今年是清華大學建校100週年的大慶。在百年大慶的時候，是否應該問一問，什麼是清華大學的靈魂？
北京《中國週刊》主編朱學東認為，獨立自由的探索精神應該是一所不朽大學的靈魂，它不應因社會變遷和政權更替而改變。筆者贊同這個觀點並認為，馬寅初，梁思成和黃萬里是清華大學院獨立自由探索精神的代表。
另一種觀點認為：「愛國奉獻、追求卓越」是清華大學的靈魂，更有人把它簡化為「精忠報黨」。百年大慶，官方推出了水利系的張光斗作為當今清華大學的代表，其生日也成為百年校慶的最主要內容。校慶期間，清華校友追思黃萬里的集會，因遭受壓力被迫取消。章立凡寫道：「百年清華園，不再有梁啟超、王國維、陳寅恪、趙元任，不再有梅貽琦，不再有黃萬里，不再有「獨立之精神，自由之思想」，只剩下標準件製造和「工程師治國」。特此致哀。」
黃萬里和張光鬥，兩個早年從美國留學歸來的學子，一個博士，一個雙碩士；一個右派份子，一個優秀黨員；一個永持批判態度，一個常寫思想匯報；一個挺著胸脯說話，一個夾著尾巴做人；一個布衣教師，一個兩院院士。雖然兩人同在清華大學水利系同事幾十年，卻代表了兩個截然不同的清華大學靈魂。
2011年4月15日在陸欽侃先生的遺體告別上有這麼一副對聯：
人云無法亦云三峽關乎民生子丑寅卯是非有賴我公砥中流
敢做未必敢當國事居然兒戲張錢鄧李功罪無需他人付信史
張錢鄧李，第一個張是張光鬥。「敢做未必敢當」一語，可謂擊中要害。張光斗被官方譽為是中國水利泰鬥。中華人民共和國幾代領導人都特別喜歡治水，都把張光斗作為其水利政策的顧問。表面上是黨的領導人對張光斗言聽計從，實際上是政治家把他們想幹的事，通過張光斗的嘴說出來，傳播出去。張光斗所缺乏的正是獨立自由的探索精神。張光斗一生參與或主持設計的有黃河三門峽大壩工程，密雲水庫大壩工程和長江三峽大壩工程等。但是在百年校慶的《清華大學隆重慶祝張光斗先生奉獻祖國水利水電事業七十週年》消息報導中，只提密雲水庫工程，卻不提黃河三門峽工程，也不提長江三峽大壩工程。黃河三門峽工程的失敗是不爭的事實，儘管張光斗說，當年他和錢正英都是反對黃河三門峽工程，但是現存資料不能證明這個說法。那麼為什麼不提長江三峽大壩工程？難道三峽工程也是張光斗的走麥城？
建設三峽工程的最主要目的是防洪
建設三峽工程的最主要目的是防洪，依靠的是水庫的防洪庫容。官方公布的三峽水庫防洪庫容是221億立方，這是誇大的防洪庫容，是技算錯誤的結果。這個錯誤張光斗早已知道。他寫信告訴中央領導：「或許你知道三峽大壩的防洪能力比我們對外宣稱的要低，清華大學曾做過一份調查研究，政協副主席錢正英看過後曾以此質疑長江資源委員會，該委員會承認清華大學的這份報告沒錯。但是，我們只能以降低蓄洪量到一百三十五公尺來解決這個問題，即使這會影響長江江面的正常航行。但記住，我們永遠、絕不能讓大眾知道這點。」
最後，政治家拒絕張光斗降低水位的建議，張也不敢據理力爭。張光斗的這種行為符合「精忠報黨」的靈魂，但是於國於民於清華大學有百害而無一利。
三峽工程可行性論證環境組的結論是，三峽工程對生態環境的影響是弊大於利。但是到審批時結論被改為利大於弊，對此張光斗一言不發。當世界最大的水電工程截流之後，張光斗又給中央領導寫信，表示他對三峽庫區水污染問題十分擔憂，建議投資三千億元處理水污染問題。三峽庫區水污染問題的最根本原因是建壩之後流速變緩，河流自淨能力減弱。三峽工程總造價兩千億元，處理工程帶來的水污染問題投資三千億元，弊大利小，一清二楚。張光斗的這種「愛國奉獻、追求卓越」精神，於國於民於清華大學有百害而無一利。
黃萬里則是在沒有一分科研經費的條件下，完成對三峽工程工程的多項研究。他多次上書中共中央總書記，明確指出，以中國的自然地理和（礫石泥沙運行的）自然規律，根本不許可一個尊重科學民主的政府建造三峽筑高壩這樣禍國殃民的工程。他預警了蓄水後卵石淤塞重慶、四川水患、浩大的工程開銷和必將釀成禍患的移民安置。就在他生命的最後一刻，在清華大學醫院的普通病房中，他仍然關心的是長江防洪，指出要加固長江堤防。
目前中國流傳一個說法，黃萬里在黃河三門峽工程上的觀點是正確的，但是在長江三峽工程上的觀點卻是錯誤的，理由是三峽水庫淤積問題並不如黃萬里預測的那麼嚴重。
其實，三峽工程至今尚未找到解決礫卵石和泥沙淤積的辦法，所謂的「排渾蓄清」措施已經被水庫運行的實踐證明是不可行的。採用「排渾蓄清」，三峽水庫在枯水期不可能蓄水至海拔175米。目前採取的補救辦法就是在三峽水庫上游建造大量的水庫大壩，阻攔進入三峽水庫的礫卵石和泥沙。這不是解決了礫卵石和泥沙淤積問題，而是把問題向後推移，推給子孫後代。
自2003年三峽水庫135米蓄水以來至2010年9月，金沙江和嘉陵江進入三峽水庫的泥沙約為15.7億噸，加上三峽庫區入庫泥沙約7.2億噸（絕對不能忽略不計），共計23.2億噸，出庫泥沙約為4.1億噸，水庫淤積泥沙約19.1億噸，水庫排沙為17.7%。累積淤積泥沙量已經超過黃河三門峽水庫！2010年重慶港因淤積已經出現礙航現象。
目前，重慶港現在已經開始下移到重慶寸灘，未來將下移到萬州。當年黃萬里先生預測的重慶港被淤，雖然由於上游建庫攔截礫石泥沙而有所推遲，但是卻是不可更改的發展事實。因此，關於張光斗的報導中，不提他主持長江三峽大壩工程初步設計，也算是有先見之明。
什麼是清華大學的靈魂？這個問題關係到清華大學的未來發展。如果清華大學把目標定在2020年達到世界一流大學水平，並在2050年躋身世界一流大學前列，那麼非提倡馬寅初，梁思成和黃萬里所代表的獨立自由的探索精神不可；如果清華大學滿足於為中國提供了最多的領導人和院士這樣的成績，那麼大力宣傳張光斗的「愛國奉獻、追求卓越」，正是最容易的途徑。
