根據以上的消息，我試圖還原事情經過，以下是我的分析：
19:34分，溫州南反映D3212次4道開車時跳出站信號，調度詢問司機有沒有動車，在確定司機沒有動車後取消進路重新開放信號。
19:36分，因溫州南站4道出站信號無法開放，調度佈置溫州南站轉為非常站控。
根據列車時刻表，D3212次列車應該在19：32分由溫州南發車前往溫嶺，所走的便是甬溫線。但是，「溫州南反映D3212次4道開車時跳出站信號」(此處我不大明白，難道開車時不是應該跳出站信號麼?盼解釋)，於是「調度詢問司機有沒有動車」，並且「在確定司機沒有動車後取消進路重新開放信號。」 在正常運行的情況下，一列火車運行在兩站之間時，有「出發站」和「接收站」(即出發站和到達站)，信號也不同。「取消進路重新開放信號」恐怕是調度重新給司機發「出站」信號指示。但是，2分鐘後，調度發現「因溫州南站4道出站信號無法開放，調度佈置溫州南站轉為非常站控。」 這裡有一個非常關鍵的概念就是「非常站控」。根據百度文檔，非常站控：當調度集中設備故障，發生危機行車安全的情況或設備天窗維修，需要脫離系統控制轉為車站傳統人工控制的模式時，按下「非常站控按鈕」轉為車站控制。說白了，非常站控就是由電腦自動控制轉為車站人工控制。此時調度佈置溫州南站轉為非常站控應該是為了讓D3212能夠開車，D3212是否開車離站不詳。
之後在19：39到19：55分之間發生的事情如下，
溫州南站：19：39分登記永嘉-溫州南下行線三接近軌道電路出現紅光帶並通知工、電務
19:44分，調度接溫州南站報告：車站聯鎖顯示下行三接近紅光帶，車站CTC界面無顯示。D3212次4道開車後，調度佈置車站轉回分散自律。
19:45分，溫州南站報告與永嘉、甌海站接近、離去區段顯示紅光帶。
永嘉站：D3115次3道19：51到
19:53分，調度佈置溫州南站轉入非常站控，19:55分佈置甌海轉入非常站控。
19：54分左右永嘉站接調度通知模式需轉為非常站控，永嘉站於19：55分轉入非常站控。
也許調度意識到線路出了問題，所以儘管暫時人工指引D3212開車，但是幾分鐘後溫州南還是通知了工務，電務人員進行問題排查。(由網上報導可知，鐵道部分是接受到天氣預警了的，那麼此時通知工作人員排查問題是正確的選擇)「19:44分，調度接溫州南站報告：車站聯鎖顯示下行三接近紅光帶，車站 CTC界面無顯示。」此時溫州南站的控制系統已經可以檢測到線路出現了問題，紅光帶意思是在同一信號區間內有大於一部列車在運行，即火車距離過近;CTC 界面無顯示可以理解為車站的控制系統出現信號異常，或者在軌道旁邊的信號檢測系統出現異常。並且在1分鐘後，19：45分，「溫州南站報告與永嘉、甌海站接近、離去區段顯示紅光帶。」 因此，儘管在D3212開車後溫州南轉回到電腦控制模式，由於又有新的問題出現，(很可能是由於D3212開車後檢測到的)調度佈置溫州南在19：53分轉入非常站控，永嘉，甌海於2分鐘後也轉入非常站控(即人工調度模式)。注意此時D3115次已進入永嘉站。
到此我們發現，溫州南在19：34分到19：55分期間發現鐵路線路出現了問題，並且通知相關人員進行檢查，且調度模式轉為人工。
20:01分、20:07分調度聯繫溫州南站工務到位沒有，車站匯報未到位。工務於20：30分銷記
20:06分，永嘉車站值班員車機聯控唿叫D301次司機，「車站已轉非常站控」;
20：12永嘉站D301次Ⅰ道停
20：12分調度員通知永嘉站D3115次開車，永嘉站20：13分與溫州南站辦理D3115次預告，D3115次20：15開。
20:14分，調度佈置D3115次永嘉站開車，通知司機區間遇紅燈後轉目視模式20km/h運行。
19：39分溫州南通知工務，電務排查問題，但是直到20：07分工務尚未到位。注意「工務於20：30分銷記」。銷記是什麼意思?個人猜測，一種是類似於空姐服務，工務到達了工作地點，按下某個按鈕，表示已經到達;一種可能是工作完成之後登記，表示已經檢查完畢。如果是第一種，那麼工務在50分鐘以後才到達出現問題的地點(而電務居然一直沒有銷記)，如果是後一種，工務20：30分才將問題排查，此時與撞車時間前後不超過2分鐘，是巧合還是人為?
