根據考古發現和史書上的記載，我國早在距今2500年前的戰國後期就開始利用犯罪現場遺留下來的罪犯指紋進行破案。
1975年，湖北省雲夢睡虎地出土了一批戰國時秦國的竹簡，這就是著名的「雲夢竹簡」。「雲夢竹簡」的著作年代大約在公元前251年至公元前221年之間，也就是在秦始皇滅六國、統一中國前的戰國後期。「雲夢竹簡」中的《封診式·穴盜》簡，詳細而生動地記錄了一起罪犯挖洞進入一戶人家裡進行盜竊的犯罪案件。竹簡不僅詳細地記載了罪犯所挖地洞的位置、形狀、大小以及罪犯挖洞所用的工具，而且特別強調了犯罪現場和地洞的洞壁上留下了罪犯的「膝、手跡，膝、手各六處」。這一歷史記錄表明，至遲在戰國晚期，我們的祖先在偵破案件時已經將「手跡」，也就是我們今天所說的指紋作為犯罪現場勘察的重要內容之一，把指紋作為偵破案件、確定罪犯的重要證據之一
秦朝以後，利用指紋破案的案例在我國史書上屢見不鮮。
《宋史·元絳傳》裡就記載了一起利用指紋破案的典型案例。北宋仁宗天聖年間，江西永新縣有個年輕人名叫周整，是個嗜賭如命的賭徒。有一次，周整和豪強子弟龍聿在一起賭博，將身上的銀子輸光後，輸紅了眼的周整竟然將屬於母親的15畝肥沃土地作為賭注壓了上去，結果又輸了。無奈，他只好答應當面向龍聿立下字據。但是，這15畝地的所有權是周整母親的，所以龍聿要求字據上必須有周整母親按下的手印才能算數。周整知道這15畝地是母親的命根子，打死她也不會在上面按手印的。於是，他背著母親在家裡找來了一份按有母親手印的文書，然後塗掉文書上的字，和龍聿一起偽造了一份賣地的契約。
當龍聿拿著契約向周整的母親要地時，周整的母親不同意，並將龍聿告到了永新縣衙。縣衙在審理這起案件時，根據契約上週整母親的手印，判15畝田產歸龍聿所有。周整的母親不服判決，又將龍聿告到了州衙門，結果因同樣理由而輸了官司。時隔不久，元絳被任命為永新縣令，周整的母親再次將龍聿告到縣衙。元絳通過瞭解周整、龍聿的為人後，初步認為周整的母親很可能是冤枉的。於是，他反覆、仔細地察看了龍聿所持有的契約，終於發現了破綻。他告訴龍聿說：「你這份賣地的契約是偽造的。」龍聿不服，反問道：「何以見得?」元絳指著契約上的手印說：「這份契約上書寫的年月字跡在手印的上邊，說明你必定是先得到了周整母親文書上的手印而後撰寫的契約。」龍聿見陰謀敗露，只好承認契約上的手印是假的。元絳以假手印為突破口，終將屬於周整母親的15畝田產物歸原主。這個案例非常清楚的表明北宋時期人們已經能夠準確地鑒別出指印是誰按的，是怎麼按的，所以手印已經成為我國民間民事糾紛的主要證據之一。
元朝人姚燧在其所著的《牧庵集》卷22中記載說，有個名叫潘澤的人在金山北的遼東道任提刑按察使司時，根據「指理」，也就是指紋的疏密程度，詳加驗證，判斷出人的體態和年齡，揭穿了一起長期積壓的富豪偽造賣身契的案件，終使蒙冤的窮人得以昭雪。原來，潘澤走馬上任清理積案時，發現了一件積壓了許久的案件：轄境內有一富豪以一賣身契為證，說有一戶貧苦人家，全家大小17口人全都賣給他家為奴，賣身契上的手印個個齊全，但貧苦人家卻一直不承認有這件事。以前的幾任提刑按察使司都未能斷清這個案子。潘澤認為，當時的賣身契上「皆畫男女食指橫理於券為信，以其疏密判人短長狀少」，也就是說當時人們已經可以根據食指上指紋的疏密程度來判斷人的個頭高低和年齡大小等。於是，他首先認真閱讀了案卷中當事人的供詞，然後仔細察看了賣身契上的指紋，結果發現窮人家17 口人中有一人的年齡只有13歲，但賣身契上「指理」卻是成人的。據此他認為這份賣身契是偽造的。為了讓這位富豪輸得心服口服，潘澤在重新審理案件時，下令召來郡裡5名年齡為13歲的少年，然後讓這5位少年當堂按上自己的食指指紋，再與賣身契上的指紋相對照，結果「皆密不合」。在鐵的事實面前，富豪理屈詞窮，只好承認這份賣身契是偽造的，並當堂毀了假賣身契。這個案件告訴我們，元代以後，指紋破案的水平在我國已經日臻完善，且在民事和刑事訴訟中得到了較為廣泛的應用。
歐洲人首次利用指紋破案發生在1892年的阿根廷，比中國人晚了近2000年。
