立法會政府賬目委員會(帳委會)調查發現，政府主辦09年東亞運時，若把部門承擔額計算在內，實際開支比預算超支76.6%，總開支達4.239億港元；又指當局調撥款項不符合程序，批評當局難辭其咎，更罕有地點名批評民政事務局局長曾德成和康樂文化事務署署長馮程淑儀沒有就東亞運作全面檢討，認為不可接受。
立法會議員期望當局日後申辦同類活動前，應列明各種預算開支。現有消息指，港府有意申辦世界游泳錦標賽。議員不評論是否支持申辦撥款，指申辦須先獲得市民支持。港府早前亦有意申請60億元舉辦2023年亞運會，但未獲市民支持而被立法會否決撥款，計畫胎死腹中。
帳委會報告指出，審計報告指民政事務局在06年向財委會提交的文件預計，籌辦及舉行東亞運的總開支為2.4億元，但最終實際開支為2.911億元，而且沒有計算各政策局及部門所承擔的1.328億元額外「直接開支」，帳委會對當局沒有將全部直接成本告知財委會，表示極度遺憾。
做成嚴重超支的原因之一，是東亞運部分開支項目的實際金額與預算差距甚大，例如比賽場地進行臨時工程的實際開支高達4800餘萬元，是預算的六倍；另外，開幕及閉幕禮的6340萬，亦比預算增加了81%。帳委會對此感到震驚，認為準確度沒有達到可接受水平，有關當局難辭其咎。
帳委會又批評，經民政事務局同意下，東亞運公司在去年挪用運作盈餘的1000萬元推行傳承項目的做法有問題，認為不是當時財委會批准的範圍，而根據港府、港協暨奧委會、東亞運公司的三邊協議，東亞運公司的運作盈餘應交還政府。民政事務局不應未經申請便私下決定撥給東亞運公司作另外的用途。
帳委會更罕有地點名批評民政事務局局長曾德成和康樂文化事務署署長馮程淑儀，指他們沒有就東亞運作全面檢討，感到驚訝，認為不可接受。帳委會成員何秀蘭指出，指當局難辭其咎是強烈的措辭，因為他們認為當局根本不知道自己犯錯，並試圖呈交各樣文件辯解，故須嚴正指出。
民政事務局局長曾德成堅稱，東亞運的舉辦受到各方讚揚，亦為局方留下寶貴的經驗，但補充，局方會仔細研究帳委會提出的建議，作出適當響應。民政事務局發言人則強調，超出預算的項目全由東亞運公司透過贊助、門票收入及發售紀念品等籌集所需款項，不存在超支的情況，而不把一億多元的部門支出列入預算，是因為有關開支屬部門日常工作一部分。
