據英國泰晤士報3日報導指出，雖然教宗本人相信是聖母瑪莉亞顯靈才使他逃過死劫，但有關此次刺殺未遂事件背後陰謀及主使者身份的謠言卻一直流傳至今，簡直可和美國總統甘迺迪遇刺身亡一案所引發的陰謀論相抗衡。
身為近五百年來首位非義大利籍教宗，若望保祿二世前半生曾先後遭到納粹及共黨政府的雙重極權統治，而教宗在就任後於一九七九年首度返回祖國波蘭時，也毫不掩飾他對團結工聯的支持。教宗後來果然被視為鼓勵東歐的反共氣氛，導致柏林圍牆在一九八九年倒塌，而蘇聯帝國也在一九九一年，也就是教宗遇刺十年後正式瓦解。
外界因而懷疑，假如教宗遇刺身亡，東歐共產政府還會在十年內就陸續倒臺嗎？蘇聯國安局（ＫＧＢ )是否因為擔心教宗的影響力而指使阿格卡行刺？
當時負責調查教宗遇刺案的義大利司法調查小組以及美國中央情報局，後來都未能做出具體結論。阿格卡本人在法庭作證時先是聲稱與同夥共謀犯案，後來又撤回此說。阿格卡接著又指稱，蘇聯國安局及其他東歐國家秘勤組織曾資助過他，到了一九八二年，他卻又轉而指控三名保加利亞人參與刺殺計畫，並聲稱拿到一百二十萬美元的酬勞。但這三名保加利亞人後來被判決無罪，阿格卡也再度撤回供詞。
這二十五年來，阿格卡從未透露更多案情細節，也使這起刺殺案內情更啟人疑竇。根據最近公布的前東德秘密警察檔案顯示，阿格卡在行刺教宗的四年前，曾在國際恐怖份子「胡狼卡洛斯」所主持的游擊隊訓練營接受訓練。
原籍委內瑞拉的卡洛斯曾在西歐多次犯案，根據解密檔案顯示，卡洛斯曾成立了一個名叫Separat的組織，阿格卡就是接受該組織訓練。根據曾研究這份檔案的義大利國會小組成員指出，檔案中顯示阿格卡曾接受東德及保加利亞人指導，這又更增加了蘇聯國安局可能涉案的可能性，因為Separat的確曾聽命於蘇聯及東德秘密警察指揮。
阿格卡在接受武器和爆裂物訓練後，一九七九年首次執行謀殺任務，殺害了土耳其一家報社的總編輯，阿格卡被捕後被判死刑，但他卻在入獄半年後逃獄成功。
保加利亞政府上週也承諾會交給義大利國會另一批東德秘密警察檔案，可望披露更多有關蘇聯國安局、保國與東德秘密警察之間有關教宗遇刺案計畫、執行與結果的互動。
據義大利國會調查小組主席古讚提表示，這些文件證實刺殺令是來自莫斯科，保加利亞當局曾涉及刺殺犯行，東德秘密警察則負責在案發後混淆視聽。
