中華民國98年國慶慶祝大會因莫拉克風災取消，但馬總統今天上午9時仍在總統府主持國慶典禮，並以「挑戰中成長，重建中進步」為題，發表國慶談話。
兩岸關係是馬總統國慶談話主軸，他在談話中強調「重建兩岸關係，擴大國際參與」。總統認為，1年多來兩岸合作範圍日益擴大，善意與互信逐步累積，未來包括兩岸「金融監理合作備忘錄」（MOU）與兩岸「經濟合作架構協議」（ECFA）等有利於兩岸人民福祉的工作，等待開展。
馬總統也將提到，兩岸間的差距與疑慮有其歷史因素，不可能一步跨越，旦夕消弭，將來兩岸關係的和平發展仍需雙方抱持耐心，正視現實，循序漸進，以擴大互信，求同化異。
馬總統將表示，和平發展兩岸關係的同時，國內一部分同胞仍有疑慮，擔心國家主權與臺灣利益受損。政府願經由國會與政黨等各種管道的對話與溝通，凝聚全民大陸政策的共識。
他說，臺灣是一個民主社會，政府處理兩岸議題，一定會以維護國家主權與增進人民福祉為最高指導原則，並接受民意與國會的監督，這點他念茲在茲，絕對身體力行，確實做到。
馬總統同時也提及，兩岸關係雖大幅改善，但政府不會輕忽對岸的軍事威脅，仍堅持「防衛固守，有效嚇阻」的國防戰略。
在防災議題上，馬總統強調「打斷手骨顛倒勇，化危機為轉機」的理念，宣示將做好國土規劃，告慰莫拉克風災罹難災民。總統說，要把每個颱風當成莫拉克，把每一種傳染病疫情當成嚴重急性呼吸道症候群（SARS）防範，損害一定可以大幅減少。
此外，馬總統將提出「開創具有臺灣特色的中華文化」，強調「臺灣精神」不是空泛口號，而是展現在曾為這塊土地打拚奮鬥人民身上的價值與風範。
他將表示，這種精神延續到今天，有像世運丶聽奧那些奮戰不懈的運動選手；有像災難中捐款救人的志工及慈善團體；有像9月間在情況危急下犧牲自己丶搶救全車乘客的兩位大客車司機蘇勝裕與侯文田，各個角落幾乎時時呈現這種典範，成為「臺灣精神」的象徵。
馬總統並將宣佈成立「中華民國建國一百年慶祝活動籌備委員會」，由副總統蕭萬長擔任主任委員，結合政府與民間，規劃一整年的慶祝活動，彰顯「承先啟後，慶祝建國百年」的重要意義。