在永嘉站，調度於「20：14分佈置D3115次永嘉站開車，通知司機區間遇紅燈後轉目視模式20km/h運行。」 說明此時調度清楚前方故障尚未排除，司機應該在必要的時候減速慢行。於是在之後的運行期間，D3115司機遵守這一指示，在進入紅燈區間後轉目視模式運行。這裡要提問永嘉調度，既然知道故障尚未排除，且當天為雷雨天氣，為何不能夠等故障排除之後再發出站通知?
20:20分，溫州南站反映下行四接近紅光帶閃爍，與甌海區間無紅光帶。
因D3115次區間運行時間長，溫州南站聯繫D3115次司機，司機回答區間信號不穩定;
20：22分調度員通知永嘉站D301次開車，永嘉站20：24分與溫州南站辦理D301次預告，D301次20：24開。
20:26分，調度聯繫溫州南站，車站反映D3115次已三接近，CTC系統區間紅光帶已消失。
D3115次列車開出後，溫州南站發現「下行四接近紅光帶閃爍，與甌海區間無紅光帶」，且D3115次區間運行時間長，可以理解為車速過慢，於是 「溫州南站聯繫D3115次司機，司機回答區間信號不穩定」。這裡我們看到了問題，D3115開出後不久，已經在減速慢行了，因為司機發現信號不穩定，很可能是和溫州南站看到的信號一樣，「紅光帶閃爍」。那麼司機的正常反應一定是減速慢行，以目視模式運行。但是，僅僅2分鐘後，調度員卻通知永嘉站讓 D301次列車開車。這是否為同一調度員?如果是同一調度員，為何下達這樣的調度指示?如果不是同一調度員，那麼調度員間的信息溝通一定有誤!再進一步，由於此時故障仍在，調度員是否給D301司機發出「通知司機區間遇紅燈後轉目視模式20km/h運行」的指示?在D301開出永嘉站2分鐘後，20：26 分，溫州南站反映D3115次「已三接近，CTC系統區間紅光帶已消失。」 此時可否理解為，至少在溫州南站的控制系統上，線路故障已經清除。但是據新浪微博@Smm_苗在20：27分發的消息顯示，此時D3115列車仍然在減速慢行。即使假定鐵路系統和新浪系統記錄時間有一定誤差，我們仍然可以推論出D3115列車此時並未提速，還在目視模式行駛中。
下面記錄了事故發生前後幾分鐘的事情：
在D301次距 D3115次6—7個閉塞分區時，溫州南站車站值班員車機聯控唿叫D301次司機，「D3115次在區間，注意運行。」D301次司機應答知道。
20:31分，D3115次司機反映：車廂內旅客按緊急制動停車，接觸網停電。
20:37分，調度佈置溫州南站聯繫D301次司機降弓。
20:39分，調度接溫州南站報告：D3115次司機反映尾部車輛脫軌，有半截車廂吊在橋上。
