陳祖東1935年畢業於清華大學，曾到美國、印度考察工程，抗戰時期在貴州主持兵工廠，1949年時是上海龍華飛機場總工程師，1956年到清華大學水利系任教，三級教授。
陳祖東在1968年９月自殺前向他的家人談過他的絕望心情。在1966年，他已經成了所謂「反動學術權威」，遭到紅衛兵的「批判鬥爭」。1968年7月底，毛澤東派「工人解放軍毛澤東思想宣傳隊」進駐清華大學，接著把「工宣隊」派到全國的每一個學校。「工宣隊」到學校後，進一步加大了迫害的力度。以前還可以認為迫害是紅衛兵學生暫時的胡打亂鬧，現在毛澤東派來了「工宣隊」全面掌管學校，陳祖東意識到文革這一套已經成為不會改變的新制度了。
陳祖東去世前，已經有三個月沒有領到工資。這是對他作為「牛鬼蛇神」和「審查對象」的懲罰。他反覆被審訊、斥責，被強迫「交代」他的「歷史問題」。1949 年國民黨政府離開大陸的時候，他得到了離開上海的飛機票，沒有使用，留在上海。但是他曾經集體填表參加過國民黨，這在1968年的時候成為重要「罪惡」。
另外，給他很大壓力還有，他不但被審訊追問他自己的「歷史問題」，還被審訊追問別人的「歷史問題」，他被強迫「揭發」他以前的同學同事在「解放前」即 1949年共產黨執政前的「歷史問題」。陳祖東告訴他的家人，要他冤枉自己，還可以；要他作證說別人做了什麼什麼，他不能那樣做。
在1968 年開始的「清理階級隊伍運動」中，建立了大量的「專案組」，他們除了在本單位裡面「深掘細挖」也就是通過審訊、「隔離審查」和「鬥爭會」等手段抓出所謂 「階級敵人」，還大量到外地外單位找和「審查對象」有關係和人「調查」，有一個專門術語叫「外調」。「外調」人員拿著自己單位的「革命委員會」的介紹性，找到要找的那個人的單位的「革命委員會」，一起配合迫使那個人「揭發」和做「旁證」。陳祖東說的和「外調人員」打交道的情況，在當時是非常普遍和典型的。
文革之後，有的作者發表了文章和書，寫他們在文革中的經歷。筆者曾經注意到：有些人在文中提到他們在文革中向上報告了別人的事情，像別人和自己的私人談話內容等等，給那個人帶來了麻煩甚至災難，但是平平靜靜地寫過去，並不覺得自己做了不對的事情。他們似乎覺得，他們檢舉的事情，本身是真的，不是他們編造的，他們檢舉了並沒有什麼不對。
這在某種程度上是因為文革時代，在恐怖的壓力下和邀功請賞的心理下，作偽證的人都比比皆是，而且大量作偽證的人在文革後既沒有受懲罰也沒有受到道德譴責。這種情況下，有些作者也就覺得只要說的是真的，就沒有什麼錯，也就在他們的文章中把這些事情無所謂地提過。他們不覺得告密是不道德的，所以也就把他們告密的事情不經意地寫了出來。在這方面，文革造成的中國人道德水準方面的墮落，真的需要認真的思考和清理。
在這種背景下，陳祖東所說的痛苦，給了筆者非常深的印象。顯然，在他看來，告密違反了他的道德準則，所以他對於要「交代」「揭發」別人的「歷史問題」感到痛苦。他是個有道德觀念的人。對一個保持了道德觀念的像他這樣的人來說，「革命」不但在身體和物質方面殘酷打擊了他，而且在良心方面摧殘他。
9月20日傍晚，陳祖東告訴妻子，學校裡叫他去「交代問題」。這是以前有過的事情，他的妻子沒有感覺特別。當時命令人去談話，把人關起來不准回家，是經常發生的事情，人們必須承受甚至已經習慣了。陳祖東離開了家以後，一直沒有回家。他的妻子開著燈等他，等了一夜。
第二天，學校的人來叫他的妻子去認屍體。家中別的三個孩子都在外地工作。他的妻子和一個女兒到了圓明園的一片樹林裡。陳祖東吊死在一棵樹上。他們立刻認出他來。
陳祖東在外地的三個孩子都沒有為他的死回家。當時還在北京的一個女兒不久後被分配到西北的農場。陳祖東的妻子原來是一個工廠的會計，那時已經病退。她去了在東北阿城的另一個女兒家。陳祖東就這樣人亡家破。
陳祖東死亡後，清華大學的廣播喇叭裡有人發表講話，說陳祖東「畏罪自殺」「自絕於黨」「自絕於人民」「罪該萬死」「變成了不齒於人類的狗屎堆」等等。這套殘酷而惡毒的話並不是一個人的發明創造，當時那些受迫害而自盡的人們，都被這樣聲討咒罵。
清華大學迫害知識份子的整套手段，被總結成文，作成中共中央文件，傳達到全國，成為示範。無數人被這套「經驗」害死。在清華大學，「工宣隊」進校後整死了 24個人。這裡只收集到10個受難者的名字。其中和陳祖東在同一個系的有李丕濟教授。1968年11月29日，李丕濟被關押在水利系的水力實驗室中時，跳樓自殺。那是陳祖東死亡50天之後。李丕濟比陳祖東年長一歲。
1978年，陳祖東得到「平反」。文革前，清華大學有108名教授，曾經被人開玩笑說好像《水滸傳》裡有「108將」。陳祖東就是這「108將」之一。陳祖東的家人聽說，到1978年，這108人只死剩下40多人了。
