「生為國家，死為國家，平生具俠義風，功罪蓋棺猶未定；名滿天下，謗滿天下，亂世行春秋事，是非留待後人評。」戴笠死後，章士釗先生題輓聯。
軍統在其最鼎盛的時期，擁有特工以及各類准軍事的交通警察大隊共約10.2萬人，裝備精良，訓練有素。勢力滲透至黨政、軍事、教育、文化、警務各個層面。在整個第2次世界大戰中，軍統一直是世界上規模最大，效率最高同時也是電訊破譯技術最先進的情報機關。而那時，CIA前身美國戰略情報署（OSS）不過才剛剛起步而已。軍統局內設兩處，第1處負責黨務調查（即後來國民黨中央執行委員會調查統計局的前身），由徐恩曾（黃埔4期）任處長；第2處為特務處，戴笠擔任處長。1938年9月，第2處另立門戶，升格為「國民政府軍事委員會調查統計局」，仍由戴笠一手掌管，內設軍事情報處、黨政情報處、電訊情報處、警務處、懲戒處、訓練和策反處、特種及心理作戰處、特種技術研究應用處。抗戰中，軍統特工在抗日戰爭時期深入淪陷區，製造針對日軍的活動。
1940年4月，蔣介石為集中對日本軍隊電訊密碼的破譯力量，下令BIS「特種技術研究應用處」（6處）加強對日情報工作。在6處中，池步洲擔任了軍政部軍用無線電總臺第43臺主任。1941年5月，池步洲在破譯的日本外交密電中，感到日本要對美國「採取斷然行動」了，並判斷：日本對美進攻的地點可能是在珍珠港，發動戰爭的時間可能選擇在星期天。軍統局破譯出日本海軍將要偷襲珍珠港的密電後，通知美國海軍，但孤立主義情緒氾濫的美國當局懷疑是中國挑撥日美關係，未引起重視，以致釀成嚴重後果。日本海軍總司令的殞命也有中美合作所軍統局人員在電訊偵測和密碼破譯方面的功勞。
戴笠本人，抗戰初起既是中國軍隊在淞滬戰場的情報樞紐，瀋先生回憶那些天戴從來沒有過的精力充沛。瀋先生的原話是：「他是中國人嘛。」他白天堅持在上海前線，一邊忙於組織對日情報戰，一邊竭力建立軍統武裝別動隊（後來的忠義救國軍），協助正規軍作戰。令人不可思議的是，他每天晚上還親自坐車從上海到南京，向蔣介石匯報戰況和情報分析。那時南京到上海鐵路已經不通，汽車也只能滅燈行駛，日軍飛機不斷轟炸掃射，時時如身臨鬼門關，戴卻樂此不疲。
對於抗日，戴笠的政治思想非常明確。淞滬抗戰之前，國民黨大員們在南京開會，休會的時候議論紛紛，戴笠很堅定的對其他人說，這次我們一定要打了。國民黨元老吳稚輝問他，武器，經濟都差的那麼遠，拿什麼打呢？戴笠說：「哀兵必勝，豬吃飽了等人家過年，是等不來獨立平等的。」這句話給其它國民黨人震動很大，後來成了軍統對於抗日的經典創見。軍統在抗戰中的表現，是和當時的中國同命運緊密相連的。據瀋醉先生提供的資料，軍統局的正式在冊人員和學員，在抗日戰爭中犧牲者就達18000人以上，其它附屬人員犧牲者更眾。
位於臺北市士林區的國防部軍事情報局附近地區甚至有以戴笠為名的雨農路、臺北市立雨農國民小學、臺北市士林區雨聲國民小學，以及在芝山岩上的雨農閱覽室。臺灣紀念戴笠的雨農閱覽室以後世觀點來看，戴笠在情報界可說是少有的天才，他在無師自通下一手建立軍統局這以他為核心的龐大情治機關，在抗日戰爭時期軍統局的敵後諜報偵搜，以及中美情報合作對於抗日戰爭的勝利有著無可抹滅的貢獻。抗戰期間軍統局曾多次刺殺投日的軍政人員，如暗殺汪精衛、周佛海、張嘯林、唐紹儀、唐經、陳籙、季雲卿、穆時英、傅筱庵、殷汝耕．．．．．．而隸屬軍統的各個游擊司令部和交通警察大隊則深入日本佔領區開展廣泛的游擊戰，對打擊日軍和與日協作者，起了不小的作用。
