三峽沿岸拔地而起的新樓房和水位線，是庫區最具特色的新景觀。
庫區清漂工人在長江主航道上打撈漂浮物。庫區蓄水後，由於水流變緩，每到汛期，漂流垃圾增多，影響航運及旅遊，破壞自然生態。
上月廿日大壩全線封頂，工程人員在壩頂歡欣慶祝，唯獨中國工程院院士、長江水利委員會總工程師鄭守仁憂心忡忡。他說：「現在，我最擔心的是庫區污水處理問題」。
污水、淤泥、地震、泥石流，是三峽大壩興建以來，最常被議論的生態環境問題。俗話說，「流水不腐」，長江急流被大壩攔腰截斷，高峽成平湖，水流速度降低後，泥沙和污染物不能及時下泄，蓄積在水庫中，造成水質惡化和垃圾漂浮。三峽工程總公司僱用不少船夫處理水上漂染物和垃圾，但泥沙沉積和未經處理的污水排入長江仍是未解的難題。
城市排污 恐龍張大嘴
三峽工程動工之前，北京中央即考慮污水問題，撥專款在庫區興建污水處理廠；目前重慶主城區投資三十億元人民幣的兩座污水處理廠已建成，主城區以外的庫區污水處理也投資二十一億元，縣級城市和大鎮共建有十八座污水處理廠。建這些污水處理廠，但庫區污水目前處理程度僅達到百分之六十。重慶大學資源環境學院教授王里奧分析，主要問題是地方資金不夠，二、三級管線遲遲無法鋪設，城區污水不能完全收集到污水處理廠處理。
萬州即是一例。萬州已建成使用的明鏡灘污水處理，只有一半系統在運轉。因為三級管線鋪設由地方自籌資金，地方資金嚴重不足，連帶萬州其他兩座污水處理廠無法建成。在巫山，可以看到尚未竣工的污水廠附近，巨大的城市排污孔如同張大嘴的恐龍，未經處理的生活污水從那裡直接排入長江，江岸形成一條灰黃色的污染帶。
坡地松滑 骨質疏鬆症
排污口、禿頭山和泥石流，是庫區最常見的景象。黃土坡上點綴幾叢小樹，旁邊一條細細泥石流。庫區因移民安置過度開發，連地質不穩的地帶都用來蓋房子；為防土質鬆動，新的建築群下方被各種護坡工程覆蓋，看上去像罹患骨質疏鬆、易於骨折的患者，不得不戴上夾板保護。
「夾板」工程保護山壁，是可預料之策，大壩蓄水後，沿岸山壁出現三十公尺寸草不生的「消落帶」，則是意外之事。
三峽正常蓄水水位是一百七十五公尺，低水位為一百四十五公尺，當水位下降時，陡峭的峽谷河段會露出淺色、岩石裸露、寸草不生的崖壁；在坡度平緩的江岸，水退後則形成大片的人工濕地，垃圾、污水、淤泥等極易滯留，帶來嚴重的環境問題。
泥沙淤積 向上游延伸
重慶大學可持續發展研究院教授雷享順分析「消落帶」指出，兩岸坡度很少，土質為泥土的庫段，夏季水位下降後，河道內沉澱的各種污染物將留在消落帶上，污染伴著垃圾、雜草，不僅造成景觀破壞，且在高溫下會產生異臭，孳生病菌、寄生蟲和蚊蠅，導致發生流行病。
據調查，庫區較大的「消落帶」出現在開縣、巫山縣大昌鎮、雲陽高陽鎮及萬州苧溪河等地。
泥沙淤積，是論證三峽工程應否興建的爭議核心。反對方以水利專家黃萬里為代表，認為長江上游河流攜帶泥沙有顆粒較大的鵝卵石，大壩建成後將極難排出，除造成堵塞，並向上游延伸，從而造成重慶港淤塞。三峽工程論證過程進行泥沙型試驗，已得出二十年後重慶港將淤積的結論。目前，重慶正投資十五億元新建寸灘港，預計二○一○年建成。
除了淤積，專家還預言重慶可能會被「淹掉」！大壩蓄水一百三十五公尺後，有研究發現，大壩庫前到庫尾水位落差高達三十四公尺，未來蓄水到一百七十五公尺後，重慶會不會成為水下城市，官方說法當然是否認，實際情況呢？
