產50000元。
喻華峰被指控兩個罪名：貪污10萬元和行賄97萬元。
關於貪污，檢察機關的指控是：喻華峰指使財務人員以業務人員的名義冒領156萬元公款，《南方都市報》九個編委將其中58萬元私分，喻華峰分得10萬元。關於行賄，檢察機關指控喻華峰為謀取不正當利益向《南方日報》編委李民英賄送97萬元。
程益中，《南方都市報》前總編輯，2004年3月19日被捕，拘捕罪名為涉嫌「貪污」和「私分國有資產」。李民英，《南方都市報》原主編，亦於2004年3月19日被判11年重刑，判決罪名為「受賄」。
* 兩條罪名難以成立
據原《南方都市報》職工、北京大學法學博士許志永（喻華峰開庭時自願為其作無罪辯護）說，所謂156萬元公款其實是《南方都市報》經營人員應得的獎金，而不是所謂國家財產。這156萬元中的每一筆都有合法來源，都是根據《南方都市報》與《南方日報》集團簽訂的合同確定提取的，它們的所有權分屬於廣告業務員、廣告部副總經理等。考慮到當年經營人員收入已經很高，為了平衡經營部門和採編部門、行政部門的獎金差異，《南方都市報》決定把這156萬元從經營人員那裡拿出來供所有《南方都市報》員工分配。喻華峰起的作用是執行編委的決定勸說業務員、廣告部副總經理等同意把獎金拿出來，而不是私自指使財務人員冒領公款。
2000 年度《南方都市報》可支配的年終獎金共計600多萬元，其中就包括賬面上已經發給經營部門個人的而他們又同意返回《南方都市報》的156萬元。根據《南方日報》集團的規定，《南方都市報》編委有權決定獎金的分配方案。這一共605萬元的獎金分為三次發放，前兩次分別於2001年春節前後向全體員工以及管理人員發放，第三次剩餘的58萬元經過主編程益中提議編委討論，於2001年6月在九個編委中間發放。在這次很正常的獎金分配中，喻華峰享受主編待遇，分得 10萬元。
關於行賄，檢察機關指控喻華峰為謀取不正當利益向《南方日報》編委李民英賄送97萬元。根據刑法規定，行賄罪必須以謀取不正當利益為前提，喻華峰實在不具備拿97萬元行賄李民英的動機。李民英曾經是《南方都市報》的創辦人，被稱為《南方都市報》「最大的業務員」－－很多廣告客戶都是李民英出面談判敲定的。但集團的規章制度規定，集團管理人員不准從集團下屬領工資和獎金。後來《南方都市報》想了一個不太妥當的變通的方法：由喻華峰以個人的名義領出來獎金送給李民英。在《南方都市報》迅速發展的四年裡，以這種方式給李民英獎金共計97萬元。
上述兩項除財務上採用了變通手法外，不存在貪污和行賄，獎金的發放也符合程式。一位《南方都市報》的員工憤憤不平地說，如果這樣的行為是貪污的話，那麼，中國幾乎所有的報紙乃至所有的國有企業發的獎金都是貪污，中國的國有企業管理人員幾乎個個都可以定為貪污犯。
* 喻華峰上任於危難之中
據亞洲時報報導，1997年底喻華峰來到《南方都市報》上任的時候，這是一個剛剛創刊的年虧損800多萬的小報。而喻華峰來到《南方都市報》之前已經是每年有近80萬元的收入了，是《南方日報》集團領導耐心勸說下，喻華峰才來承包當年虧損的《南方都市報》廣告部的。
而公訴人提出的稱喻華峰「提前獲得獎金」是為了「提前獲得《南方都市報》的承包合同」一說，是完全站不住腳的。
在以後的近六年的時間裏，《南方都市報》取得了日均發行103萬份，年廣告刊出額5.73億元的業績，成為廣東排名第二、中國排名第五的在全國有重大影響的新主流媒體，具有極高的知名度、社會評價和品牌價值。2003年，《南方都市報》盈利1億6千萬元，這樣出色的業績，外界、內部都認為與喻華峰這位優秀的報業經理人的智慧和汗水是分不開的。
* 職工為「貪污犯」領導求情
喻華峰被判刑後，出現了這幾年罕見的事：職工為淪為貪污犯的領導求情。
3月19日，《南方都市報》《新京報》員工給領導寫信，信中稱喻華峰和同事一起吃飯，總是他搶先埋單，而且從來不開發票；喻華峰手機話費，從來沒向公家報過一分，他一向把公私分得非常清楚。
1998 年，廣告部創建之初沒工資發，他自己墊錢；1998、1999年，《南方都市報》廣告部員工沒有差旅費和生活費，他一再接濟大家，後來因為有些人離開報社沒還的錢都有3、4萬之多。2000年6月、7月《南方都市報》剛成立發行部時，兩個月沒有工資發，也是喻華峰私人墊錢發的工資。當時發行部員工沒錢吃飯，他帶頭在廣告部募捐2萬多元，自己捐款1000元；2003年，員工賈玉霞小孩先天性心臟病需做手術，他又帶頭募捐，個人捐款1萬元。
