瀋陽故宮在380餘年歷史中，留下不少皇苑秘聞、宮廷軼事。
秘聞軼事之文溯閣挂錯門額
一般說來，無論是單檐、重檐建築，門額都要懸掛在頂檐正中。然而，曾珍藏《四庫全書》的瀋陽故宮文溯閣，卻將門額挂錯了位置。
文溯閣為單檐建築，因在底層前後又增加通廊廊廡和抱廈，便又多出一個二層檐。按照慣例，門額應該懸掛到頂層檐下。但是，文溯閣門額卻被懸掛在低矮、昏暗的下層廊檐內，並且形體碩大，比瀋陽故宮其他門額要大出好幾倍，顯然與清代宮廷建築規制不符。
據記載，乾隆四十六年（1781年），為分別收藏《四庫全書》，乾隆皇帝在瀋陽故宮西側修建文溯閣，將《四庫全書》分期分批從北京護送到瀋陽故宮文溯閣入藏。乾隆四十八年春，北京故宮總管內務府造辦處，將這塊碩大的「文溯閣雲龍毗盧帽斗匾」送到瀋陽故宮，還帶來安裝文溯閣門額的圖樣。
但是，施工工匠們沒想到，這塊按照北京文淵閣量體設計製造的門額，拿到瀋陽文溯閣後，卻成了龐然大物，根本無法安裝到瀋陽故宮文溯閣頂層檐下。當時的盛京將軍永瑋見狀，便上報朝廷總管內務府造辦處，請求重新製造文溯閣門額。但因乾隆皇帝將到瀋陽東巡祭祖，重新造門額時間來不及。內務府總管大臣和珅，將此事奏請乾隆皇帝。乾隆皇帝下旨：按照圓明園文源閣門額挂法處理。於是，瀋陽故宮文溯閣門額，便懸掛到如今這個位置上。
秘聞軼事之最後的太監
經查閱《滿文老檔》等史料，清初，努爾哈赤、皇太極便在宮室裡使用太監。清朝入關後，宮中太監一道隨皇室入關，過了百餘年後，已成為「陪都」的瀋陽故宮內，又重新出現了太監。
乾隆八年（1743年），乾隆皇帝弘歷來瀋陽祭祖，並在瀋陽故宮清寧宮舉行祭天還願典禮。由於皇帝東巡已成為制度，每隔若干年就要來瀋陽祭奠祖宗，為妥善保管清寧宮祭器、管理祭祀神堂，乾隆皇帝決定，留下李進福、曹斌、劉翰學、徐國相等5名太監，在瀋陽故宮長期留守。
乾隆十五年（1750年），瀋陽地區連降大雨，糧食顆粒無收，瀋陽故宮太監們難逃此難，他們書寫呈子向瀋陽官府借糧。及至乾隆二十五年（1760年），5名太監中，相繼故去4人，僅剩下曹斌一人。乾隆三十年（1765年）瀋陽發生地震，太監住房倒塌，曹斌生活更為艱難。曹斌去世後，清廷不再向瀋陽故宮派遣太監。
秘聞軼事之翔鳳閣丟失東珠
1914年農曆正月十七，盛京內務府總管突然接到報告：瀋陽故宮翔鳳閣庫房失盜，一顆頭號東珠丟失。東珠產於松花江、牡丹江等處，為名貴珠寶之一。清代官府設有「珠軒」機構，專門採購珍珠，並定制：「得珠重八分以上者充貢。」瀋陽故宮翔鳳閣庫房內所藏珍珠，均為貢珠。
接到報告後，內務府官員立即行文給奉天警察廳，派員偵查此案。偵查人員來到翔鳳閣勘察，竟未發現任何蛛絲馬跡，門窗也沒任何損壞。警察廳懷疑此案為「內盜」。當時，翔鳳閣庫房只有管理人員文璞掌握鑰匙，其他人無法進入。警察廳將文璞帶回審問，多次過堂、受刑，文璞矢口否認盜竊東珠。警察廳無奈，只好「取保勒限」，將文璞釋放。
一天，文璞請求內務府總管允許他回到翔鳳閣重新查找東珠後，文璞竟從裝珠寶的「興字櫃」下面灰土中，找到了那顆東珠。於是，案件撤消，文璞恢復自由，但失去翔鳳閣庫使一職的肥缺。後人們紛紛議論瀋陽故宮翔鳳閣丟失東珠案件：一說，文璞施計謀，演出一出灰土中找到東珠的鬧劇，以掩蓋他監守自盜東珠的罪行。另一說，文璞真的不小心將東珠失落在灰土中。孰是孰非，近百年來一直莫衷一是。
秘聞軼事之檔案房失火
嘉慶二十三年（1818年），瀋陽故宮發生一起重大火災。此次火災的發生時間，與崇德八年（1643年）瀋陽故宮發生火災的時間完全相同，都是4月24日下午，這在當時引起不小的揣測和波動。
1818年4月24日下午5時許，突然從瀋陽故宮大清門前東側的檔案房裡，冒出滾滾濃煙、火舌，當班官兵立即敲鑼報警。瀋陽故宮的大火驚動了瀋城內的百姓，盛京將軍富俊、欽差大臣普恭、盛京工部侍郎誠安、盛京副都統和福等等官員，紛紛從四面八方趕到瀋陽故宮。由於檔案房內滿是沾火就著的文書檔案，以致大火從檔案房一直蔓延到前面的東朝房。大火被扑滅後，檔案房、東朝房幾乎全部燒燬，大量文書檔案付之一炬。
火災發生後，盛京將軍、盛京刑部侍郎徹查火災原因時，有人招供說，平時，檔案房內經常點燃一支香，供大家點煙用。每天散班前，都將這支香熄滅。想必是香火死灰復燃，最終釀成火災。盛京將軍富俊將火災調查結果上呈嘉慶皇帝后，嘉慶皇帝下旨重新細緻審理，落實事故責任人。
經審理後查明，4月24日午後，檔案房內共有4人，香火最後由任得付負責熄滅。由於任得付馬虎大意，散班前未能仔細檢驗香火是否完全熄滅，以致死灰復燃，釀成火災。結果，任得付被處以「杖九十，徒二年半」。由於任得付為旗人不受杖刑，凡處以杖刑者一律改成鞭責，在場另外3人一律革職。
