陳水扁總統在憲警、特勤百餘人組成的人牆貼身護衛下，順著仁愛路步行半小時，平安到達凱達格蘭大道與府前群眾會合，維安任務順利過關。
報導說，陳水扁總統參與反反分裂遊行的路線一直被視為最高機密，府方直到當天下午一點，才對外宣布總統將在仁愛路與杭州南路口加入遊行隊伍，隨後包括特勤機動小組和憲警人員在兩點左右到達現場展開安全部署，除沿仁愛路兩旁制高點設置監控哨，配備M24狙擊槍的狙擊手也進駐待命，陳總統與女兒陳幸妤、女婿趙建銘、外孫趙翊安則在三點十分到達。
原本由特勤人員圍成約三公尺安全縱深的子彈型防護網，因為民眾過於熱情，就在總統加入「要團結大隊」的遊行隊伍後，防護網隨即遭到推擠而壓縮，安全人員一時幾乎人貼人失去安全縱深，不過五層兵力立即對外擴張，最外圍的便衣憲兵並以牽手方式向前拉出安全距離，整個情勢才獲得掌控。
報導說，當天在陳水扁身旁負責第一層貼身「內衛」的是分別手持防彈皮箱和SWA5衝鋒槍的玉山警衛室人員，其中由副侍衛長何雍堅打前鋒開道，侍衛長申伯之在總統後方維護包括陳幸妤等總統家人安全，國安局長薛石民則殿後掌控全局，由於薛石民也戴上墨鏡、穿上特勤人員夾克混在維安人員中，沒仔細看一時還認不出來。
臺灣國安局官員說，薛局長這身打扮，顯示他是去執行任務，並非去參加遊行。
在此之外，第二層安全網則由約二十餘名特勤中心人員組成，負責「中衛」的特勤人員不時往四處和高點張望，以防範途中出現危安狀況；第三層「外衛」防護網由制服警力構成，所有警察一致以面向內側、肩靠肩的方式行走，以人肉盾牌鞏固防護網的安全半徑。
第四層由憲兵擔綱，二○二指揮部出動約兩個排的兵力在左右護航，並以手拉手向外擴張安全半徑並隔開民眾和媒體，沿途亦有憲警先行在兩側開出安全走廊；最後再由交警騎乘重型機車在外圍形成第五道機動防護網，另有刑警在最前端手持攝影機監控搜證。
由百餘人、共五層兵力構成的嚴密護扁安全網，果然滴水不漏，在沿仁愛路以子彈隊形向凱達格蘭大道前進途中，民眾完全沒有機會與總統接近或握手，而陳水扁接受國安局建議僅以揮手方式向民眾致意，遊行過程約半小時，沒有發生重大危安狀況，讓這次面臨空前挑戰的國安單位最後鬆了口氣。
除水扁的貼身防護，為維護整個府前廣場的安全，國安單位早已在臺北賓館設置聯合指揮中心，包括電信偵測車和微波轉播車當天也進駐博愛特區，透過電話監聽和影像監控掌握府前廣場所有可疑情資，不過期間並未發現重要危安狀況。
