1979年中共十一屆三中全會後，中共中央成立了中央紀律檢查委員會，對以往多年積壓的案子進行甄別審查，自然也包括因「九一三事件」倒臺的軍委辦事組黃吳李邱等人。顯然，這是自毛澤東死後，中共中央試圖以新的眼光、角度重新審理過去發生的各種各樣的冤假錯案，為平反、昭雪或妥善處理這些案件做好組織準備。對當年遭受迫害和冤屈的人來說，這當然是件好事。邱會作的回憶裡涉及到中紀委是如何進行審查的。其中，中紀委既有較為求實的一面，也頗有一些難言之苦衷，有以下幾點尤其值得我們注意和認真思考。
（1）誰都可以揭發，但是不許碰周恩來
中紀委的審查小組要求邱會作揭發那些被打倒的人，包括林彪、葉群、陳伯達、黃永勝、吳法憲、李作鵬等人，同時也要揭發「四人幫」，另外，還要交代自己的問題。然而，中央裡只有一個人是不許碰的，那就是周恩來！邱會作說：「對於周恩來，定下調子是‘好人違心地’做事，原則上不許提及。我和周恩來關係親密，他交我辦的事實在太多了。我在回答訊問時，只要一提到周恩來，辦案人總是顯得很緊張，有很多事不敢記錄。而對於林彪、陳伯達、黃永勝等人，他們則認為是‘壞人幹壞事’，揭發要多多益善，錯了不要緊，還表揚你態度好呢！」「我在寫材料的時候，對其中涉及周恩來的一些事進行了‘善意’的保留。我想，當時的證人證據那麼多，現在黨中央裡知道周恩來在文化革命中真實地位和作用的大有人在，我只不過不想讓有些事從我嘴巴裡說出來罷了。」（頁772）
筆者認為，從中紀委的態度來看，他們雖然開始時也許確實抱有良好的願望，希望將問題搞清楚，但是他們卻「先天不足」，在審查剛剛起步時就自我設限，這樣也就不能指望他們在很多關鍵問題上能有什麼真正的突破。這裡至少有兩方面的因素：首先這個限制來自中央最高層，並非這些基層工作人員所能掌握，周恩來文革當中實在有太多的「可議之處」，如果細細翻老底，周恩來的陋行豈不暴露在光天化日之下。
鄧小平、彭真等人要全力維護周恩來的「聖人」形象，自然不喜歡人們揭發周恩來的黑暗面；其次，文革中被打倒之人多被認為犯了滔天大罪，是戴罪之人。以林彪事件而論，林彪與軍委辦事組諸人早被徹底污名化，尤其是那些「陰謀政變」、「另立中央」、「篡黨奪權」等罪名已被廣大民眾耳熟能詳。以中央的觀點而論，這些人只能老老實實接受中央的審查，豈能另搞一套，以周恩來為擋箭牌為自己作辯護？所以，當邱會作敘述軍委辦事組是如何抵制江青對周恩來的攻擊時，中紀委高官竟然不想聽，甚至深感不耐地說：「你們有這種覺悟嗎？」如此這般搞審查，其結果也就不難想像了。
（2）關於醫療整人的問題
文革中不少軍隊高層人物受到殘酷迫害，由於醫療為政治服務，不少人未能得到及時的治療，或身殘或病故，其中幾個重要人物就包括：羅瑞卿、賀龍、陳毅等。以往官方出版的人物傳記、黨史教材和一些稗官野史都異口同聲說，那是林彪和「四人幫」的迫害。因此這也是中紀委審查的一個重點。邱會作的回憶對這些問題的澄清至關重要。
邱會作回憶說：「1967年上海「一月風暴」奪權後，全國進一步混亂，北京醫院、協和醫院近乎癱瘓，周恩來不得不對中央的醫療做新的佈置。1967年5月間，周恩來召集一些人開會討論醫療保健工作，決定了幾條，主要是：1、成立中央醫療小組。成員有周恩來、我、汪東興和醫療專家吳皆平等人，周總負責，領導中央保健工作。2、高級幹部的醫療保健改為以解放軍總醫院為主、北京醫院、協和醫院共同承擔。3、對原中央政治局委員、書記處書記、副總理、副委員長以上受審查的人的醫療，周恩來親自管理。」（頁796）有關羅瑞卿和賀龍的問題，筆者在另一篇《邱會作回憶錄》述評一文中作了論述，此處不贅。下面專門談一下陳毅的醫療問題：
陳毅問題。邱會作回憶說「接到陳毅要回來檢查的要求後，即按規定向周恩來報告了，履行手續要個過程，但還是較快獲得批准。陳毅手術時，總醫院很重視，院領導守候在手術室外。手術中切除盲腸時，意外發現有癌變，醫院很急，立刻從手術室打電話到人大會堂請示周恩來，周恩來命我從那即刻趕赴現場。我還在路上，醫院已經拿出了‘切除一段腸子，今後保守治療’的方案，並用電話請示周總理得到批准。我到時，手術已經繼續進行了，我陪著陳毅夫人等候到手術順利完成才離去。」「陳毅手術以後，葉群那有問候，周恩來處處關心，我又親自去慰問，總醫院敢對他不好嗎？陳毅住在高幹病區裡最好最大的一種病房。……
