2004年國家海洋局將中國近岸的15個重點生態敏感區增設為赤潮監控區，從整體上擴大了赤潮的監控範圍。全年共發現赤潮96次，比2003年減少約 19%；赤潮累計發生面積約26630平方公里，較2003年增加約83%。全海域共發生100平方公里以上的赤潮34次，其中500平方公里以上的赤潮 16次，接近或超過1000平方公里的赤潮10次。大面積赤潮集中在渤海、長江口外和浙江沿海。
2004年有毒赤潮生物引發的赤潮20餘次，面積約7000平方公里。主要有毒赤潮生物為米氏凱倫藻、棕囊藻等。
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