據報導，日本外務省一位官員證實李登輝的旅遊簽證在12月21日上午已經發放。日本早前決定給李登輝發放簽證時，引起了北京的強烈抗議。中國駐日大使王毅稱中方無法接受日方的這一舉動，並要求日方重新考慮發放簽證。中國民間54人組成「愛國者聯盟」致日本大使館門前示威，焚燒了日本首相小泉純一郎的畫像。
日本官員稱，「給李登輝發放簽證並不意味著日本政府和臺灣政府有所往來，因此我們認為，這不是那種會帶來負面影響的舉動。」李登輝作為一個「平民」在12月到日本旅遊，日本認為沒有違反日本政府與臺灣不得有官方接觸的政策。可是北京方面卻認為允許李登輝赴日「旅遊」，會為台獨勢力「煽動夢想」。這和三年前李赴日接受心臟治療時，中國方面提出強烈抗議的理由一樣。
據日本媒體報導，李登輝及其家人預計於12月27日抵達日本名古屋市，12月 31日離開。英國廣播公司評價這一時間對中日雙方來講「非常尷尬」。因為迫近年關，按照常規，日本首相小泉純一郎是否參拜靖國神社該有消息傳出。「神社」 加上「簽證」，無疑在中日交往的頭頂上籠罩烏雲。中新網的消息稱，中國再次就參拜靖國神社問題發出強烈抗議。日本共同社報導稱，參拜靖國神社是小泉的「政治信念」，因此小泉不會輕易作出退讓。
日本官房長官細田博之在12月20日的記者招待會上，談到中國就日本向臺灣前總統李登輝發放簽證以及參拜靖國神社表示強烈抗議時，曾強調：「日中友好的基本路線並沒有改變」。更早些時候，小泉首相與中國國家主席胡錦濤在亞太經合會議上會晤，對參拜一事爭執不下，據外電透露，雙方的談話還涉及到了中國潛艇進入日本領海的事件，結果本應進行半個小時的會晤進行了將近一個小時。
日本首相小泉純一郎近年來堅持每年以官方身份參拜供奉甲級戰犯的靖國神社，招致中國近三年來拒絕邀請小泉首相訪問中國。中國認為，參拜之舉無助於緩解中國民眾對二戰中日軍暴行的仇恨。而小泉在亞太峰會上則回答，參拜靖國神社目的只是向那些「被迫違背自身意願而喪失生命的人表示哀悼」。近日小泉對參拜沒有作過任何表示，以致日本多位政府高官開始懷疑中國的壓力是否會讓∪
