世界上許多國家，在戰爭爆發之初便開始廣泛徵募青年入伍，並將他們直接編入作戰部隊，充當普通戰鬥員。而國民政府在知識青年從軍問題上，大致是為了配合形勢需要，實行一種非常規性的臨時措施，因此除1944年為赴印緬作戰組織青年遠征軍外，並未對知識青年實行大規模的從軍動員。由於這種政策，西南聯大不同時期的從軍運動，也呈現出若干不同特點。
長沙臨時大學的從軍運動，完全建立在自發基礎上，學校雖然給予積極支持，並成立了「國防工作介紹委員會」，但這個委員會的工作，不是動員學生從軍，更沒有進行過從軍的組織工作。滿腔熱情的學生們，完全是在全國抗戰的熱潮中，主動投奔到抗戰第一線。這一點已為人熟知，勿庸贅述。
為支援美國援華空軍和入緬作戰時期的兩次從軍運動，與長沙臨時大學時期的從軍運動有所不同。不同之處，在於這次從軍運動起初由政府當局號召，並要求學校動員學生入伍。後來，動員改為行政命令，並且是強制性的，還給西南聯大分配了從軍名額。從學生方面講，一些人從個人發展角度考慮，對這次從軍不如此前那麼積極，工學院、經濟系內部還產生過激烈的爭論。[60]
這次徵調的對象主要是1944級，而西南聯大1944級是很特別的一個，他們入校時，正趕上日軍侵入緬甸，雲南形勢嚴峻，教育部下令西南聯大再次遷往安全地帶，於是這批學生第一年是在學校設在四川省敘永縣的分校度過的。現在，又讓他們從軍入伍，難免內心有些牴觸，中文系汪曾祺、法律系李模，當時都有這種念頭。[61]
當時，為了逃避徵調，有的人把辣子粉塗在肛門上，引起痔瘡復發，希望不能通過體檢。[62]還有人雖然進了譯訓班，可不幾天就跑了出來，後經馮文潛教授再三說服才返了回去。[63]但是，大多數同學還是響應政府號召，勇敢地走上戰場。
與此前從軍運動相比，西南聯大在最後一次動員參加青年遠征軍時，出現過很大的分歧。從動員機制上講，這次從軍運動由國民政府發動，中央和各地均成立了「全國知識青年志願從軍指導委員會」，蔣介石還發表了《告知識青年從軍書》，國民政府控制的所有宣傳機器，紛紛為這次從軍運動大張聲勢、極力鼓吹。西南聯大當局積極響應這次從軍運動，10月末，張伯苓、蔣夢麟、梅貽琦三常委聯名致電蔣介石，表示熱烈擁護。電文云：「重慶國民政府主席蔣鈞鑒：奉讀鈞座告青年書，不勝感奮，知識青年從軍，增加抗戰反攻力量，確立現代建軍基礎，關係抗戰建國前途，萬□重要，伯苓等當竭誠鼓勵，盡力推動，並已集合全校教授，統籌推動辦法。教授同人，切望此舉發揮最大效果，曾貢獻意見，以備採擇。除另即奉陳外，謹肅電聞。」[64]
與此同時，西南聯大遵照教育部指示，成立了「西南聯大志願從軍徵集委員會」，並由主持學校全面工作的梅貽琦擔任主任委員，楊石先、施嘉煬任副主任委員，委員有查良釗、鄭天挺、陳雪屏、姚從吾、鄭華熾、袁復禮、陳福田、李繼侗、伍啟元、閻振興、馬大猷、寧榥等，由鄭華熾任總幹事。[65]
但是擔心這支部隊為國民政府所控制，在西南聯大影響很大的中共地下黨掌握的民主青年同盟，不贊成學生加入青年遠征軍，甚至不惜與他們尊敬的師長展開激烈辯論。西南聯大為發動這次從軍運動，接連組織過四次演講，即10月20日請原西南聯大外文系主任，時任國民黨中央宣傳部國際宣傳處駐倫敦辦事處處長葉公超講「戰時之英國」；22日請駐緬遠征軍新一軍高級參謀蔣鎮瀾演講，28日請指揮收復騰沖的第二十集團軍總司令霍揆彰講「騰沖之役」，11月17日由出生在夏威夷的陳福田教授講「美國之戰時青年」。[66]其間，11月13日西南聯大舉行建校紀念周活動期間，亦請三青團中央幹事劉健群做了題為「太平洋戰局」的演講。[67]經過上述準備，1944年11月29日西南聯大罕見地停課兩小時，進行全校從軍動員。
