記者注意到，除了百度方面數次積極回應網友質疑，並表示"搜索結果說明一切"外，遭質疑的多數主流網站都選擇了沉默。面對網友們一波又一波的質疑，類似國產奶製品企業的信任危機同樣困擾著這些網站。
" 三鹿300萬公關百度文件"曝光的影響依然在延續。那份網友提供的文件中稱，三鹿的公關公司建議三鹿花300萬擺平百度，屏蔽腎結石等負面新聞，並稱伊利、蒙牛等都是花500萬拿下百度的，該文件還稱三鹿已經與新浪搜狐建立強強合作，"除非涉及國家權威機構的通報，該兩網站今年內不會有任何關於三鹿集團的負面新聞"。
百度否認了。其他網站沒有發表聲明。不過網友們卻在不斷用各種方式探求真相，不斷提出質疑。為什麼三聚氰胺事件裡百度搜索結果比谷歌少？為什麼新浪新聞標題的源代碼裡裡"伊利"成了"伊<！>利"......在受到網友質疑的網站中，作為佔國內搜索引擎市場份額最大的百度首當其衝。搜索引擎，幾乎是每個網民搜索新聞和信息的必備網路工具。然而，自"三鹿"奶粉事件以來，部分網友認為，使用百度搜索到的相關網頁的數量遠低於其競爭對手谷歌。
網友發現，第一篇點出三鹿名字的新聞報導《甘肅14名嬰兒疑喝"三鹿"奶粉致腎病》，用這個標題在百度搜索只有幾百個結果，而在谷歌則有十幾萬個結果，這被認為是百度在屏蔽這個標題。網友"pang_ying"也發帖稱，同樣搜索"三鹿結石寶寶"，百度搜索到的相關網頁數量僅為谷歌的1/30.類似的帖子在很多論壇都有出現，並成為網友質疑百度的證據。
就此，百度公關部的負責人日前接受《南方都市報》記者採訪時解釋稱，這主要是百度在搜索過程中使用了精確匹配，而谷歌採用的是模糊匹配。該負責人稱，《甘肅14名嬰兒疑喝"三鹿"奶粉致腎病》這個標題百度採用的就是精確搜索，而谷歌上那麼多結果其實更多是《甘肅14名嬰兒同患腎病疑因喝三鹿奶粉所致》。雖然是同一篇文章，但前者這個標題確實沒有多少網站採用，新聞網站廣泛採用的就是後者。
這位負責人還指出，另一個導致百度有關"三鹿"奶粉事件的搜索結果少於谷歌的原因，是很多網友在早期使用了錯誤的關鍵詞。他表示，很多網友在"三鹿"奶粉被曝光的最初幾天裡，使用的搜索關鍵詞是"三聚氯胺"而非"三聚氰胺"。記者搜索後發現，這一現象的確存在。如網友"愛心洋溢"曾於9月13日在貓扑論壇發帖，建議網友比較百度和谷歌對"三鹿"的搜索結果，其中另一個關鍵詞使用的是"三聚氯胺"。記者注意到，這些解釋隨後很快也出現在網路上。
百度發了聲明講述自己的"精確匹配"。不過又有網友拿出新的"證據"質疑百度。9月18日，知名網際網路網站"DONEWS"的一位網友發表文章指出，"百度的‘精確匹配'之說，說到底只不過是一個障眼法，試圖以所謂的‘高深'搜索理論來矇蔽普通網民，轉移網民的視線"。
這位網友在文章中比較了用百度和谷歌分別搜索"汶川+大地震"和"三鹿+三聚氰胺"的結果，發現百度在搜索前一個關鍵片語合的結果要多於谷歌，而搜索後一個關鍵片語合的結果要少於谷歌。"為什麼偏偏在‘三鹿奶粉'如此對社會公眾生命健康安全構成巨大威脅的事件發生之後，搜索關鍵詞要遠落後於谷歌？"
對此，也有網友提出了不同的看法。在"DONEWS"的博客"現代法律評論"上，網友"Hello"就跟帖表示，"你懂什麼叫精確匹配嗎？那麼多的演算法和策略，你兩個比較就行了？隨便搜索一下‘踵塃'，baidu只有一條記錄，谷歌有近2000條記錄，匹配演算法不一樣，差異的地方太多了，不懂的東西就不要亂說，說話還是要負責任的"。
但幾乎同時，一則《曝百度刪除負面信息標準：1 萬元/條》的帖子也開始在網路上流傳。帖子中附加了兩封據稱為百度內部郵件的內容，並稱百度一位高級管理人員給刪網頁結果的出價是1萬元/條。截至目前，百度方面尚未對這部分的質疑做出公開回應，郵件內容的真實性也尚未得到證實。不過，記者注意到，此前"DONEWS"網站上那篇質疑百度精確匹配之說的文章已經被刪除。
有網友提出，影響巨大的主流網站應更加重視自己對公眾與社會的責任。事實上，在此次由"三鹿"奶粉引發的國內網站信任危機中，百度也並非孤立的個案。在質檢總局9月17日通報《22家嬰幼兒奶粉生產企業產品檢出含有三聚氰胺》後，很快就有網友發現，包括新浪在內的多個主流網站的轉載報導中，上榜企業"伊利"公司的關鍵詞"伊利"二字中間多了一個空格。
這些網友提出，對於網路搜索引擎來說，對"伊利"和"伊利"的識別有很大的區別，前者是一個關鍵詞，而後者則是兩個關鍵詞的組合，這意味著涉及"伊利"的這篇負面報導，將隱藏中眾多含有"伊""利"字樣的網頁中，很難檢索到。這一現象很快成為眾多論壇和貼吧的話題。
很快，部分網站調整頁面顯示的內容，去掉了"伊利"中間的空格，但好奇的網友並沒有輕易放棄。9月19日，網友"百毒不侵"發帖聲稱，從很多網站有關"伊利"在此次奶粉事件報導的頁面源文件中，發現其源代碼為"伊<！>利"。這再次成為網友們質疑這些網站被"伊利公關"的證據。同一條新聞，蒙牛等都沒有<！>這個符號出現，只有伊利有-----因此，這是人為干預的結果而非巧合或排版錯誤"，9月20日，一位百度貼吧的網友這樣跟帖寫道。
面對網友們的質疑，很多網站都選擇了沉默。截至目前，尚未有新浪這樣遭到質疑的網站做出回應。"希望不是真的"，9月18日，網路編輯社區的網友"小編輯"這樣寫道。
