作爲北京 60 年來到臺的最高級別正式代表，海協會長陳雲林這趟到訪的本身被視爲具歷史性義意，而陳雲林也受到執政黨高規格的歡迎，與反對黨激烈的抗議。
海協會以「軟調」的方式回應這些抗議活動，臺灣警方則全力制止抗議民衆。在兩會強調兩岸和解的同時，臺灣社會的分裂也正在擴大。
政治軟調
對於『海協會』首度踏上臺灣土地進行協商，兩會領導人同聲表示這是歷史性的一步，這樣的說法標誌出了到訪本身的政治意義。雖然按海協會的說法，這次到臺不涉及兩岸與島內政治議題協商。不過對於兩岸間的政治話題，『海協會』還是在記者的提問下作出了一些響應。
針對臺灣加入世衛組織一事，海協會副會長「鄭立中」說，瞭解臺灣民衆對參與國際活動問題的感受，他相信在雙方共同努力創造條件下，通過兩岸進行協商，這些問題一定會找到解決的辦法。
鄭立中這樣的回答調性明顯放軟，北京對此一問題過去一貫的標準回答是：「臺灣是中國的一部分，沒有資格參加以國家爲主體的聯合國附隨組織。」
這種刻意軟調的一面，在陳雲林訪臺前就已展現，他在出發前在北京找來臺灣的記者，說了一段他在福建與一群臺灣民衆會面的經過，說這段話時陳雲林語帶哽咽。
民衆抗議
陳雲林在臺期間遭到各路民衆的抗議，雖然在警方強力清場下，海協會代表團並未與抗議民衆正面遭遇，但陳雲林說他聽到了，也看到了這些抗議的聲音，而且在到臺灣前也對此作好了思想準備。
而海協會副會長鄭立中在回記者相關提問時，則表示這次兩會簽署的四項協議涉及家萬戶，臺灣多數民衆理解支持，對他們抗議的是「少數人」。 他說這些少數民衆因爲「不理解」，而參與了個別黨派組織的對抗性活動，只是「暫時」的現象。他並表示，由衷的歡迎這些民衆到中國大陸多走走，多看看、多交流，這些隔閡與誤會都會消除。
海協會在同海基會簽署了四項協議後，雙方互贈禮物標誌兩岸合作雙贏，但是在這種兩岸政府和解氣氛，以及海協會軟調的講話下，臺灣內部也因爲這次陳雲林的到訪，而擴大了分裂。
警方動用 7000 名以上警力的維安，對於抗議陳雲林人士亳不手軟，這固然維持了兩會臺北協商表面上的和諧，但也引起衆多爭議。
流亡在臺的西藏人，是這次陳雲林到臺時抗議群衆之一，他們在陳雲林下塌的圓山飯店外，高舉著標誌西藏獨立的「雪山獅子旗」開車繞行，旗子遭到警方拉扯人也被警方驅離，這些藏人召開記者會希望臺灣能支持他們的運動。有藏獨人士對臺灣媒體說，警方在陳雲林到臺前，即到他的住處提出警告，要他不要向陳雲林進行抗議活動。
警方干預
警方表示，架走抗議人士是爲了因爲他們沒有合法集會遊行權，不過這些人士往往在實際抗議行動前即被警方架走，這固然事先阻止了陳雲林可能遭遇難堪面，但也涉及了言論自由與行動自由的爭議。
以週二發生的一起衝突事件來說，陳雲林在臺北接受國民黨榮譽主席連戰宴請時，酒店附近一家「唱片行」播放台獨人士聚會時經常播放的歌誦臺灣的唱片，門口聚集了支持台獨群衆，但大批警察衝入唱片行，制止音樂播放並強行拉下唱片行大門。
民進黨立委在說起這起事件時激動落淚，因爲警方的行爲讓他們想起了臺灣解嚴前，當局對主張台獨人士的壓制，他們痛批執政的國民黨，因爲陳雲林的到訪而使臺灣重回戒嚴時代的警察國家。
對中國應採取何種態度，一直是臺灣內部政治上無法取得共識的議題。而警方架走身穿台獨標語服裝人士，扯下台獨人士手中的「國旗」，但一群拿著「五星旗」迎接陳雲林到訪的民衆卻安然無事，這樣的畫面經電子媒體的傳播，也加深了獨派民衆的憤怒。
無論是陳雲林的講話與鄭立中對抗議民衆的喊話，雖然基本上維持軟調，但是民衆抗議的主題，不管是台獨，藏獨，或是法輪功，都是被北京視爲禁忌的政治議題。這些主張是否能像鄭立中期待的，以通過到中國大陸各地參訪來化解，存在疑問。