瀋醉先生本人先擔任虹口地區的對日情報收集工作，為日軍排擠不能立足以後，轉而帶領特工潛伏人員深入瀏河，大場，直達前線乃至於日佔地區，親身擔任戰場調查工作，為中國炮兵部隊指示目標，鑒別戰果，鏟除漢奸，每日在生死在線徘徊，飲水三餐皆不能為繼，但瀋先生和其它特工人員皆以苦為樂，絲毫不以危險為念，與前線官兵同進同退，死亡相繼，前後達數月之久，瀋先生至今感激戴笠能夠給他這樣的為國效力的機會，認為是在軍統最為快樂的日子。要知道那時候瀋先生已經是戴笠手下著力培養的四大金剛之一（陳恭澎，趙理君，瀋醉，王天木），瀋說其實是六大金剛，應包括文強和吳庚恕（犧牲於上海）。戴笠居然捨得把他們放到前線，可見軍統在抗戰中的投入。
根據瀋先生回憶，當時國民黨政府軍並非我們一般所認為的一觸即潰，基於愛國熱忱他們的確進行了相當艱苦慘烈的抵抗。當時的軍隊很多是軍閥的私人武裝，和日軍交戰是第一次和現代化的對手進行戰鬥，那種立體的空前的殺傷力是當時國民黨官兵簡直不能想像的，而他們依然在那樣地獄般的拚殺中和日軍進行了不屈的格鬥。實際上，就是那些所謂的敗將，也並非那樣醜陋。對比原平，淳縣的防守就打得糟糕，而負責防守淳縣的晉軍指揮官王靖國，當時是把自己綁在城門上和日軍大戰，最後被護兵強行抬下戰場的。但是山西的軍法官竟因為王靖國「擅自撤退」不能正法，憤而自殺！這些，都使我們作為後人，感到對當時歷史認識的蒼白無力。
瀋先生還記得軍統西北區高級特務宋良隨衛立煌部增援山西時發來的報告，當時第二戰區為了堅持等待中央軍的救援，嚴令死守晉北門戶淳縣和原平，淳縣經過三天激戰失守，原平原訂計畫守三天，但是因為中央軍遭到日軍空襲，行動遲緩，閻錫山下令要原平再堅守十天。原平守軍只有一個旅，而居然就真的孤軍死守了十天，從城外直打到巷戰。其間第二戰區多次派兵增援，但因為勢單力薄，只有兩個連的援兵到達城內。衛立煌到達忻州已經是原平堅守的第十三天，中央軍火速派第九軍搭乘汽車夜行前進，救援原平。宋良就是第一批部隊隨軍趕到的。他們到達雲中河大橋的時候，只見周圍陣地的晉軍官兵皆「全體肅立，望北而哭」。原來就在那一天清晨，原平守軍已經力竭城破，守軍五千人，從旅長到馬伕，除送到大白水的傷兵百人外，全部陣亡。日軍後來發表的戰報，宣稱原平城內，往往一個院落因為反覆爭奪，中國官兵的屍體可以達到好幾層。晉綏軍一向因為戰鬥力弱被稱為「豆腐軍」，而「豆腐軍」的表現，也是這樣令人心動，令宋良這樣的老特務也不禁感到「吾河山終不變色」。
抗戰時期的國軍防空部隊用挂燈籠來進行空襲報警的，根據日本轟炸機距離的遠近，依次掛上不同的個數，陪都市民在遠處看到後就能判斷危險程度。這個挂燈籠的高地現在就叫「紅燈壩」。當時國軍並沒有雷達，但為何會提前得知日軍轟炸機來襲的距離、架次和準確時間？那全部是戴笠先生手下的軍統群英的貢獻。重慶督郵街的53.54慘案以後，蔣介石嚴令戴笠必須提前偵知日機啟動詳情，以便設立預警機制，保衛陪都無辜百姓的安全。戴笠先生和他手下的軍統群英竟然做到了。他們在日軍每個機場附近都租用住房，化裝成普通百姓而觀察轟炸機起落方向、架次和時間，甚至潛入飛機附近目測裝彈量，然後迅速用無線電告知重慶總部，以便陪都防空部門及早挂球預告。日軍自然慢慢發現了軍統的情報活動，於是上演了一場偵測和反偵測的生死大戲，軍統兒女為了完成領袖之任務和捍衛國民之生命，為之殉難者不計其數。
