據明慧網報導，迫害波及了至少九個系，多名優秀學子受牽連。其殘酷程度是史無前例的。酷刑、判刑、甚至電子工程系畢業的袁江竟被迫害致死。下面是明慧網收錄的部分迫害事實。
1.電子工程系
袁江，30歲，1995年7月畢業於清華大學電子專業。法輪大法甘肅義務輔導站站長。在蘭州市電信局所屬的信息技術工程公司曾經擔任過副總經理。後因他不放棄法輪功信仰被解職，改任技術總監。2001年8月30日在甘肅敦煌附近被捕，遭到甘肅省公安廳公安酷刑折磨，於11月9日迫害致死。
孟軍，男，29歲，清華大學電子工程系助教，清華大學電子系碩士。1999年9月、10月兩次被派出所和北京市公安局扣留，因為堅持信仰而在單位實行崗位聘用制時被迫失業。後因2000年6月去天安門廣場為法輪功和平請願被拘留，2000年12月，在貼真像資料時被抓走，遭到酷刑折磨，2001年12月 13日北京市中級人民法院非法判處孟軍10年徒刑。
姚悅，女，已婚，29歲，清華大學微電子所96級碩士研究生，黨員，本科畢業時曾被評為北京市優秀畢業生。清華大學熱能系97級碩士研究生劉文宇的妻子。 1999年9月3日因在學校內煉功被清華大學派出所強行帶走被開除黨籍、學籍，檔案被校方強行轉走。2001年1月1日凌晨，被中關村派出所匪警破門而入抓走。2001年12月13日北京市中級人民法院非法判處姚悅12年徒刑；
褚彤：女，32歲，清華大學微電子所碩士，講師，清華大學精密儀器系90級畢業生虞超的妻子。1999年10月27日去天安門城樓上為法輪功請願，遭到警察的野蠻毆打。被綁架後被關押在北京市公安局七處，被非法判有期徒刑一年零六個月。出獄後在明慧網刊登「嚴正聲明」表示繼續堅修法輪大法，隨後被?y離失所。2002年8月與其丈夫一起在北京住所被秘密綁架，目前下落不明。
2.精密儀器與機械學系
王欣，男，25歲，清華大學精密儀器與機械學系99級博士生，曾獲校優秀幹部獎學金、優秀學生二等獎學金、好來西校友獎學金、細越育英獎學金，並擔任過班長、系科協副主席等職務。本科畢業後免試直接攻讀博士研究生。1999年10月被清華大學強令回家休學，並被告知「不從思想上脫離就不能回校」。2001 年4月被抓。2001年12月13日北京市中級人民法院非判處王欣9年徒刑。
黃奎，男，26歲，清華大學精密儀器與機械學系99級博士生。曾獲鄭格如獎學金、優秀學生一等獎學金，並獲清華大學優秀畢業生稱號。曾擔任班長、系科協副主席等職務。本科畢業後免試直接攻讀博士研究生。1999年10月，學校強迫其休學3個月。2000年6月因在校園內煉功，被派出所警察在校園內當眾毆打，後被清華大學勒令退學。2000年11月，在珠海以「顛覆國家政權罪」被非法逮捕，珠海市香洲區法院於2001年8月進行審判，審訊結果原定在 2002年春節前後宣布，但因布希總統訪華而押後，目前可能已被秘密宣判。
王為宇，男，29歲，清華大學精密儀器與機械學系96級博士生。曾獲優良畢業生、優秀學生獎學金和飛利浦獎學金等多項獎學金，曾擔任班長、團支書、科協副主席、精儀系團委副書記、97級本科生輔導員等職務。清華大學本科畢業後免試直接攻讀博士研究生。99年9月和10月兩次因參加修煉心得交流會被清華派出所扣押，被罰蹲4∼5個小時，並被威逼訊問至深夜。後被迫休學長達四個多月，2000年6月再次被休學。2000年7月22日在天安門與他人交談被警察無理拘留一週，2000年下半年，被迫離開學校流離□□A2002年8月在其打工的公司上班期間被國安秘密綁架，目前下落不明；
