據大陸媒體引用中國科協一項調查顯示，中國科研資金真正用於項目本身者，只有40%，其他資金則流失於項目之外，包括回扣或巧立名目購置汽車房產和出國旅遊。
《南方都市報》引述《經濟觀察報》的報導指出，中國財政部和科技部一月月前發出《關於調整國家科技計畫和公益性行業科研專項經費管理辦法若干規定的通知》。這個《通知》的核心內容，據稱是要強化預算編製、嚴格評估評審，結余資金上交。
但事實上，報導引述中國社科院西部地區某研究所一個科研人員表示，這種《通知》是「純粹走過場的，下多少個通知也沒用」。在報導中化名叫任高的老科技人員說，科研經費被肆意侵佔揮霍，實際上都是公開的秘密。作為一名老科研人員，任高對於科技界一些潛規則頗感無奈。她說：「大家都這麼做，你不做，就顯得另類了，再者領導也不會相信你。」
今年七月，中國爆出中科院院士候選人涉嫌挪用資金包養情婦醜聞，轟動學術界。據《法制晚報》報導，中國科學院地球深部重點實驗室主任段振豪，因涉嫌貪污被刑拘，院士候選人初選出局。據報導，段振豪的妻子七月在網上發帖，踢爆丈夫包二奶和養私生女，又挪用國家科研經費為多個情人每人送一套房子。
段振豪事件引發社會上針對整個科研經費管理體制的質疑之聲不絕於耳，來自公共資金的科研經費究竟有多少被冒領、多領、挪用、浪費，又有多少被真正、有效地用在了學術研究上？
科研經費的使用，諸如擴大開支範圍、擅自調整預算、突擊購買設備等屢見不鮮。2010年，僅國家審計署查出的資金就達數億元。中國科協一項調查顯示：科研資金用於項目本身僅佔40%左右，大量科研經費流失在項目之外。
報導指，科研項目資金到手後，有幾種侵佔揮霍方式，首先是吃回扣，價格只需500萬的儀器設備，以800萬或者1000萬購買，多餘的錢已輾轉進入個人卡號；其次，以科研需要的名義購置汽車房產，項目結束後就據為己有；再次，自己成立公司，拿科研經費作股份；或者，就是以考察的名義出國或到各地旅遊消費。
接受採訪的一名不願意透露姓名的中科院院士表示，早幾年，中國科技投入不足，是制約科技創新的一大瓶頸。如今錢到位了，但是有限的錢卻沒有花在刀刃上，成了部分科研人員的「圈錢」法寶。