1938年10月，前大使和內閣部長唐紹儀在租界寓所內被化裝成古董商的軍統特工用斧頭砍死。軍統當時得到情報，唐紹儀已被日軍情報頭子土肥原賢二相中，將出任被佔領區的傀儡政府首領。為了將談判扼殺在萌芽之中，軍統便除掉了土肥原看中的候選人。劉戈青是軍統最成功的刺客之一，1939年2月18日他奉軍統上海站站長王天木的命令暗殺了南京偽維新政府的「外交部長」陳籙，自此英名遠揚。1939年夏，軍統計畫暗殺汪精衛未遂。同年秋，青幫通字輩首領季雲卿因與汪偽勾結，被軍統擊斃於威海路家門口。著名文人、國民新聞社社長穆時英也因投敵被軍統打死。上海三大亨之一的青幫首領張嘯林，蠢蠢欲動與日偽勾結，組織新亞和平促進會，軍統人員通過其保鏢將他打死。1940年10月，上海偽市長傅筱庵被軍統刺殺。軍統的一系列鋤姦活動，大快上海市民的人心，汪偽漢奸人人自危，有力震懾了一批意欲附敵者。與此同時軍統特工向日本軍官發起過40多次攻擊，50多次破壞敵人包括機場和軍火庫在內的軍事設施。他們的行動極大地鼓舞了重慶的支持者。親重慶的報紙對每次事件都大加渲染，有關社論把軍統刺客比為替天行道的當代奇俠。日軍和汪偽特工總部惱羞成怒，除對軍統分子繼續威逼利誘外，加強了血腥恐怖活動，雙方的槍戰全面爆發並不斷升級，據統計，1939年一年裡，在上海租界內發生的各類狙擊案中，雙方死傷人數達44人之多。
特工的鋤姦刺殺行動不同於炮火連天的正面戰場上的拚死搏殺，很多都是面對面進行的，所用的手段也多為近距離槍擊，刀劈、斧剁等，場面血腥。如刺殺傅筱庵，1940年10月12日重慶《大公報》的報導，傅被砍三刀「一在眼部，一在下頦，一在頸部，尤以頸部傷勢最重，頭顱幾將割斷」。更何況刺殺的對象有的是以前的同事、朋友，行動隊員承受著極大的心理壓力。而玩弄「以華制華」伎倆的日本人卻躲在幕後遙控指揮。淪陷區軍統特工人員紛紛要求在制裁漢奸的同時，誅殺日本人。首先軍統上海區制定了一個方案：以身著軍服的日本人為格殺對象，無論軍階高低，職務大小，無須申報，得手就當場幹掉，執行地點以日佔區及其勢力範圍之內為限。該方案於1940年上報戴笠並得到批准。
1940年9月底，懲戒日寇行動開始。軍統武漢區特工根據戴笠指示，把行動重點轉向對日寇的刺殺。武漢區軍統特工充分發揮自身的優勢，在選擇好目標後進行周密的準備計畫。1940年12月16日，行動二隊策劃對駐蔡甸日軍警備隊的襲擊，14日副隊長即派3名行動隊員潛伏在警備隊附近的昶記油坊，16日凌晨，偽裝成商人的隊員李崧蓀及隨行兩名隊員進入蔡甸街口後，將3名強行檢查的日寇哨兵擊斃，隨即會合潛伏隊員向日寇警備隊隊部投擲手榴彈，炸死日寇官兵8名，行動隊員全身而退。16日晚，行動1隊趙雲卿率隊員何忠炳、雷玉卿潛入武昌八鋪街日本憲兵隊駐地，待日寇熄燈休息後，向寢室投擲手榴彈，日寇倉皇逃出時，遭到隱蔽於暗處的趙雲卿掃射，共擊斃日寇8名，隊員全身撤出。1941年1月21日，漢口花樓街，行動2隊隊員用刀砍死日軍少佐田梅次郎。