大壩阻隔 魚類遺傳變
根據葛洲壩水電站的經驗，三峽大壩將對周邊生態造成嚴重衝擊；例如，大壩阻隔，魚類無法正常通過，生活習性和遺傳等會發生變異。三峽蓄水，還將淹沒庫區裡五百多種珍稀植物。
「三峽旅遊大使」、巫山縣教師周亞玲熱愛三峽和家鄉，架設「三峽民俗旅遊網」，向外界推介三峽地區的人文風貌。對於建大壩，她在部落格裡寫道：「這片土地要修移民房，樹林被砍光，我看見的是毀滅」。這個「毀滅」，對不住在庫區的人來說，自然無關痛養。
江岸滑坡2490處 像「破碎的臉」
沿長江上行，兩岸景色像張「破碎的臉」，歷史上有名的地質災害區如秭歸新灘滑坡、秭歸樹坪滑坡、巴東黃臘石滑坡、雲陽雞扒子滑坡等，令人怵目驚心。其中，黃臘石滑坡及樹坪滑坡在大壩一百三十五公尺蓄水後開始活動，目前庫區已查出兩岸崩塌、滑坡體達二千四百九十多處。
千將坪慘劇 活埋30多住戶
二○○三年七月，秭歸縣沙鎮溪千將坪發生大滑坡，一些住戶走避不及，當場被活埋，造成至少三十多人死亡慘劇。千將坪地質結構向來穩定，出現滑坡，專家始料未及。「千將坪滑坡的重要啟示是，庫區裡地質面貌在改變，一些重點監測的災害區，可能發生危害很大的地質災害」，大陸地質專家範曉就三峽地質情況，發出警告。
範曉是四川地質探測隊隊長，熱心環境生態保護。今年初他走訪三峽庫區，對當地地質變化和諸多生態問題相當憂心。
範曉向記者表示，庫區本來就是滑坡、崩塌為主的地質災害高發區，大壩建成後，水位高造成浸泡、水位劇烈變動頻繁改變地質，加上移民城鎮遷建的大量工程，使原本就危機四伏的地質環境更加不堪重負，險像環生。
巴東縣城幾次遷城，是經典案例。縣城第一次遷建，老縣城直接向上後靠，在黃土坡建立新城。黃土坡原是由多個「古滑坡」組成的大型滑坡，新城建設，加劇黃土坡滑坡局部變形，造成屋毀人亡不幸事件。後來，縣政府又把黃土坡上游的白土坡作為主要遷建地，但白土坡同樣有滑坡，且場地狹小，不能符合要求。現在，只好沿河岸再往上游，選址在西壤坡。
範曉說，巴東縣在黃土坡第一次遷建的政府大樓已廢棄，政府機關已遷至西壤坡，但大部分居民仍住在黃土坡，因為這裡生意比較好做。現在每一戶人家都安裝報警喇叭，一旦發生地質災害險情，就會發出警報，居民可迅速轉移到白土坡避難。
兩條斷層 發生過六級地震
「庫區蓄水後的地震活動情況，是當地業界最注意的問題」，範曉認為地震問題不容忽視。他說，庫區裡有兩條斷層，一條是九灣溪斷層，呈北東走向，穿過西陵峽中的牛肝馬肺峽，距大壩僅十七公里；一旦誘發較強地震，對大壩影響較大。
「另一條斷層是高橋斷層，可就活躍多了」，範曉認為這條斷層需格外注意。高橋斷層位於巴東附近，呈北東走向，穿過長江，歷史上這條斷層曾發生過五到六級地震。「高橋斷層是一百三十五公尺蓄水以來，水庫誘發地震最集中的地方，最高震級是三點四級」。在三峽工程論證過程，許多研究單位和學者對水庫誘發地震的最大震級作過預測，九灣溪斷層和高橋斷層通過的庫段，預測最高震級可達六級。
水庫蓄水，會不會誘發震級更大的地震？範曉說，大陸專家的主流認識是，水庫誘發地震可以高出背景地震一到二級。不過，也有不同意見，認為水庫誘發地震不會超過背景地震的範圍。目前蓄水誘發地震的問題還未全面爆發，當蓄水位逐漸上升時，有如誘發地震的砝碼逐級增加；現在才蓄水到一百三十五公尺，更嚴苛的考驗還在後面。
