政府組織經濟四個方面不值得提倡：指定技術路線；設立了過多的行政許可和市場准入；運用行政權力壟斷市場，與民爭利；部門利益「肥水不流外人田」。
當前，從全國範圍來看，政府職能轉變的問題還是比較大的。以往的教訓是，每次談及轉變，總是由政府來定規劃、定重點，然後政府來組織項目，組織人力、物力，定項目、定目標，然後技術攻關，再由國家的企業或者國有企業來進行產業的轉化。其結果是，從一開始，人們制定職業性計畫時往往就很難掌握全部信息，政府組織研究、攻關的效率也很差。
改革開放之初，我們的科學、技術、發明遠遠落在外國人後面。但是經過30多年改革開放，情況已經極大改觀，現在的科學和技術人員數量世界第一，研究和開發經費世界第二，僅次於美國而超過了日本。有相當一部分技術發明接近世界前沿水平，但是相關的產業化卻是步履維艱，沒有發展起來。有一些商品化、產業化了，但卻像「小老頭樹」，老長不大。究其原因，我認為在於體制。
目前，我國市場主體面臨四大體制性障礙。第一是政府配置資源的權力太大。第二是把GDP增長作為政績好壞的主要考評標準。第三，我們的財政體制不管是收入方面還是支出方面，都要求各地政府官員把GDP搞上去，把量搞上去。收入方面，稅收的一半是增值稅，而且是生產型增值稅。生產型增值稅是跟物資生產部門直接聯繫的。支出方面，中央責任過度地下放給了地方，一個是義務教育，一個是社會保障。有70%以上的支出責任在縣級財政，更早時甚至在縣以下。這就使得地方政府官員想盡辦法增大經濟總量，而不考慮效率。第四點則是資源型生產要素的價格太低，電價、地價，現在還有外匯。這些生產要素價格太低，等於鼓勵用粗放型的方法來增加GDP。
現在，全國都在組織經濟發展方式的轉型。政府仍應起到一個領導者的作用。但是，要總結我們歷來的經驗教訓，要改善我們的方法。基本的就是政府要有所為，有所不為。政府的基本職能是提供公共產品。政府現在就有一個職能普遍沒有得到發揮，這就是規劃和協調。這個規劃不是指制定指標，也不是指制定計畫，而是提供綜合性、長遠期的信息供業界參考。每個企業掌握的信息往往是短期的、局部的，而現在的產業分工變得非常複雜，互相之間的關係很密切。
公共產品和私用品之間有一個中間地帶，不同的情況之下這個中間地帶可能還會有所變化。在中國的情況下，可能政府做得更多一點。但是，有一些是肯定應該由企業做的，由市場做的；政府越俎代庖，效果肯定是不好的。這並不等於說政府就無所作為；政府應該有作為，但是政府要做它應該做的事情。政府應該作為而實際上不作為，缺點也非常明顯，比如不能提供良好的法治環境，不能提供基本的社會保障，無法保持宏觀經濟穩定。
現在，政府在組織經濟方面有四個方面不值得提倡。第一是指定技術路線。日本政府在信息產業方面的此種教訓非常深刻。第二是設立了過多的行政許可和市場准入。行政許可和變相的行政許可，可謂五花八門，有的叫審核制，有的叫備案制。市場經濟的原則本應是非禁止進入，即沒有法律明文禁止的都可自由進入。我們則是管得太多。關於民營經濟的「新36條」，有很多的進步，特別是明確了非禁止進入。但目前這還只是個文件規定，實際上市場准入方面的障礙未打破。第三，運用行政權力壟斷市場，與民爭利。黨的十五大和十五屆四中全會，對於國民經濟在哪些行業要控制，哪些領域要統治，是有明確規定的，雖然這個規定還是有一些人認為範圍太大了一點。但有一些自然壟斷行業是不是應該由國家控制，這有爭論。而現在，國家實際上控制的領域，比十五屆四中全會規定的要大得多了。第四，部門利益「肥水不流外人田」。本部門掌握著某一個基金，或者是某一個方面的准入控制，就把這個給自己的關聯企業或是下屬企業，或是本地企業。這相當於政府直接進入了競爭，它要支持一個企業就等於打擊別的企業。
當然，政府要對一些新產品、一些既有社會效益又有外部效益的產品進行補貼。但這個補貼要盡量用補貼需方的方式。這種方式有一個好處就是，可以發揮消費者主權，通過市場的辦法來篩選。
我們的教育體系和科研體系，最大的問題就是行政化管理。現在正在進行去行政化的探索，這種探索一定要由政府來做，因為政府不開口、不同意，根本做不了。另外，學校內的教育體系應有一些革命性的變革。革自己的命確實是比較困難的，有很多人是不願意革自己的命的。但是，如果由此推論說革自己的命是不可能的，那就意味著在放棄改革。