2月18日，漢口得勝街，該隊殺死3名在隨軍妓院「鶴鳴莊」尋歡作樂的日寇軍官。3月2日，該隊李化民等3人化裝成小販，混入漢口中山路新市場，向正在行進的日軍小隊投彈，斃敵17名。2月25日晚，行動1隊閻英才率5名隊員突襲漢口三星街日寇憲兵隊，斃敵7名。4月16日，該隊在漢陽顯正街擊斃日寇特務機關植樹岩藏中佐。1941年4月19日，該隊打入漢口王家墩機場的隊員王經國掩護隊員李青明進入機場，燒燬油庫一座，炸毀轟炸機2架。
組織遭受嚴重破壞的軍統上海區，自1940年9月到太平洋戰爭爆發前，仍行動50餘次，擊斃擊傷日軍60人以上。軍統上海區第3行動大隊第4組組長李亮經過縝密跟蹤偵查，於1941年6月17日由副組長葉東山率李德昌、周振芳、俞森林、楊景文將公共租界警務處副總監赤木親之擊斃於愚園路。在日本軍人經常出入的場所，上海軍統特工進行了多次爆炸活動。太平洋戰爭爆發後，南造雲子在上海日軍特務機關任特一課課長，經常進入英、法租界，抓捕過大批抗日誌士，還摧毀了軍統留下的十幾個聯絡點，誘捕了幾十名軍統特工人員。以丁默村、李士群為首的汪偽特工總部，也是她一手扶植起來的。國民政府情報部門對她恨之入骨，多次策劃暗殺行動，都因她太狡猾而未得手。1942年4月的一個晚上，南造雲子單獨駕車外出活動，被軍統特工發現，迅即秘密跟蹤，終於在法租界霞飛路（今上海淮海中路）的百樂門咖啡廳附近，乘身穿中式旗袍的南造雲子下車走向店門之際，三名軍統特工手槍齊發，南造雲子身中三彈，當即癱倒在台階上，在被日本憲兵送往醫院途中死去，卒年33歲。這朵「帝國之花」就這樣得到了應得的下場。
1939年8月11日，軍統廣州站發展了在駐廣州白雲山日軍海軍陸戰隊第115聯隊近田部隊作廚役的李昌德，將準備好的毒藥摻入飯菜，使日寇官兵數十人中毒，19人斃命，李昌德還趁亂將硝酸倒入機槍槍管，隨後逃出敵營。1941年9月17日，軍統廣州站為紀念9.18事變10週年，在多個地點，對日寇軍事機關和偽組織機關進行爆破，撤離至海珠中路時，第3組組長江志強路遇日本憲兵隊，當日寇走近身邊時，江志強將剩餘炸彈引爆，與5名日本憲兵同歸於盡。
開封淪陷後，潛伏的軍統特工根據戴笠的指示，於1940年5月7日，河南站行動1組與打入日寇內部的特工李憲斌裡應外合，襲擊位於開封山貨店街的日本特務機關，擊斃日特機關長及川貞作、山本午、開封日本憲兵隊分隊長上村四郎，擊傷日本陸軍特務機關長萬田。12月19日，行動組在開封社下基79號，擊斃主持日本特務機關的日軍多田部隊參謀長兼偽河南綏署總顧問、陸軍大佐皆川雅雄。
1940年秋，在北平交道口附近發生了日本天皇特使遭槍擊，一死一傷。日偽震驚，日軍及警特便衣在全城戒嚴，挨家挨戶大搜捕。懸賞5萬捉拿凶手，全市一遍恐怖。此事是在國民黨平綏軍統領導人馬漢三指揮下由他的部下馬景賢親自行動的。1940年11月，軍統北平區行動組組長麻克，擊斃日本「興亞院」派遣到北平視察的特使高月保中佐、乘兼悅郎中佐。後麻克因房東出賣，被捕犧牲。淪陷區軍統特工格殺日寇的行動，雖然沒有正面戰場那種轟轟烈烈，但他們在嚴酷的鬥爭環境裡，滿懷對中華民族的熱愛，對日本侵略者的仇恨，不顧個人安危，奮勇殺敵，他們用自己的勇氣和鮮血，書寫了中華民族抗戰史上光輝的一頁。