許志廣，男，25歲，清華大學精密儀器與機械學系99級博士生，曾獲優秀學生一等獎學金，擔任過班長、系科協主席等職務。清華大學本科畢業後免試直接攻讀博士研究生。99年7月25日因上訪反映有關法輪功的真實情況被北京市公安局無理扣押一天，99年10月因堅修法輪功被強令回家六週，並被告知「不從思想上脫離就不能回校」。2000年6月被告知「若再有行動立即休學或退學」，2001年4月被校方強行綁架至洗腦班，後即被迫離開學校，流離失所，2002 年4月外出時失蹤，其後曾被關押於北京市團河勞教所，目前下落不明。
虞超：男，30歲，清華大學精密儀器系90級畢業生，網路工程師，清華大學微電子所講師褚彤的丈夫，2000年因在天安門廣場打開法輪功橫幅請願，被非法勞教一年，所外執行，後被?y離失所，2002年8月與其妻子褚彤一起在北京住所被秘密綁架，目前下落不明。
3.水利水電系
張孟業，清華大學59級水利工程系河川樞紐電力專業的學生。中共中央總書記，中央軍委副主席胡錦濤的同班同學，曾任廣東電力學校講師。2000年3月被廣州市公安局強行判送勞教兩年，關押在廣州市第一勞教所。在勞教所，張孟業為要求無條件釋放，曾3次絕食。直至2002年2月10日被釋放時，張孟業已被摧殘得骨瘦如柴，體重還不到70斤。回家後，張孟業因不堪騷擾迫害，被迫離家出走。張孟業於3月20日和5月4日在明慧網發表兩篇文章，陳述自己在20多年前患乙型肝炎，久治不癒，煉法輪功8個月即完全徹底根治好的事實，以及在1999年因寫信給中央談對法輪功的認識而被勞教遭迫害的經歷。這兩篇文章發表後，廣東610辦公室遂投入大量人力到處搜尋他，並且揚言，一定要抓到他，抓到後不是送勞教就是送去洗腦班。2002年5月18日夫婦二人被雙雙強行送到黃埔戒毒所洗腦班，在這裡張孟業受盡了種種非人的折磨。
林洋，男，25歲，清華大學水利水電系94級學生。曾獲校優秀一等獎學金，校「挑戰杯」科展三等獎，校科技活動「優秀個人」稱號。因品學兼優被推薦免試攻讀碩士學位。1999年9月初開學時，因未寫對法輪功的揭批材料與不煉功的保證，校方不予註冊，不給辦理一切入學手續。1999年10月27日與同學二人去找人大代表反映情況，被強加以「非法聚集，擾亂社會治安」的罪名處以刑事拘留，後被兩度休學。2000年6月初又因去天堂河監獄反映情況被非法拘禁十天，獲釋後被清華大學非法開除。2000年11月，在珠海以「顛覆國家政權罪」被非法逮捕。珠海市香洲區法院於2001年8月進行審判，審訊結果原定在 2002年春節前後宣布，但因布希總統訪華而押後，目前可能已被秘密宣判。
蔣玉霞，女，25歲，清華大學水利水電系95級學生。1999年10月，去信訪辦反映自己對法輪功的看法。清華大學以其畢業設計答辯不通過為由不給畢業證，以肄業處理。2000年10月1日國慶節到天安門遊覽，又無故被強行拘捕關押3日。2000年11月，在珠海以「顛覆國家政權罪」和黃奎一起被非法逮捕。珠海市香洲區法院於2001年8月進行審判，審訊結果原定在2002年春節前後宣布，但因布希總統訪華而押後，目前可能已被秘密宣判。
4.熱能系
俞平，男，30歲，熱能系1995級碩士研究生，1997年3月因成績優異提前攻讀博士學位，曾獲清華大學一二九獎學金，西門子獎學金。曾任系研究生會主席，研究生工作小組副組長。1999年6月初完成學位論文，是國家863計畫航天領域高科技項目，並被評為優秀畢業論文，但因6月20日到天安門廣場為法輪功和平請願，學位被清華大學擱置不授予，以博士肄業處理。已獲俄亥俄大學全額獎學金，卻失去深造機會。後被非法判刑四年，曾上訴，目前情況不明。
