人類為了生存的需要，在自然界到處覓食；久而久之，也就發現了某些動物、植物不但可以作為食物充飢，而且具有某種藥用價值。原始階段，人們還沒有能力把食物與藥物分開。食物與藥物合二而一的現象就形成了藥膳的源頭和雛形。故有「藥食同源」之說。
自文字出現以後，甲骨文與金文中就已經有了藥字與膳字。而將藥字與膳字聯起來使用，形成藥膳這個詞，《後漢書.列女傳》載有「母親調藥膳思情篤密」之句。《宋史.張觀傳》還有「蚤起奉藥膳」的記載。而藥膳一詞出現之前，我國的古代典籍中，已出現了有關製作和應用藥膳的記載。《周禮》中記載了「食醫」。食醫主要掌理調配周天子的「六食」、「六飲」、「六膳」、「百饈」、「百醬」的滋味、溫涼和份量。食醫所從事的工作與現代營養醫生的工作類似，同時書中還涉及了其他一些有關食療的內容。《周禮.天官》中還記載了疾醫主張用「五味、五穀、五藥養其病」；瘍醫則主張「以酸養骨，以辛養筋，以咸養脈，以苦養氣，以甘養肉，以滑養竅」等。表明瞭我國早在西周時代就有了豐富的藥膳知識，並出現了從事藥膳製作和應用的專職人員。成書於戰國時期的《黃帝內經》載有：「凡欲診病，必問飲食居處」、「治病必求其本」、「藥以祛之、食以隨之」。並說：「人以五穀為本」，「天食人以五氣，地食人以五味」，「五味入口，藏於腸胃」，「毒藥攻邪，五穀為養，五果為助，五畜為益，五蔬為充，氣味合而服之，以補精益氣」。《山海經》中也提到了一些食物的藥用價值：「櫪木之實，食之不老」。
秦漢時期藥膳有了進一步發展。東漢末年成書的《神農本草經》集前人的研究載藥365種，其中大棗、人參、枸杞、五味子、地黃、薏苡仁、茯苓、沙參、生薑、蔥白、當歸、貝母、杏仁、烏梅、鹿茸、核桃、蓮子、蜂蜜、龍眼、百合、附子等，都是具有藥性的食物，常作為配製藥膳的原料。漢代名醫張仲景的《傷寒雜病論》、《金匱要略方論》進一步發展了中醫理論，在治療上除了用藥還採用了大量的飲食調養方法來配合，如白虎湯、桃花湯、竹葉石膏湯、瓜蒂散、十棗湯、百合雞子黃湯、當歸生薑羊肉湯、甘麥大棗湯等。在食療方面張仲景不僅發展了《黃帝內經》的理論，突出了飲食的調養及預防作用，開創了藥物與食物相結合治療重病、急症的先例，而且記載了食療的禁忌及應注意的飲食衛生。漢代以前雖有較豐富的藥膳知識，但仍不系統，為我國藥膳食療學的理論奠基時期。
唐代名醫孫思邈在其所著的《備急千金要方》中設有「食治」專篇，至此食療已開始成為專門學科，其中共收載藥用食物164種，分為果實、菜蔬、谷米、鳥獸四大門類。孫思邈的弟子孟詵集前人之大成編成了《食療本草》。這是我國第一部集食物、中藥為一體的食療學專著，共收集食物241種，詳細記載了食物的性味、保健功效，過食、偏食後的副作用，以及其獨特的加工、烹調方法。
宋元時期為食療藥膳學全面發展時期。官方修訂的《太平聖惠方》專設「食治門」，記載藥膳方劑160首，可以治療28種病症，且藥膳以粥、羹、餅、茶等劑形出現。元朝由飲膳太醫忽思慧所編著的《飲膳正要》為我國最早的營養學專著，首次從營養學的觀點出發，強調了正常人應加強飲食、營養的攝取，用以預防疾病，並詳細記載了飲食衛生、服用藥食的禁忌及食物中毒的表現，頗有見解。
明清時期是中醫食療藥膳學進入更加完善的階段，對於藥膳的烹調和製作也達到了極高的水平，且大多符合營養學的要求。《本草綱目》給中醫食療提供了豐富的資料，僅谷、菜、果3部就收有300多種，其中專門列有飲食禁忌、服藥與飲食的禁忌等。
中國藥膳食療起古至今，源遠流長；自宮廷到民間，廣為傳播。藥膳食療學自古以來，就是在中醫藥學理論的指導下以獨特的形式和路線自成流派的發展至今。她的配劑原則、方法和應用規律雖受制於中醫藥學，但其應用形式卻類同於普通食品。以至於形成為獨立的中國藥膳學食療學科。
今天，在人類生活水平和質量不斷提高的促進下，民眾的自我保健觀念發生了根本性的轉變，未病先防，既病防變，病癒防復的全面預防思想更加深入人心。藥膳作為特殊食品，而不是藥物，藥膳只是有保健強身和防療疾病等功能的特殊食品，應與藥物有本質上的區別，其在保健、康復和預防等方面可起到主要作用，而在疾病的治療過程中則多起輔助作用。將中藥與食物相配，就能做到藥借食味，食助藥性，變「良藥苦口」為「良藥可口」。所以說藥膳是充分發揮中藥效能的美味佳餚，特別能滿足人們「厭於藥，喜於食」的天性，且易於普及，取材廣泛，可在家庭自製，是中藥的一種特殊的、深受百姓喜愛的劑型。隨著經濟的發展，人民生活水平的提高，藥膳食療越來越受到醫藥和飲食界人士的重視。許許多多中老年人，尤其是患有一些慢性病的中老年人，對新的「療效食品」如山楂奶糖、木糖醇食品、生脈康糖果，以及藥膳格外青睞。由於便於長期應用的特點，頗受病人的歡迎。表明古代的藥膳食療獲得了新的發展。隨著中國走向世界，不少的藥膳罐頭和中國保健飲料、藥酒、保健食品等，已銷往國際市場。有許多國家還開設了藥膳餐廳。國際上一些學術界和工商界人士也十分關注中國藥膳食療這一特殊的方法，希望能開展這方面的學術交流。中國藥膳食療將為世界人民的健康做出貢獻。它已成為一門獨具特色的科學、藝術和文化走進千家萬戶，傳遍世界各地。
