1949 年10月，中共元老王震率兵進軍新疆。新疆成為中華人民共和國的一個省，1955年撤銷省建制，改為新疆維吾爾自治區。50年代、60年代新疆同其它省份自治區一樣，經濟發展落後，社會貧困。在新疆地區生活的漢人同當地的維吾爾人間的關係較為平等，社會矛盾也相對較少。
日本研究"東突"問題的專家，曾撰寫過《在中國遭迫害的維吾爾人》（中國を追われたウイグル人----亡命者が語る政治弾圧）等調查報告的水谷尚子表示，中國經濟實施改革開放政策之後，特別是西部大開發之後，由於漢人同維吾爾人之間出現了巨大的經濟獲益不平等現象，兩個民族之間的矛盾逐漸開始激化。水谷認為："他們（維吾爾人）首先需要的是平等，經濟上的平等。西部蘊藏並得到開發的大量石油、氣田、礦產等等沒有在新疆使用，而是被運到沿海地區。"
民族問題上如何保持平衡也很重要
水谷尚子強調說，維吾爾人從人種、語言文化、民族特性等諸多方面都同漢人完全不同。對維吾爾人採取強制壓迫政策也無法贏得他們對漢族文化的認同。在談到不少漢人同樣對中國的少數民族政策表示不滿，認為少數民族人口在升學、生育等問題上都享有優惠政策時，水谷表示，這些政策並不能算優惠，"這是應該的。比如說日本的高考，外國人的日語和日本人的水平還是有差距，所以當然對外國人有所照顧，給他們提供上大學的機會。所以我覺得不是優惠，對同一個國家的人來說這就是應該得到考慮的事。"
另外根據中國官方統計機構公布的數字，1949年中華人民共和國建國之初，新疆地區維吾爾人口的比例為76%。改革開放之後隨著大量漢人移民的增加，維吾爾人口在新疆地區的比例下降至46%。與此同時漢人比例卻從1949年時的6%升至40%。中國當局還在新疆地區拆除了喀什葛爾老城等歷史悠久且具有重要象徵意義的傳統文化建築。這一系列問題讓維吾爾人深感民族存亡的危機，同時也激起了民族間的對立情緒。
水谷尚子還分析說，最近幾年在中國漢人同維吾爾人之間的民族矛盾升溫也和中共的政治策略有關。她解釋說，在江澤民執政時期政府在民間進行反日宣傳教育，正是要通過製造假象敵的方式轉移民間對中國內部矛盾的注意力，同時也為老百姓排解對政府對社會的不滿提供一條新而無害的途徑。胡錦濤接任一把手職務之後，維吾爾等少數民族就變成了新的假象敵人。
新疆發生抗議中國少數民族政策的示威活動的時候，中國政府往往採取暴力鎮壓的方式。水谷尚子表示，如果中國當局的政策不改，像烏魯木齊騷亂這樣大規模的社會事件在5年、10年後還會再發生。她說，現在維吾爾人需要有更多同情他們的命運理解他們的要求的漢人朋友。只有這樣才能解決問題。
