中國人的放生行為已流傳久遠，被認為是一件可以消除業障、增加功德之事，然而不當放生行為將造成動物死亡、不肖商人牟取暴利甚至成為外來種入侵之途徑。據聖嚴師傅表示，放生講求隨緣，刻意的買進動物進行放生活動，根本就不是佛教徒所應為之事。然而現今大型的放生活動不但是刻意安排，為了供應放生之需求，商人事先大量捕捉動物，這其中便混雜了商業買賣的牟利行為，背離傳統放生是拯救生命的想法。
有關於商業買賣介入放生行為的報導已有很多，在這裡也不再重述，我們要討論的是，因為放生而造成外來種入侵、食物鏈遭破壞、雜交種產生、基因庫之流失等等的問題。
中研院多位學者曾嚴重提出警告，臺灣外來種生物入侵的問題，其嚴重程度已必須被當作生物戰來應對。而「臺灣動物社會研究會」與「高雄市教師會生態教育中心」針對全臺2,544個宗教團體所進行的調查研究顯示，臺灣每年放生的各種動物超過2億只，種類包括鳥類、魚類、蝦蟹類、爬蟲類、兩棲類，甚至還有昆蟲類的蟋蟀、棘皮動物海膽、環節動物蚯蚓、軟體動物章魚，以及哺乳動物牛、梅花鹿、水鹿、兔子，禽鳥類雞、鴨、鵝、孔雀、鴕鳥，乃至靈長類的猴子，放生地點則遍佈全臺包括山林、河川溪流、湖泊、海岸、沿海、港邊、水庫、高爾夫球場、公園，甚至遠及中國。由這些數據資料可知臺灣放生行為之浮濫。
除了這種大型的放生行為之外，個人的放生行為也是造成外來種入侵的原因之一，最普遍的如家中豢養的寵物失去主人的寵愛之後便隨意棄置、野放的行為。
許多人喜歡飼養鳥類，原因不外乎具有鮮艷的羽毛，如金剛鸚鵡，具有好聽的鳴聲，如畫眉鳥，或是具有學習人聲的本事如八哥、九官鳥，因而使商人從外地引進，或從臺灣山林間捕捉，以滿足市場需求，這種行為不但造成原生地鳥類族群之減少，飼主的棄養或逃脫使這些鳥類可能與臺灣原生鳥類雜交，嚴重影響原生鳥類遺傳結構的完整性。臺北植物園中，每天清晨、傍晚在園中棕櫚樹上皆可見鳳頭鸚鵡群聚，由於體型較大，對綠繡眼、珠頸斑鳩、樹鵲等原生鳥類造成生存空間及覓食壓力，亦可能間接導致族群減少。
又如水族飼養熱潮，在飼主一頭熱之後，往往將其隨意放生於公園水池、溪流、池塘，導致越來越多觀賞魚成為水域外來種。琵琶魚原產於南美，喜歡生活在溪流底層，並以沉積在底層的有機物為食，水族館業者以其「清道夫」生活方式引進以淨化水族箱，後因成體體型過大而被棄養。因琵琶魚會攝食附著在底層的物質，很多原生魚類的卵也因此被吃，而影響了原生魚類的族群成長，目前野外分布常見於中、西、南部的河川。巴西龜原產於美國東南部各州及墨西哥境內，最初由業者引進寵物市場，但經棄養及野放後，因適應力好而成功在各種棲地，如河流、水溝、沼澤、湖泊或池塘等存活下來，它們會吃臺灣原生斑龜、食蛇龜的蛋，對原生龜類的生存產生很大的威脅。其他如大肚魚、吳郭魚、泰國鱧、高身鰂等外來魚類造成魚類族群生態失衡、傳染疾病、種間雜交、原生魚類基因流失等，成為臺灣溪流近年來最嚴重的生態災害。水域生物外來種入侵之種類還有福壽螺、河殼菜蛤、美國螯蝦、牛蛙、亞洲錦蛙、鱷龜甚至鱷魚等，這些都是水族寵物或養殖魚類放生的結果。
除了鳥類與水族，爬蟲類也是許多人喜歡飼養的寵物，例如綠鬣蜥，原產於墨西哥北部、中美洲和南美洲等地，幼時通體鮮綠、活潑可愛讓人愛不釋手，但長成後體長達200公分，讓不瞭解的飼主大驚失色，或因新鮮感消失、或因食量大又不易照顧，於是將其放生山林，造成其不適環境而死亡，嚴重者傷害人類。
錯誤的放生地點也是危害之一，例如原產臺灣西部溪流粗首鱲與臺灣馬口魚，原本不存在臺灣東部溪流，卻由於垂釣者引入放生，由於缺乏天敵族群繁衍迅速，已壓迫東部特有的菊池氏細鰂的生存空間。雖然粗首鱲與臺灣馬口魚是臺灣原生魚類，但相對於東部溪流得原生魚類而言卻屬外來種，這種在臺灣本土溪流間引入該條溪流並未分布的臺灣原生種魚類稱之為「內地入侵種」。
放生原本是一件善事，卻因為不當的放生行為導致動物的死亡及外來種入侵等事件的發生，是一件令人遺憾又難以彌補之事。呼籲宗教界人士應該自我省思，行善修道不應該建立於傷害生命的基礎上；也建議政府應該正視此一行為，對不當之放生加以規範管理，也對動物之引進嚴加把關；個人飼養寵物則應該有正確的認識與選擇，並不是稀有或珍貴、高價的寵物才能表現你的不同，而一旦飼養，就要將其視為家人，付出關心與照顧，而不是一時的熱情後，即不負責任地拋棄，如此忽略生命之行為，與畜生何異！