劉文宇，男，已婚，29歲，清華大學熱能系97級碩士研究生，清華大學微電子學研究所96級碩士研究生姚悅的丈夫。曾任熱研7班班長，獲清華大學優良學生獎學金。1999年5月因成績優異提前攻讀博士學位。2000年1月15日到30日，被清華非法軟禁在200號核試驗基地，強迫其改變信仰。2000年6 月到天安門廣場為法輪功和平請願，以「涉嫌非法聚集」之名被非法刑事拘留一個月。被清華非法勒令退學。2001年1月1日凌晨，被中關村派出所警察破門而入抓走。後關押於北京市公安局七處看守所，2001年12月13日北京市中級人民法院非法判處劉文宇3年徒刑。
5.建築系
馬艷，女，26歲，清華大學建築系94級本科生，清華人文學院傳播學第二學位。1998年7月開始修煉法輪大法。2000年4月25日去天安門和平表達心聲「法輪大法是正法」，被刑事拘留一個月，被拘數天都無人通知其父母，令其家人承受了極大的精神痛苦。隨後校方來電話通知其退學，被其拒絕後，校方又電話通知其被「除名」。2000年11月，在珠海以「顛覆國家政權罪」被非法逮捕，目前可能已被秘密宣判；
王志強，男，31歲，清華大學建築系97級研究生，因為修煉法輪功而於1999年10月被學校強迫休學，後失蹤多時，半年後，家屬得知，關押於北京市公安局七處，現下落不明。
6.工程物理系
李春艷，女，22歲，清華大學工程物理系本科生。1999年9月因拒絕寫不煉功的保證校方不予註冊。99年10月因參加修煉心得交流會被校派出所扣留、審問至凌晨，期間被體罰。因其早晨在校內煉功，多次被清華派出所迫害，由北京市公安局十四處警察審訊。被勒令休學，但是清華大學不同意開書面的休學證明，理由是怕她對外公布真相。2000年11月，在珠海以「顛覆國家政權罪」被非法逮捕，目前可能已被秘密宣判。
7.化學工程系
柳志梅，女，22歲，清華大學化學工程系97級學生，1999年9月校方不予註冊入學。10月因參加修煉心得交流會被校派出所扣留、審問至凌晨。2000 年7月份去天安門和平表達心願，被非法拘留20多天，期間一直絕食。2000年8月被清華大學強令休學並且不出示任何書面證明。2001年5月被非法抓捕，其間輾轉了幾個看守所，後關押於北京市公安局七處看守所。受到酷刑折磨，頭被打變形，胸部被打壞，多個指甲被摧殘掉，被扣上十幾項罪名，並於2002 年11月份被非法判刑12年，從北京被遣送回原藉，現被非法關押在山東省濟南市女子監獄。
8.核能技術設計研究院
李艷芳，女，27歲，清華大學反應爐工程與安全專業碩士研究生。1999年9月因在學校內公開煉功被清華大學派出所強行帶走，訊問至第二天凌晨。10月下旬，因參加修煉心得交流會再次被校派出所扣押，並被施以「背銬」刑罰。2000年6月她去天安門和平表達心願，被北京市公安局行政拘留9天，8月份開學後校方口頭通知其休學，後又被口頭要求退學。兩次被迫休學給家在農村的親人造成了巨大的精神痛苦和經濟損失；其身患癌症、情同慈母的外婆在此期間病情加重，於2000年7月份去世。2000年11月，在珠海以「顛覆國家政權罪」被非法逮捕，目前可能已被秘密宣判。
9.機械工程系
李峰，女，96級清華大學機械工程系碩士畢業生，後在上海某職業學校任教師，是有口皆碑的好教師。2000年5月辭職到北京，然而上海警察在李峰離開上海後來到北京，費盡心機地找到她，並把她判刑3年。
除了上述學生和研究生之外，還有許多教職員工，以及在海外讀書的清華學子在回國時遭受迫害，包括在愛爾蘭攻讀學位的計算機系88級學生趙明，和在英國攻讀學位的謝衛國等學子。
