林彪和軍委辦事組在「九大」後的工作常常不太為人所知，一來有關這方面的資料披露較少，二來官方的宣傳中也盡量予以忽略或貶低，以致有人乾脆聲稱「林彪本來對1969年中蘇衝突毫不關心」云云（高華《革命政治的變異和退化：「林彪事件」的再考察》，香港中文大學《二十一世紀》2006年10月號）。這一方面，邱會作的回憶為我們提供了一個清晰的面貌。（見《心靈的對話》上冊第五章「中央工作」）
（1）毛澤東做好準備打仗的戰略部署。「九大」會議期間毛澤東就對中蘇衝突問題作了明確的闡述，毛澤東對具體的戰略部署也有自己的通盤考慮。
（2）軍委辦事組遵照毛澤東的指示精神對戰備工作作了十分具體的安排：第一，確定戰役的方向，即東北地區、華北地區和西北地區，也就是將原先的東南地區針對美臺的作戰方向轉移到北部針對蘇聯；第二，加強各種戰略物資的準備，達到「三百萬軍隊打一年」的要求；第三，抓緊軍事工程，防止、阻滯蘇軍機械化不對的閃電攻擊；第四，加強北京的防禦，確保中央的安全；第五，成立軍委戰略預備部隊，在太行山兩側、京廣鐵路北段和隴海鐵路一線集中瞭解放軍作戰部隊的三分之一的力量，既實行邊境防禦，也採取誘敵深入方針；第六，全軍都成立了「防突辦公室」，日夜監視蘇方的行動。整個軍事戰略計畫的部署和實施，林彪作為軍委副主席不僅自己親自抓，還經常對軍委辦事組督促和檢查，並乘飛機對張北地區的進行低空勘察，看望駐守在張家口的陸軍與空軍部隊。
（3）「戰備一號令」問題。1969年8月底，中國軍方情報機關得到情報，蘇聯有可能對中國實行「外科手術式的打擊」，目標是北京，重點則是導彈基地和主要工業城市。毛林對此十分重視，政治局專門開會討論認為戰爭的危險是存在的，同時決定，毛林疏散到外地，在京的老幹部們也由周恩來通知疏散到全國各地。10月16日毛去武漢，17日林去蘇州，並在18日晚8時左右向軍委辦事組傳達了一份指示，隨後在當晚該指示被副總參謀長閻仲川冠以「林副主席第一號號令」傳達到各軍兵種。「一號令」在蘇聯代表團到訪北京後不久即解除，但被疏散到外地的老同志卻並未及時回京，這主要是周恩來嚴格執行毛澤東的指示，個別有因病回京檢查者也要周親自批准，且事後還要回到原疏散地休息。
（4）恢復解放軍的總政治部。1970年春，江青向林彪提出讓張春橋出任總政治部主任，並在政治局會上正式提出，吳法憲馬上電話報告林彪，林為阻止張出任總政主任，立即到毛處提名李德生出任總政主任。毛在九大期間曾經不經意提及此事，這次林彪沒有時間再多加考慮，惟如此方能避免江青等人染指軍隊的工作。李德生的任命被毛迅速批准。關於李德生與文革的關係，本文後面再予以評論。
（5）軍委機關精簡整編。軍委機關的精簡主要是因為因應戰備需要，機關工作人員精簡了百分之三十以上，有的人去了「五七干校」待分配，有的人去了國防工業部門或「三支兩軍」，還有的就復員轉業。周恩來對此予以大力支持。這樣一來縮減了龐大的軍委機關，提高了工作效率，適應了戰備之需要。
（6）組建基建工程兵。這是將原來的國家基本建設隊伍軍隊化，既可提高功效，也可調動自如，便於實施國家的大型工程項目。其實，此事在文革前就已著手進行，到了「九大」後軍委與國務院組成了「基建工程兵組織規劃領導小組」。此後，雖然因「九一三事件」有所停頓，但最終還是成為解放軍的一個新兵種，正式列入軍隊的建制序列。
（7）加強國防工業。1968年下半年周恩來制定了新的國防工業領導方針，把原屬國務院國防工辦的國防工業交與軍隊管理，這麼作的目的實際上是為了減少江青等人對國務院工作過多的干預。主要工作有：恢復軍工生產；建立了健全的各級國防工業領導機構；制定國防工業發展規劃；整頓和調整國防工業的科研機構；提出了加強國防工業企業管理的思想和組織建設方針。
總的說來，在這一時期裡軍委辦事組在毛林周的指導下作了大量的工作。軍委辦事組的這段歷史過去常常被人們所忽略或遺忘，甚至被歪曲成配合林彪大搞篡黨奪權陰謀顛覆無產階級政權，而邱會作的回憶無疑為世人開闢了一扇窗口，讓人們重新認識軍委辦事組在文革中所起的真實作用。
