在此同時，中共中央臺灣工作辦公室負責人14日表示，大陸方面高度關切臺灣風災的救災情況，根據臺灣有關方面公布的救災物資需求，中台辦正在積極組織相關救災物資，為臺灣同胞救災和災後重建提供各種必要援助。
馬英九14日在上任後首次的國家安全會議指出，莫拉克風災嚴重程度超過50年前八七水災，高縣甲仙鄉小林村罹難者估計約380人，死亡總人數上修至500以上，還有7000餘人無家可歸，財產損失超過500億元新台幣。
臺灣藍綠兩陣營對外交部婉謝外援的公函，紛紛責難。這封在14日曝光的公函，於8月11日由外交部通發給駐外使館，內容重點是臺灣不需要外國援助。外交部強調事先徵詢過消防署長黃季敏，消防署表示沒需要外援，但消防署則說「外交部從未徵詢」。為此，黃季敏親自反駁外交部，他表示，這次災情如此重大，消防署歡迎各國救難隊伍援助，他問過消防署所有幹部，都沒有接獲外交部徵詢，更沒有拒絕外援，可能訊息有錯誤。
行政院長劉兆玄對此表達強烈不滿，認定外交部是嚴重失誤，將等外交部長歐鴻鍊返國後議處。至於外交部和消防署的責任歸屬，行政院高層官員認為，消防署只是被動接受徵詢，說法是「暫不需要」，外交部卻通令各外館表示婉謝，把責任推給消防署太牽強，辦外交的人應該有所判斷。
臺灣《商業週刊》總主筆郭崇倫相信，隨著死亡人數大幅上升，馬政府所受到的政治壓力也將越發沈重，馬英九將被迫對若幹部委作出人士調動，一些官員將勢所難免因次而丟官。他說，民進黨2000年執政初期，也因為中南部八掌溪四名工人被洪水滅頂死亡事故，懲處了多名官員，相對之下，八八風災對全臺灣所造成的傷害要嚴重多了。
外交部發函風波起源，是因為八八風災引發的災情引起國際注意，部分國家表示有意伸出援手，美國最早表達意願，日本、新加坡、歐洲各國，也陸續透過臺灣駐外館表達願提供援助。依據外交部說法，八月十一日上午，外交部政務次長夏立言召開會議，討論如何處理外國援助。夏立言當場致電行政院國土安全室主任張志宇，請示如何回覆。
據外交部轉述，張志宇當時表示，這需要中央災害應變中心做專業評估，張志宇因此致電消防署長黃季敏，獲得明確訊息表示「暫無需要，敬請婉拒」，外交部由新聞文化司擬妥電文，次長林永樂批示後，轉電務處拍電報通令各外館。外交部通令外館的電報只提到後半段「婉拒」外援，卻沒提到前半段「暫無需要」，電報內容是：「倘駐在國政府或民間欲提供救援物資或派遣救援團隊，請貴館處予以婉謝」。消息曝光，輿論譁然，劉兆玄要求嚴加議處，藍綠立委齊聲痛批。