信中說，從1998年到現在，喻華峰很少有休息天；從1998年到現在，他每天的平均工作時間都在12小時以上；從2001年開始，他一直是背著藥罐在上班。
信中說，我們瞭解他、信任他、愛戴他，南方都市報和新京報這兩個企業的發展同樣需要他，離不開他。所以我們覺得有必要把我們所瞭解的喻華峰的情況告訴你們。為了企業，我們義無反顧。
一個貪污犯能獲得職工如此愛戴，是有勃常理的。
曾在《南方都市報》擔任編輯、現為北京《新京報》編輯的王小山表示，在年中獎分配中，一個普通編輯都能分到一萬四千多元，「一個總編來說分到十萬並不多」。他認為喻華峰作為《南方都市報》總經理，南方日報集團發給他一年的工資獎金就有一百多萬元，而這樣的獎金分配，喻華峰和程益中得了十萬元，如果這就是貪污，那真是無稽之談。
* 新聞界且憤且驚
據亞洲時報4月15日報導，一班北京媒體工作者曾起草了一份關於「《南方都市報》問題」的呼籲書，認為喻華峰案存在諸多疑點和矛盾，無法自圓其說，並呼籲中國國家最高權力機關、最高司法機關依法監督此案。
發起這封呼籲書的人士包括中國青年政治學院教授展江，中國經濟時報首席記者王克勤，著名雜文家、時評家趙牧，新京報北京新聞部主編陳峰，中國青年報首席記者劉暢等人。
呼籲書指出，就在人們為《南方都市報》的新聞敏銳性、社會責任感和良好職業素養叫好並對《南方都市報》領導層敢說真話的精神表示欽佩之際，傳來喻華峰、程益中等人的消息，非常吃驚。
呼籲書稱喻華峰案已經引發公眾對司法審判公正性的強烈質疑，一種聲音從交頭接耳到竊竊私語，漸漸匯成聲浪，「如果按照這樣的判決標準，幾乎中國所有的國有企業老總都難逃牢獄，為什麼偏偏是南方都市報？」
呼籲書引用思想家培根的話：「一次不公的判決比多次不公平的舉動為禍尤烈，因為這些不平的舉動不過弄髒了水流，而不公的判決則把水源敗壞了」。
更多的記者則不敢暴露身份，而在網際網路上吐心聲：
「傳媒是傳遞正義之聲的喉舌，這喉舌沒了，正義也就沒了。我為喻華峰被遭冤屈判刑、程益中的被抓感到憤怒；我為法律不能保護好人，而淪為打擊報復的工具感到痛心！」
「我支援反腐敗，但我堅決反對利用反腐敗來打擊異己，這是一起典型的打擊報復。這是喻華鋒先生個人的悲劇，更是中國傳媒業的悲哀。中國傳媒市場化正走向倒退，它將往何處去？」
「如果這種惡意的報復能夠帶來傳媒的乖順，如果中國的傳媒人在這樣的壓力下放棄了身為一個傳媒人應有的為社會、為祖國的發展講真話的職業理想，那麼，當國外傳媒進駐中國，我們的媒體將落到怎樣尷尬的境地？我們國家所謂的「輿論監督」又會是怎樣的蒼白和不堪一擊？難道，我們一定要被迫放棄自己的責任，而讓那些只是一心一意到中國來淘金的老外大放厥詞嗎？」
「這個事件在圈裡已經沸沸揚揚，網上、電話、郵件、聚會都在談，已經不僅是圈裡人知道此事。為什麼聽不到大眾傳媒的聲音？尤其是一些有影響力的媒體。我看到《財經》客觀地報導了此事，而其他媒體三緘其口，是畏懼中國的政治環境，怕重蹈《南方都市報》的覆轍，還是出於競爭關係的考慮？其實一個媒體最重要的是責任感和公信力，敢於說真話，哪怕不發布評論，客觀批露也可以啊，不至於裝不知道吧。 ──中國的媒體還有沒有脊樑？」
* 北京法學界質疑廣州司法
據明報報導，北京兩個民營研究機構，針對南都案舉行了有著名的法學及經濟專家學者參加的學術研討會。中國政法大學前校長江平說，南都案「根本構不成貪污」；北大法學院教授陳興良也指出，「編委會有權分配獎金，這與貪污有本質區別」。
法學教授瀋巋認為，廣州東山區法院對喻華峰的判決「是不公正的」；北大法學教授賀衛方指本案的審理「是給中央政府一個耳光。地方法院竟違反剛剛修改的憲法，而且不受任何追究」，他直指「法院愈來愈成為打壓新聞自由的一個工具」；經濟學家茅於軾也說，本案「不僅是冤枉幾個人，而是對全國人大剛修憲保護個人合法財產的反動」。還有多名京城法學專家、經濟學人和名律師也發言，質疑或批評廣州市當局的做法。
《觀察》報導，律師、作家李建強說，如今對待喻華峰，當局也不再憑「話柄」抓人，而是羅織罪名，沒有「受賄」那就找「行賄」的把柄，沒有「作風」問題就按個「貪污」的罪名。總之，需要你有罪，沒罪也有罪。這叫「政治問題司法化」，還是「依法治國」、「與時俱進」的成果呢。
曾任法官的學者顧則徐則說，作為曾經的年均主辦近四十件貪污、賄賂罪案的優秀偵查員，根據各種媒體獲知的相關基本案情，我是連分析該「群蛀案」技術性的一絲興趣也提不起來的，我蹦暉降艿耐降艿耐降芤膊豢贍馨斐穌庵衷