陳毅手術後不注意‘忌口’，引起傷口感染，又進行了修補手術。為此周恩來愛惜地說他‘貪吃的毛病不改’。陳毅手術後，我特別交待醫院要精心護理。陳毅感慨地對我說：‘總醫院對我是照顧到家了，吃得比我家中還好！’陳毅病情穩定後到北戴河療養，只有林彪、陳毅、聶榮臻三個元帥在那裡休息，總醫院有專門醫療人員為他們服務，怎麼能說照顧不周呢？」「我可以負責任地說，在總醫院裡對任何人想搞‘醫療整人’都不可能。因為：1、總醫院醫療制度很嚴格，文化革命中也沒有亂，高幹病房裡每個手術、用藥處方都要多人討論並由主管醫生簽字。若有新醫療方案，要報上級審批。2、有優秀健全的醫護隊伍。只有上下幾代無‘敵屬’關係、技術精湛、品德好的醫生才能入選高幹病房。陳毅的醫療除常規手續外，還要經他從北京醫院帶來的‘自家醫生’認可，絕無疏忽的可能。3、陳毅治病，始終由周恩來直接過問，醫療方案須經他親自批示同意，方可施行。周恩來還多次詢問過醫生治療情況，他對陳毅感情很深，非常愛護。」（頁798－800）
此外，還有其他一些人的醫療問題，如徐海東、傅連璋等人。中紀委審查組最後對邱會作說：「徐海東醫療的事不再問你了，另外，傅連璋的死與你也無關，撤案！」（頁801）可以說，從醫院、護士這一方面來說，絕對不存在「醫療整人」的問題。羅瑞卿、賀龍、陳毅等人的治療都是在周恩來一手掌控之下。如果說他們這幾個人的治療有了問題，也只能歸結到周恩來身上。與醫院的醫護人員無關。
從邱會作的回憶當中，我們可以清楚地看到重要的中央專案都是掌握在周恩來一個人手上，其他人回憶，如吳法憲、王力等，也都證實了這一點。換句話說，文革中很多老幹部慘遭迫害，周恩來作為中央專案組的總負責有著不可推卸的責任。如果說決策人是毛澤東的話，那麼周恩來就是最主要的執行者。如果說，毛澤東對此要負最主要的領導責任的話，那麼周恩來就要負最主要的執行責任。邱會作說：「如果軍隊抓人，只能關進北京衛戍區。能夠把人關進秦城監獄裡的只有周恩來、謝富治、汪東興，一定要有他們的批示才行。」（頁801）
不少老幹部文革後都曾回憶起周恩來對他們是如何關照的，似乎在他們落難時，周恩來都曾伸過援手，但恰恰也是周恩來這位中央文革碰頭會的負責人將他們送進大獄、或衛戍區。或許周恩來曾在事前或事後對這些老幹部表示過某種程度的關心，但是依然不能解脫周恩來本人應負的責任！即使國內黨史學界那些大力為周恩來辯護的人，也不得不承認，周恩來的確做了許多「違心的事」，說了許多「違心的話」。那麼人們是否可以用「違心」這兩個字來掩蓋、抹煞了周恩來所起的真實作用嗎？難道可以將這些罪責轉嫁到他人身上嗎？此外，醫療為政治服務原本就是中共的政策，中共高層概莫能外，周恩來後來被診斷罹癌，毛澤東不也是大搞「醫療為政治服務」，阻撓周恩來的及時治療嗎？因此，中共體制決定了政治永遠是第一位的，其他都要讓位，醫療也不例外。這也就是為什麼那些被打倒被專政的人有病也得不到及時的治療，只能被迫等死，劉少奇、賀龍就是兩個最明顯的例子。
至於羅瑞卿、賀龍等人的專案以及關押期間的審訊、醫療更與林彪無關，如今的那些黨史教材和官方出版的人物傳記將專案、醫療等迫害人一事簡單地歸結到林彪和「四人幫」，實乃有意放過真正的責任人，歪曲歷史，掩蓋真相而已。
（3）中紀委的審查為何最後不算數？