這次動員的第一個程序是全校大會。會上，梅貽琦首先致辭，勸勉同學多加思忖。錢端升教授繼之向同學說：「現代戰爭是為現代化武器與現代化生產的戰爭，凡此均需現代化頭腦現代化技術，此則非知識青年不為功也，故必須知識青年參加。現今最簡要者，即期望知識青年直接參加戰爭，從軍是也。」馮友蘭也在會上講了話，大意同樣是從現代的武器，必須由掌握現代知識的青年，才能發揮作用。他還說：「過去以血肉之軀與敵人對拼的時期、艱苦的時期，已經由我們老百姓去擔當了，際今最後關頭而又有新式武器、新式裝備可供應之時，知識青年應避免其應盡責任麼？」
周炳琳教授則從青年對國家的責任講起，說同學們在壁報上經常發表意見，發表呼籲，現在到你們行動的時候了。聞一多也闡發了青年從軍的意義，說：「現在抗戰已至最艱苦的階段，知識青年此時實深應自動放棄不當兵的‘特權’，而在抗戰最後階段更應負起責任。許多人談民主，若自己本身去焉責任，盡義務，那才真正有資格談民主，而知識青年軍也就是真民主的隊伍。」[68]同時，他還從另一個角度動員青年從軍，說「現在我們在政治上受壓眾說話也沒有人聽，這是因為我們手裡沒有槍。現在有人給我們送槍，這是一個最好的機會。不管怎麼樣，我們要先把槍接過來，拿在手裡，誰要反對我們，我們就先向他下手」。[69]
會後，緊接著進入第二個程序，由各系組織同學談話會，進行個別動員。為了談話會有序進行，避免同學找不到地點，學校還印發了各系召集地點的通知。為了配合從軍動員，馮友蘭、潘光旦、陳友松相繼發表《從知識青年從軍說起》、《論知識青年從軍》、《從軍去！》等文，從古今對比、中外對比、形勢需要、青年責任等不同角度，強調這次從軍運動的意義和青年人應有的態度。11月20日，蔣夢麟還在昆明廣播中央臺做了面向全省的《知識青年從軍意義》播講。[70]
可貴的是，學校能夠理解同學們的心情，因而接受了他們的一些要求。尚在10月下旬，訓導長查良釗教授便向記者透露，學校校務委員會常委會議已對這次從軍運動加以商討，並召開教授會議交換意見，均認為「茲事體大，不在表面渲染，重在實際推動」，故「教授會議已推定教授數人從事起草發動知識青年從軍意見書，一俟脫稿再經教授會議及學校常委會議通過後，即行建議中央，以供政府之參考」。[71]其後，學校在12月1日校務會議上做出兩週內進行全校學生體格檢查的決定[72]，在使用這種半強制性手段的同時，12月5日又召開教授會議討論學生們的要求。
會上做出的四項決議中，前兩項一為「此次知識青年軍純粹為國防軍，不參加黨派活動」，一為「請由美國軍事技術人員訓練，至訓練地點，最好靠近盟軍所在地」。[73]可見，教授會也主張聯大從軍青年能夠擺脫黨派之爭，成為只是對日作戰的部隊。教授會這一建議的提出以及後來被政府當局接受後，人心才開始安定，從而出現了積極報名從軍的熱潮。不過，國民政府顯然對這些青年保護，所以只讓他們當了運輸物資的汽車兵，而沒有把槍桿子交給他們。這，倒也成全了西南聯大參加青年軍的同學，他們開著汽車回到昆明後，許多人脫離部隊，回校復學。
