但是瞭解中國政府職位設置的明眼人一看都明白，葉小文由副部長級的宗教局局長調任正部級的中央社會主義學院黨組書記，名義上獲得了升遷，但失去了主管國家宗教事務的行政權，失去了對全國佛教，道教，基督宗教以及伊斯蘭教等大小信仰團體的掌控，空有個正部級的頭銜，實質上是明升暗降。
葉小文作為國家宗教局任職最久的局長，被北京方面欣賞的香港《大公報》美譽為"為中國宗教管理和服務做出了突出貢獻"，特別是其任職的14年間，其在崗位上，深諳中共對國內信仰團體的統戰滲透和控制打壓的兩手抓主旨，曾經在迫害中國的家庭教會信徒、西藏佛教徒、新疆基督徒，天主教徒、以及修煉法輪功的大陸百姓方面成績斐然。 從監視，抄家、拘留，到逮埔，判刑；從經濟制裁，精神折磨，到人身侵害、酷刑致死。以基督教為例，《聖經》乃基督徒每日必讀聖書，在所謂信仰自由的中國大陸，幾年前香港人因為運送《聖經》到大陸而遭到判刑；今年北京市民石維翰因印刷及免費贈送聖經，被判刑三年。再看法輪功，從1999年至今的10年中，就有3305人被折磨致死， 上萬人被判刑，十餘萬人被勞教，數千人被強迫送入精神病院，成千上萬的家庭妻離子散、居無定所，甚至是可怕的器官活摘.....以上成績與葉小文不遺餘力地推出一系列的宗教信仰管理政策息息相關。
葉小文在調任之前，就由其下屬的宗教文化出版社一次性突擊出版了一系列他的作品，不僅豪華精裝，而且定價昂貴。以此名正言順的幾十萬人民幣的版權入賬名下，同時其宗教管理理論也揚名國內，可謂名利雙收。
而其在處理宗教事務時，身先士卒而委曲求全地身體力行，也給後任留下楷模。今年8月8日臺灣發生水災後，為了中共統戰所需，葉小文於8月28日以宗教局局長身份到臺灣參加八八水災佛教超度法會。超度法會乃是佛教僧旅為超度眾多亡靈脫離苦海而舉行的佛教儀式。而葉小文身為堅定的無神論中共黨員，也勉為其難地全力以赴盡心祈福，確實是為了工作而對個人信仰做了很大犧牲，只是玷污了來世今生的美好祝福，不知可有譭謗佛法的嫌疑。
可以說，在執行中共宗教信仰管理路線上方面，葉小文確實兢兢業業，有理論有實踐。但讓人困惑的是為什麼如此愛崗敬業的中共好幹部，會在做出以上斐然成績之時，被高層卸磨殺驢呢？外界猜測這一變化是否跟過去兩年連續發生西藏和新疆暴亂有關。
如果確實如外界傳聞的話，坦白地講，北京當局對葉小文在此問題的處理上有些欲加之罪了，原因非常簡單：
如果一個政府沒有基於真正的尊重和平等基礎上對民族事務和信仰團體進行管理，必然會導致矛盾激化。正如老子所說，"天下有道，卻走馬以糞；天下無道，戎馬生於郊"（國家清明，就算是戰馬也是用來施肥種田；國家昏亂，那麼即使邊郊荒野也會戎馬干戈），中共在處理民族和宗教信仰事務上，是否也應該遵循古人"天下有道"的智慧呢？
所以說不管是將葉小文換成王作安也好，順著中共的宗教事務管理的老路子走下去，也許暴亂的不止是西藏和新疆了，所以葉小文實在冤枉和困惑。
