廣州《羊城晚報》的報導說，星期三廣州市有關部門、專家學者和企業、職工代表舉行座談，向正在廣州檢查《勞動合同法》執行情況的全國人大執法檢查組反映了《勞動合同法》實施中遇到的問題，其中包括：有些企業經營者認為，《勞動合同法》傾向保護勞動者，忽視了業主的權益，限制了企業的用工自主權，不利於企業長遠發展，因而對貫徹《勞動合同法》採取消極的態度。有的勞動者認為，根據《勞動合同法》，僱員有一離職就可以重新核定工作歷史的權益，因此不管什麼原因離職，他們都向企業索取入職工作以來的高額賠償金、加班費，動輒上萬、甚至幾十萬元。自《勞動合同法》實施以來，追討歷史加班費的勞動爭議增長迅猛。據統計，今年1至8月，廣州勞動爭議仲裁案件數量為35500多宗，其中因薪酬引發的爭議佔四成多，達14200多宗。總部在美國紐約的《中國勞工觀察》負責人李強對此評論說，
"勞動法實行以後，廣東省政府做了一個補充規定，把解僱員工新規定的一些條例來重新對勞動法進行了一些約束。勞動法本來可以向工人進行補償，對母法進行了一些重新的解釋，讓勞動的訴訟、工人敗訴率增加了。當然從這個來講，就是說實際上的勞動法並沒有以前規定的這些，勞動法沒有得到有效的執行，很大一部分原因是來自於企業和地方的壓力。"
《勞動合同法》實施過程中遇到的問題還有：職工的社會保險不能在全國範圍內轉續和轉移，導致部分外來工人消極對待社會保險，助長了企業不給工人購買社會保險的違法行為。對此，總部在法國的《中國勞工通訊》負責人蔡崇國認為，
"民工流動性很大，大多數民工在這打了幾年，總是有一個念頭，就是將來落葉歸根要回去。他想到自己會流動，會回到農村，就覺得自己的醫療保險和退休基金是白交了。所以他們不願意交。那這就涉及到中國必須建一個各城市、甚至城市和農村保險醫療基金的一個聯網的問題，使大家覺得我今天交了退休保險，我不管在哪裡，不管什麼時候，我都有這個權利。這是中國要怎麼樣建立一個全國性的城鄉聯網的社會保險系統。這才會使民工有交保險的積極性。"
報導說，目前中國企業稅務負擔過重，政府稅收太高，導致企業向勞動者讓利空間過小，也影響了《勞動合同法》的貫徹實施。蔡崇國認為，發達國家的經驗表明，獨立的工會使工人在跟企業和政府談判時有力量幫助工人維護和爭取自身的權益。而中國目前不允許組建獨立的工會，官方工會完全站在政府一邊，所以工人在權益受到損害時，沒有集體談判的權利。
