在中國五千年的歷史中，有文字記錄的，最早使用過「奇門遁甲」大概要首推黃帝了！
介紹奇門源由前，先再簡單介紹一下「奇門」，陳怡魁指出，奇門遁甲基本上是一種可以供我們掌握「時間」、「方位」，從而能有效掌控對自己有利的天時、地利、人和的條件，並實現自我願望的最有效的一門學術。
(1)黃帝與指南車
在中國五千年的歷史中，有文字記錄的，最早使用過「奇門遁甲」大概要首推黃帝了，他在和蚩尤的戰爭中，因為蚩尤非常擅長煙霧戰，使黃帝的行軍部陣及揮軍實戰時大受困擾，所以在歷史上，只提到黃帝因為發明瞭「指南車」，所以終於打敗了蚩尤，成為中國的共主，卻從未有人提到過有關和「指南車」配套的其它戰略……
但是，「指南車」只是指示方位的工具，並不是武器，黃帝不可能把「指南車」一推出去，蚩尤就被嚇的大敗而逃，所以，黃帝一定還有擁有一套可以運用到「指南車」來協助定位的方式，或者說是一套行軍部陣的戰略，並且還一定要靠著「指南車」指出正確的方位，才能有效運用，到此，這套東西大概已經呼之欲出了，那不正是「奇門遁甲」嗎？黃帝因為擁有由伏羲製作的八卦衍生而來的這套東西，在蚩尤製造的漫天煙霧，不辨方向情形中，可以有效的指揮軍隊，掌握時機，利用地形地貌，並且完全突破煙霧的迷惑，在最有利的方位切入敵陣，攻敵人於不備，殺他個措手不及。
這正是黃帝能夠致敵機先，掌握整個戰局並因此攻破蚩尤最擅長的煙霧迷魂陣，獲得最後勝利的主要原因。從這裡來看，黃帝是因為先有了至少是類似「奇門遁甲」這種可以有效掌握對自身有利的時間方位的秘法，又必須確實掌握正確的方位才能生效，所以才會絞盡腦汁，終於發明瞭大概是以齒輪慣性原理製作出來的「指南車」。所以我們後代人，不是只說到「指南車」就結束了，更要深究到相關的配套方式才對，那不正是一種奇門遁甲雛形的發軔嗎？
(2)大禹治水與奇門
後來，到了夏朝，大禹治水，疏導了這麼多的江河水系，使其順利的流向大海，不再氾濫成災，造福了全中國一向苦於水患的蒼生黎民，他的功勞是難以筆述的，但是，在中國上古時代，科技還不算髮達的時代，這麼艱鉅的水利工程，不只是要訂定正確的方位，還要運用到高深的測量學，工程學，但是，那時，中國不但還沒有進入鐵器時代，甚至還沒有進入銅器時代，大概還在新
石器時代的晚期，就是說，大家還在用石器作工具的時代，要靠什麼來決定正確的方位、高度、角度來挖鑿河道，移除山嶺呢？大禹是否也必然擁有一套我們還不甚明瞭的特殊方法呢？他用來確定方位，從最有利的方位，最有利的時機切入的攻角，不也正是奇門遁甲的雛形嗎？
(3)周漢朝名人與奇門
到了周朝時，武王伐紂成功並取而代之，到了周公卜吉而營建東都洛邑，奇門遁甲不但逐漸成型並且成了王室專屬的一門秘術，到了春秋戰國時代，由「鬼谷子學派」私下研發並代代相傳，不論是蘇秦、張儀，或者龐涓、孫臏，都是出自鬼谷子學派，可以卻又互相勾心鬥角，各顯神通，不論是蘇秦、張儀的運用在外交談判，或者龐涓、孫臏的運用在軍事交戰，我們都可以看到奇門遁甲非常出色和出人意表的能力展現。到了孫武的孫子兵法時，論述和運用的已經是非常完備的奇門遁甲學術精髓體系。
之後，中國歷史上最成功的商人陶朱公，不但在之前為越國重臣時運用在軍事外交策略上，連後來棄官經商，由於能利用奇門遁甲來掌握有利的方位和時機，從事投資買賣，竟然因此而頓成富可敵國的巨富。
漢朝開國帝王劉邦本身只是個不學無術的無賴，但是，由於靠著漢初三傑，特別是在張良運籌帷幄之下，才能打敗勢力比他強上百倍的項羽，建立了漢朝。
