長期以來，林彪一直被官方和國內黨史學界指責軍內造反的根源和後臺，前引席宣、金春明書即說全國「出現了更大規模的打擊迫害黨和國家各級領導幹部、衝擊黨政軍領導機關的浪潮……這是林彪、江青集團在‘文化大革命’中，將毛澤東的錯誤推向極端的一個實例。」（席宣、金春明《「文化大革命」簡史》第143頁）林彪也被指責為蓄意打倒肖華等軍內高級幹部的罪魁。然而事實是這樣嗎？
林彪非常反感全軍文革小組和軍內造反派，林主要採取了以下的應對措施：
（1）對全軍文革小組實行釜底抽薪。林彪直截了當地對邱會作等人說「他們（全軍文革）叫你們去開會說事，你們別理睬，想辦法推掉。」邱會作回憶說：「林彪寧可軍隊處於‘無政府’狀態，也不讓江青把手伸到軍隊裡來。」5月8日，肖華在京西賓館召開全軍文革的會，接見各單位造反派，研究機關文化大革命的問題。前一天肖華的秘書來請邱會作，邱說早在武鬥場上就認識造反派了，不想再見他們。那天開會，老帥中只有聶榮臻去了，他感到「味道不對」，趕緊走了。葉劍英事先聽了葉群的電話，去都不去。會上造反派反映他們在各單位受壓的情況，而海軍無產階級革命派衝進去，雙方大辯論，一度很混亂。肖華只好草草收場。以致全軍文革日後再也無法組織開會研究軍內文革事宜。（頁133－134）
（2）明確支持軍內造反派的對立面。在軍內「5.13事件」中，林彪公開支持「三軍革命派」，慰問被造反派打傷的人員，報刊連續報導軍隊領導對傷員的慰問等。林彪這麼作，中央文革江青等人也不得不表態支持。此後，「三軍革命派」又舉行盛大演出，林彪、周恩來等率中央碰頭會成員和在京黨政軍領導出席觀看，並與演員合影，各大報紙、電臺都予以突出報導。這次明顯的政治性演出標示了全軍文革的落寞和垮臺。
關於林彪對於全軍文革小組的態度，邱會作回憶說：「全軍文革有沒有是小事，但有了江青在它背後就是大事了。江青是全軍文革的顧問，有全軍文革，她在軍隊裡就有職務，沒全軍文革，她就沒職位。林彪不讓江青插手軍隊，不能明著說，就只好不要全軍文革，不給江青可乘之機，哪怕是犧牲軍隊裡什麼人，也在所不惜。」（頁136）
據邱會作回憶，肖華倒臺有兩個關鍵因素：
（1）1967年8月中央文革碰頭會開會，由周恩來主持，會上討論了肖華的問題。主要有三個方面：1、文化大革命前整了一批高級幹部，總部軍兵種各軍區都有，他們整到哪裡，那的領導班子就不團結。2、文化大革命中整人，大家列舉了許多實例，殘酷武鬥邱會作時全軍文革有人竟在現場觀看，激起會上不少人的氣憤。3、軍隊並不是劉鄧資產階級司令部，但全軍文革仿效地方打倒劉少奇的方法，搞神秘化活動，扶植一派人揪人武鬥，軍隊領導幹部個個感到恐懼。這樣的總政已脫離了全軍，脫離了高級幹部。（頁138－139）
（2）所謂肖華「變節」的問題。江青從紅衛兵手中掌握了肖華當年在山東任山東軍區政治部主任時曾經被偽軍俘虜後又獲救的所謂「變節」材料，江青一方面說要保肖華，同時又將肖華的「變節」材料捅到社會上，對肖華又打又拉。林彪為了保肖華特地去見了毛澤東，提出維持原山東分局的結論不變，並找肖華談話。肖華則透露江青要肖參加中央碰頭會及恢復全軍文革事宜，引起林彪的警惕。當林彪得知江青的動態後決定先讓肖華「靠邊站」，躲過風頭再說，這是對肖華實行的特殊保護，並與葉劍英、聶榮臻打了招呼。但江青卻將肖華的材料轉入她和康生控制的專案組，將肖華列為專案審查的對象，肖華由此而倒臺。林彪對肖華能做的就是將肖放在衛戍區，不許中央專案組將他關進秦城監獄。（頁139－140）
總的說來，林彪與肖華的關係一直不錯，肖華也是林長期提攜的軍內高幹，羅瑞卿倒臺後，肖華出任軍委第一副秘書長，文革開始後肖華也未受到衝擊。恰恰由於江青插手軍隊事務，特別是對肖華的又打又拉使得問題複雜化，林彪為了不讓江青插手軍隊得逞，不得已才同意肖華下臺。
筆者認為，肖華在文革初期過分積極參與全軍文革小組的活動，緊跟江青的中央文革小組，大整了很多軍中高級將領，引起眾怒。另外肖華沒有認清林彪與江青實質上的關係，以為跟著江青走就萬無一失，這與後來楊成武的倒臺頗有幾分相似之處。再加上肖華風派作風十足，個人生活上不夠檢點，被人抓到把柄，最終導致了肖華的倒臺。
