客機墜毀前的23分鐘，駕駛室出現了兩個神秘人物，似乎在操作客機。客機墜毀後找到119具屍體。從起飛就疑雲重重－－信號中斷、機長失蹤、屍體凍僵……
最新調查顯示，塞普勒斯客機可能是被希臘戰機擊落的。
塞普勒斯客機慘劇中48名兒童全部死亡，驗屍官在解剖屍體後發現，48名兒童中至少有一名小男孩在客機墜毀後當時還活著，在這個男孩的體內發現灰燼。客機墜毀後馬上起火爆炸，男孩可能吸進煙灰。
根據屍體解剖結果，在墜機前，機上至少有26人還活著，其中包括癱瘓在駕駛艙的副駕駛員。
冰凍屍體 窗戶為何沒結霜？
希臘國防部官員說，散落在山坡上的遇難者屍體全部被凍成冰塊。因此推測，是客機的耐壓系統出現故障。據悉，客機墜毀前曾在35000英尺(近10公里)的高空中飛行3小時。專家相信，在那樣的高度，氣溫將低至零下68攝氏度，極度寒冷也足以將乘客活活凍死。如果客機減壓氣溫忽然降低，客機的窗戶也應該有霜。但塞普勒斯客機中一方面乘客被凍死，另一方面F-16戰鬥機的飛行員卻可以從客機的窗戶中清楚地看到乘客和飛行員昏迷的場景。
目擊者 是被戰機擊落的
據美聯社報導，客機墜落地點的居民說，他們看到F-16戰鬥機擊落了塞普勒斯客機。希臘方面強烈反對這種「莫須有」的猜測。但希臘政府躲閃的態度令人懷疑。有關F-16在客機墜毀最後30分鐘的記錄一直沒有公開，戰鬥機上的飛行員在最後30分鐘到底看到了什麼？
自從「9．11」恐怖襲擊後，國際飛行制定了一條新的規定：任何客機如果不能對地面無線電呼叫作出反應，地面控制中心可以把它當作一個「變節者」。這就是說，當塞普勒斯客機與地面失去聯繫後，希臘首相派去的兩輛戰鬥機不是去伴飛，而是去攔截摧毀。客機自動飛行了90分鐘，對地面沒有任何回應，希臘首相完全可以認為這個客機是個威脅，命令戰鬥機把它擊落。