應該說，中紀委的審查在開始時還是較為客觀的和講究實事求是的。邱會作回憶說：「他們一改1971年中央專案組的方法，不是把「九一三」硬裁到我的頭上，當作審查的起點和要害，而是從一些重大政治問題開始的。他們把要審查的內容分成了三個大單元：文化大革命問題；廬山會議問題；「同案人」之間的問題。審查方法是：他們先提出問題；我寫交待材料；核實審定材料。如果雙方有不同意見，可以討論、補充和修改，談過的東西可以回過頭來再談，寫過的材料可以反覆修改。他們不強迫我作「完全徹底」交待，只要基本事實搞清楚就可以。我可以提出人證、證物、旁證，他們有時也給我看原始件。雙方同意的就定下來，有爭議的就暫時在一邊放放。」審查組甚至表示：「從材料上來看，你很早就與‘四人幫’鬥，特別是和江青鬥，為此你受到過打擊。現在不同了，你不要怕當反‘四人幫’的英雄喲！」「中央對你抱有希望，審查不是為了打倒你，而是爭取你。中央對你沒有預定框框。你是最有條件從寬處理的人，黨不會輕易拋棄任何一個可以挽救的幹部。」等等。（頁768、772）
1980年4月中紀委常委萬毅專程到秦城監獄與邱會作談話，表示說：「你被關押的那天說過「三個相信」，相信毛澤東，相信黨，也相信你自己。你今天還應該堅持這個信心。你被關了十年了，現在是關鍵時刻。我們的工作，與其說是對你的審查，還不如說是對你的挽救，你的問題會很快得到處理。我看了有關你的大量材料，相當多的事情你已經說清楚了，現在有人看重的是總後死人了。從領導責任上來說，總後系統死的人可以追到你的頭上。可是從法律上來說，推給你不合適，也不符合事實，中央決定對此不追究刑事責任。林彪主管軍隊十幾年，你參與軍委工作，不能說沒有干一點壞事。但是把林彪案全部攤開之後，你的事不僅少，和別人比較起來，有著很大的差別，甚至有本質的差別。」萬毅還說：「請你相信，中央對你的問題一定會處理得很好的。中央對你的寬大，對你今後安排之好，可能連你自己都不會想得到。我們要通過對你的問題的處理，讓大家看到，實事求是是現在黨中央決策的基本方針。我們希望你對自己的前途不要失掉信心。情況會好起來的，以後我們還有見面的機會。」 （頁774－775）
但是1980年6月後，中紀委的態度完全變了樣。中紀委正式向邱會作宣布「你從一個窮苦農民出身的士兵鍛練成高級領導幹部，難能可貴。但很可惜，不能為黨工作了。過去我們說過，能夠為你爭取到寬大處理，會感到高興，對黨也是個貢獻。這話絕不是什麼手段，而是按照事實和黨的政策，說了帶有個人感情色彩的話，但是現在無能為力了。一個幹部可以有自己的思想，但要服從組織，遵守紀律。」「中央對你的政策都向你說了，許多話可不是我們這些人能夠說的，只是向你傳遞。萬毅同志代表中央和你談過話，相信你心中有數。但事情是變化的，與其有一手準備，不如做兩手準備。是否公開採用刑事審判或其他方式，希望你作好思想準備。無論今後發生了什麼事，都不要往絕路上想，要有信心活下去。」正如邱會作所言「因為它已經不是單純的案子，而是變成了一個政治上要用的工具了。」（頁777－778）
顯然，中紀委的審查的過程和結果前後矛盾，開始時表示要實事求是，把歷史的問題搞清楚，要寬大處理，甚至還明確表示「中央決定對此不追究刑事責任」等。但是後來卻完全變了調，強調「要作好兩手準備」，也就是不排除「刑事審判或其他方式」云云。為何會出現前後反差如此強烈的結果？據邱會作事後瞭解，中共中央恢復中紀委時，是黃克誠出任中紀委常務書記，而黃克誠是一個實事求是、敢於堅持自己主見、敢於說真話的人。但是遺憾的是，他的主張因為種種原因並沒有為黨中央所採納。他剛直不阿的性格曾招來毛澤東的忌恨，這次也招來某些「大人物」的不快，讓這位中共黨內少有的頭腦冷靜、思想深遂、經驗豐富、胸懷開闊的人很快就離開了中央領導工作崗位，讓他退回家裡過早地「休息」了。
另據筆者所知，黃克誠曾在中紀委審查後曾提出，黃吳李邱四人應該免予起訴，無罪釋放。但是黃克誠的設想立即被鄧小平所否決，鄧讓彭真出任「兩案」審判指導委員會主任，王鶴壽任中央審查林彪、江青反革命集團案件領導小組副組長，實際上架空了黃克誠。鄧小平就是要將黨內矛盾和路線問題變成刑事犯罪問題，以法律手段解決解決黨內爭端。所以，即使中紀委的審查工作將整體事件調查得較為清楚了，但是在政治決定一切的前提下，他們依然還要不顧基本事實硬往刑事犯罪上面套。這也是為什麼有了「兩案」的審判和判刑。