由於不甚明瞭的原因，事發時間被各家媒體一改再改，由最初的20：27變成20：31，隨後又改為20：34分。姑且不管媒體如何報導，我們來看看根據這份資料，在這幾分鐘裡發生了什麼。這裡有個關鍵的時間點是20：31分，「D3115次司機反映：車廂內旅客按緊急制動停車，接觸網停電」 按常理推，司機反映車廂內旅客按緊急制動停車，大概的過程是司機在駕駛室的某個設備上看到顯示為類似於「車廂內緊急制動」信號。司機當然不可能親自看到旅客按緊急制動停車。按常理我們也不認為旅客會這麼做，退一萬步講即使真的有旅客按動緊急制動設備，列車也不會停下，否則豈不人人都可以讓高速奔馳的動車隨時停下?那麼這個緊急制動的信號是如何出現的呢?我認為是由於D301的撞擊導致的。D3115的尾部此時遭到撞擊，而撞擊啟動了這個緊急制動的信號，於是坐在車頭部位駕駛室的司機看到了這個信號，誤以為是「車廂內旅客按緊急制動停車」。而隨後發生的「接觸網停電」也可以從側面印證這一推論。試想，旅客按緊急制動停車怎麼會導致接觸網停電?這必然是由於列車撞擊的巨大衝擊力和破壞力所導致的。並且，直到20：39分，溫州南才報告說「D3115次司機反映尾部車輛脫軌，有半截車廂吊在橋上」。這裡有一個相對巨大的時間差，8分鐘。從目前的資料裡，我們無法知道這8分鐘裡發生了什麼。按正常情況，司機應該第一時間內發現這一重大事故，那麼車站也應該立即得到消息。遺憾的是，直到8分鐘後，調度才接到溫州南站的報告。耐人尋味的是，20：37分調度才「佈置溫州南站聯繫D301次司機降弓」。此時距離撞擊已經發生6分鐘。即使是按照官方的說法，20：34分發生撞擊，那麼也是2分鐘以後。調度具有不可推卸的責任。
如果，如果真的是20：31分發生的慘劇，那麼讓我們來做一道數學題，D301次在20：24分以250公里每小時的速度駛離永嘉站，20：31分撞上D3115次列車。假定提速時間約2分鐘，那麼事故發生時距離永嘉站約為20-21公里。而D3115次列車先是以同樣的速度開出永嘉站，接著在某一時刻轉為目視行駛的20公里每小時，於20：31分被撞。假定其提速時間為同樣的2分鐘，那麼列一道簡單的方程式(250*x+20*y=20, x+y=16-2)我們可以得出D3115於20：26分轉入人工目視行駛。當然減速需要一定時間，我們不妨再將此時間點提前2分鐘，於是可以得出 D3115於20：24分轉入慢速。這一時間點也與Smm_苗網友目擊到的時間吻合。
有太多的疑問，我已經不想再多問，下面是一些網友總結的：
天涯網友「余善仁」：
1、D3115為何有人拉緊急制動;
2、接觸網為何突然沒電;
3、D301司機明明知道區間內有車為何還開這麼快;
4、溫州南下行三接近遭雷擊冒紅光，意思就是區間車輛要停車!這一點能說明信號系統是導向安全的嗎?
5、為何D301次ATP、LKJ燈一直是綠色?
20:24分，D301次永嘉站開車。
「這時候就不應該讓D301從永嘉開出了，因為前方D3115還未接近四接近，說明線路上已經有故障了!這時候應該讓D301和D3115都停車，必須等故障排除之後才能運行!」
20:26分，調度聯繫溫州南站，車站反映D3115次已三接近，CTC系統區間紅光帶已消失。
「即使CTC紅光帶消失，D301次的ATP和LKJ也不應該顯示綠燈啊!」(註：據微博網友反映，D301次在事發後司機室內ATP、LKJ燈均顯示綠燈。)
在D301次距D3115次6—7個閉塞分區時，溫州南站車站值班員車機聯控唿叫D301次司機，「 D3115次在區間，注意運行。」 D301次司機應答知道。
「是否可以這麼說：雖然車站通知D301次司機注意運行，此時，D301離D3115還有6∼7個區間(此時ATP和LKJ的確應該顯示綠燈)。但是後 來ATP和LKJ仍顯示綠燈，所以D301次司機誤以為在區間的D3115次已經進了溫州南站，所以按照正常模式行車。是不是這樣?」
天涯網友「天河慧波」：
感謝hzzzx網友提供的寶貴資料，如果這份記錄是真實的而不是偽造的，那麼這起事故的原因基本上就可以大致定論了：
第一、因雷擊，溫州一帶的若干信號機發生故障，狀態死在紅光帶上;
第二、調度命令若干車站進入非常站控模式;
第三、調度命令前面列車遇見紅燈可以繼續前行，但要保持低速(20公里/小時)目測駕駛;
第四、後面列車看到的是一路綠燈(信號系統已經處於故障狀態了)，正常模式高速前行;
第五、永嘉站告訴後面列車，已經進入非常站控模式。溫州南站提醒後車，注意前方區間內有其他車，後車司機作肯定回應;
第六、追尾衝突前兩分鐘，調度發現距離過近，要求後車降弓滑行減速;
第七、後車司機未按要求降弓，待目視看到前車，緊急制動，在一定程度降速的情況下追尾(不幸中萬幸)，造成事故!
總地來說，在信號機遭致雷噼狀態異常的情況下，調度的做法太大膽了，打算以人力為主協調兩列動車行駛過永嘉與溫州南兩站區間。前車忠實地執行了慢速目測 運行指令，後車不知道是未得到同樣指令還是忽視了這樣的指令，繼續按故障信號機指示(綠燈)全速行駛。在最後關頭，仍未有效地接受提醒，最終釀成大禍。
調度有責任，藝低人膽大，在不能確保有效指揮情況下冒險接替自動化系統去掌控高速列車的運行;後車司機有責任，對警示性提醒置若罔聞。究竟誰的責任佔主要地位呢?不好說，我知道的資料終歸有限。
從hzzzx網友提供的調度工作記錄來看，當兩車相距6——7個區間時，溫州南站曾提醒過後車司機，告訴他前邊有其他車輛;相撞前2分鐘，調度要求後車司機降弓下電滑行降速，從形式上來看，車站與調度方面倒是提醒過。不過，這裡我有一些疑問：後車司機是否被明確告知以下信息：
第一、地面信號系統已經處於故障狀態，不再具有參考意義；
第二、前車處於低度滑行狀態，而非正常運行速度。
如果沒有告知，那麼後車司機責任不大;如果明確告知過，那麼主要責任就轉移到已經殉職的D301次司機身上了。順便說一句，D301一路從北京開過來， 沒有副駕駛，只有一個司機，連著干6、7個鐘頭，會不會存在疲勞駕駛精神恍惚的現象?別人提醒，他隨口應一句，但卻沒有真正引起注意?
最後還有一點：相撞前兩分鐘調度指令降弓，司機未及時執行。此時調度應該發現問題嚴重，或者再次提醒，或者收回列車控制權緊急剎車。然而，調度卻一樣也沒做。從這個意義上來講，不管怎麼說，調度的這一部分責任都是逃不掉的。
天涯網友「豐滿充氣的娃娃」：
昨天自動化工科生已經分析過了，還有第三防護，一般是不會同時失效的。就是聯鎖。在前面軌道有車的情況下，只要有車，聯鎖裝置會自動降後車的速度。這不由 任何司機和調度掌控的。一般都會有，但是為什麼第三道沒發揮作用。剛才另一張帖有工科生說他們廠的聯鎖因為麻煩成本高實際沒搞(不是鐵路行業)，但我猜動 車是有的。但為什麼會失效呢?這個是不依靠電和通訊線路的，走的是軌道，軌道也失效，第三重防護也失效?太詭異啦!所以再等爆料。
願逝者安息，生者珍重!
